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1. (WO2018227030) IDENTIFICATION, PRODUCTION ET UTILISATION DE NÉO-ANTIGÈNES
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N° de publication : WO/2018/227030 N° de la demande internationale : PCT/US2018/036571
Date de publication : 13.12.2018 Date de dépôt international : 08.06.2018
CIB :
G06F 19/22 (2011.01) ,A61K 39/00 (2006.01) ,A61K 38/10 (2006.01) ,A61K 35/15 (2015.01) ,C07K 7/08 (2006.01)
G PHYSIQUE
06
CALCUL; COMPTAGE
F
TRAITEMENT ÉLECTRIQUE DE DONNÉES NUMÉRIQUES
19
Équipement ou méthodes de traitement de données ou de calcul numérique, spécialement adaptés à des applications spécifiques
10
Bio-informatique, c. à d. procédés ou systèmes pour le traitement de données génétiques ou se rapportant aux protéines en biologie moléculaire informatique
22
pour la comparaison de séquences impliquant des nucléotides ou des acides aminés, p.ex. recherche d'homologie, identification de motifs ou de SNP [polymorphismes de nucléotides simples] ou alignement de séquences
A NÉCESSITÉS COURANTES DE LA VIE
61
SCIENCES MÉDICALE OU VÉTÉRINAIRE; HYGIÈNE
K
PRÉPARATIONS À USAGE MÉDICAL, DENTAIRE OU POUR LA TOILETTE
39
Préparations médicinales contenant des antigènes ou des anticorps
A NÉCESSITÉS COURANTES DE LA VIE
61
SCIENCES MÉDICALE OU VÉTÉRINAIRE; HYGIÈNE
K
PRÉPARATIONS À USAGE MÉDICAL, DENTAIRE OU POUR LA TOILETTE
38
Préparations médicinales contenant des peptides
04
Peptides ayant jusqu'à 20 amino-acides dans une séquence entièrement déterminée; Leurs dérivés
10
Peptides ayant de 12 à 20 amino-acides
[IPC code unknown for A61K 35/15]
C CHIMIE; MÉTALLURGIE
07
CHIMIE ORGANIQUE
K
PEPTIDES
7
Peptides ayant de 5 à 20 amino-acides dans une séquence entièrement déterminée; Leurs dérivés
04
Peptides linéaires ne contenant que des liaisons peptidiques normales
08
ayant de 12 à 20 amino-acides
Déposants :
GRITSTONE ONCOLOGY, INC. [US/US]; 5858 Horton Street, Suite 210 Emeryville, CA 94608, US
Inventeurs :
BULIK-SULLIVAN, Brendan; US
YELENSKY, Roman; US
BUSBY, Jennifer; US
DERTI, Adnan; US
Mandataire :
WHITEHEAD, Andrew, P.; US
KINCH, Mark; US
KABLER, Kevin; US
HUBL, Susan, T.; US
HURT, Nicholas; US
Données relatives à la priorité :
62/517,78609.06.2017US
Titre (EN) NEOANTIGEN IDENTIFICATION, MANUFACTURE, AND USE
(FR) IDENTIFICATION, PRODUCTION ET UTILISATION DE NÉO-ANTIGÈNES
Abrégé :
(EN) Disclosed herein is a system and methods for determining the alleles, neoantigens, and vaccine composition as determined on the basis of an individual's tumor mutations. Also disclosed are systems and methods for obtaining high quality sequencing data from a tumor. Further, described herein are systems and methods for identifying somatic changes in polymorphic genome data. Further, described herein are systems and methods for selecting a subset of patients for treatment. A utility score indicating an estimated number of neoantigens presented on the surface of tumor cells is determined for each patient based on one or more neoantigen candidates identified for the patient. The subset of patients are selected based on the determined utility scores. The selected subset of patients can receive treatment, such as neoantigen vaccines or checkpoint inhibitor therapy. Finally, described herein are unique cancer vaccines.
(FR) L'invention concerne un système et des procédés pour déterminer des allèles, des néo-antigènes et une composition de vaccin tels que déterminés sur la base de mutations tumorales d'un individu. L'invention concerne également des systèmes et des procédés permettant d'obtenir des données de séquençage de haute qualité à partir d'une tumeur. En outre, la présente invention concerne des systèmes et des procédés pour identifier des changements somatiques dans les données génomiques polymorphiques. En outre, l'invention concerne des systèmes et des procédés pour sélectionner un sous-ensemble de patients pour un traitement. Un score d'utilité indiquant un nombre estimé de néo-antigènes présents sur la surface de cellules tumorales est déterminé pour chaque patient sur la base d'un ou de plusieurs néo-antigènes candidats identifiés pour le patient. Le sous-ensemble de patients est sélectionné sur la base des scores d'utilité déterminés. Le sous-ensemble sélectionné de patients peut recevoir un traitement, tel qu'un vaccin à néo-antigène ou une thérapie par inhibiteur de point de contrôle. L'invention concerne enfin des vaccins anticancéreux uniques.
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États désignés : AE, AG, AL, AM, AO, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BH, BN, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CL, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DJ, DK, DM, DO, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, GT, HN, HR, HU, ID, IL, IN, IR, IS, JO, JP, KE, KG, KH, KN, KP, KR, KW, KZ, LA, LC, LK, LR, LS, LU, LY, MA, MD, ME, MG, MK, MN, MW, MX, MY, MZ, NA, NG, NI, NO, NZ, OM, PA, PE, PG, PH, PL, PT, QA, RO, RS, RU, RW, SA, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, ST, SV, SY, TH, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, ZA, ZM, ZW
Organisation régionale africaine de la propriété intellectuelle (ARIPO) (BW, GH, GM, KE, LR, LS, MW, MZ, NA, RW, SD, SL, ST, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
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Organisation africaine de la propriété intellectuelle (OAPI) (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, KM, ML, MR, NE, SN, TD, TG)
Langue de publication : anglais (EN)
Langue de dépôt : anglais (EN)