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1. (WO2018226717) HIÉRARCHISATION DE MODIFICATIONS GÉNÉTIQUES POUR AUGMENTER LE RENDEMENT DE L'OPTIMISATION PHÉNOTYPIQUE
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N° de publication : WO/2018/226717 N° de la demande internationale : PCT/US2018/036096
Date de publication : 13.12.2018 Date de dépôt international : 05.06.2018
CIB :
G06F 19/10 (2011.01)
G PHYSIQUE
06
CALCUL; COMPTAGE
F
TRAITEMENT ÉLECTRIQUE DE DONNÉES NUMÉRIQUES
19
Équipement ou méthodes de traitement de données ou de calcul numérique, spécialement adaptés à des applications spécifiques
10
Bio-informatique, c. à d. procédés ou systèmes pour le traitement de données génétiques ou se rapportant aux protéines en biologie moléculaire informatique
Déposants :
CHOWDHURY, Anupam [IN/US]; US
ENYEART, Peter [US/US]; US
FLASHMAN, Michael [US/US]; US
SHEARER, Alexander [US/US]; US
THORN, Kurt [US/US]; US
ZYMERGEN INC. [US/US]; 5980 Horton Street, Suite 105 Emeryville, 94608, US
Inventeurs :
CHOWDHURY, Anupam; US
ENYEART, Peter; US
FLASHMAN, Michael; US
SHEARER, Alexander; US
THORN, Kurt; US
Mandataire :
SALTZBERG, Robert A.; US
PATEL, Satyadev Rajesh; US
SPOLYAR, Mark James; US
Données relatives à la priorité :
62/516,05306.06.2017US
Titre (EN) PRIORITIZATION OF GENETIC MODIFICATIONS TO INCREASE THROUGHPUT OF PHENOTYPIC OPTIMIZATION
(FR) HIÉRARCHISATION DE MODIFICATIONS GÉNÉTIQUES POUR AUGMENTER LE RENDEMENT DE L'OPTIMISATION PHÉNOTYPIQUE
Abrégé :
(EN) Systems, methods and computer-readable media are provided for determining modifications to apply to genes within at least one microbial strain to improve phenotypic performance. The disclosure teaches accessing first phenotypic performance data based at least in part upon first gene modifications made to a first set of genes in at least one microbial strain; predicting second phenotypic performance of second gene modifications, based at least in part upon the first phenotypic performance data and at least one modification feature that is common to the first gene modifications and the second gene modifications; and prioritizing the second gene modifications to be applied to a second set of genes based at least in part upon the second phenotypic performance.
(FR) L'invention concerne des systèmes, des procédés et des supports lisibles par ordinateur pour déterminer des modifications à appliquer à des gènes à l'intérieur d'au moins une souche microbienne pour améliorer une performance phénotypique. L'invention comprend l'accès à des premières données de performance phénotypique sur la base, au moins en partie, de premières modifications de gènes apportées à un premier ensemble de gènes dans au moins une souche microbienne ; la prédiction d'une seconde performance phénotypique de secondes modifications de gènes, sur la base, au moins en partie, des premières données de performance phénotypique et d'au moins une caractéristique de modification qui est commune aux premières modifications de gènes et aux secondes modifications de gènes ; et la hiérarchisation des secondes modifications de gène à appliquer à un second ensemble de gènes sur la base, au moins en partie, de la seconde performance phénotypique.
front page image
États désignés : AE, AG, AL, AM, AO, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BH, BN, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CL, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DJ, DK, DM, DO, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, GT, HN, HR, HU, ID, IL, IN, IR, IS, JO, JP, KE, KG, KH, KN, KP, KR, KW, KZ, LA, LC, LK, LR, LS, LU, LY, MA, MD, ME, MG, MK, MN, MW, MX, MY, MZ, NA, NG, NI, NO, NZ, OM, PA, PE, PG, PH, PL, PT, QA, RO, RS, RU, RW, SA, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, ST, SV, SY, TH, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, ZA, ZM, ZW
Organisation régionale africaine de la propriété intellectuelle (ARIPO) (BW, GH, GM, KE, LR, LS, MW, MZ, NA, RW, SD, SL, ST, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Office eurasien des brevets (OEAB) (AM, AZ, BY, KG, KZ, RU, TJ, TM)
Office européen des brevets (OEB (AL, AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HR, HU, IE, IS, IT, LT, LU, LV, MC, MK, MT, NL, NO, PL, PT, RO, RS, SE, SI, SK, SM, TR)
Organisation africaine de la propriété intellectuelle (OAPI) (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, KM, ML, MR, NE, SN, TD, TG)
Langue de publication : anglais (EN)
Langue de dépôt : anglais (EN)