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1. (WO2018160907) EXTRACTION D'ACIDES NUCLÉIQUES POUR UNE VARIABILITÉ RÉDUITE DU NOMBRE DE SONDES
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N° de publication : WO/2018/160907 N° de la demande internationale : PCT/US2018/020553
Date de publication : 07.09.2018 Date de dépôt international : 02.03.2018
CIB :
C12M 1/34 (2006.01) ,C12N 15/09 (2006.01) ,C12Q 1/68 (2018.01) ,G06F 19/18 (2011.01) ,G06F 19/22 (2011.01)
C CHIMIE; MÉTALLURGIE
12
BIOCHIMIE; BIÈRE; SPIRITUEUX; VIN; VINAIGRE; MICROBIOLOGIE; ENZYMOLOGIE; TECHNIQUES DE MUTATION OU DE GÉNÉTIQUE
M
APPAREILLAGE POUR L'ENZYMOLOGIE OU LA MICROBIOLOGIE
1
Appareillage pour l'enzymologie ou la microbiologie
34
Mesure ou essai par des moyens de mesure ou de détection des conditions du milieu, p.ex. par des compteurs de colonies
C CHIMIE; MÉTALLURGIE
12
BIOCHIMIE; BIÈRE; SPIRITUEUX; VIN; VINAIGRE; MICROBIOLOGIE; ENZYMOLOGIE; TECHNIQUES DE MUTATION OU DE GÉNÉTIQUE
N
MICRO-ORGANISMES OU ENZYMES; COMPOSITIONS LES CONTENANT; CULTURE OU CONSERVATION DE MICRO-ORGANISMES; TECHNIQUES DE MUTATION OU DE GÉNÉTIQUE; MILIEUX DE CULTURE
15
Techniques de mutation ou génie génétique; ADN ou ARN concernant le génie génétique, vecteurs, p.ex. plasmides, ou leur isolement, leur préparation ou leur purification; Utilisation d'hôtes pour ceux-ci
09
Technologie d'ADN recombinant
C CHIMIE; MÉTALLURGIE
12
BIOCHIMIE; BIÈRE; SPIRITUEUX; VIN; VINAIGRE; MICROBIOLOGIE; ENZYMOLOGIE; TECHNIQUES DE MUTATION OU DE GÉNÉTIQUE
Q
PROCÉDÉS DE MESURE, DE RECHERCHE OU D'ANALYSE FAISANT INTERVENIR DES ENZYMES OU DES MICRO-ORGANISMES; COMPOSITIONS OU PAPIERS RÉACTIFS À CET EFFET; PROCÉDÉS POUR PRÉPARER CES COMPOSITIONS; PROCÉDÉS DE COMMANDE SENSIBLES AUX CONDITIONS DU MILIEU DANS LES PROCÉDÉS MICROBIOLOGIQUES OU ENZYMOLOGIQUES
1
Procédés de mesure, de recherche ou d'analyse faisant intervenir des enzymes ou des micro-organismes; Compositions à cet effet; Procédés pour préparer ces compositions
68
faisant intervenir des acides nucléiques
G PHYSIQUE
06
CALCUL; COMPTAGE
F
TRAITEMENT ÉLECTRIQUE DE DONNÉES NUMÉRIQUES
19
Équipement ou méthodes de traitement de données ou de calcul numérique, spécialement adaptés à des applications spécifiques
10
Bio-informatique, c. à d. procédés ou systèmes pour le traitement de données génétiques ou se rapportant aux protéines en biologie moléculaire informatique
18
pour la génomique ou la protéomique fonctionnelle, p.ex. associations génotype-phénotype, déséquilibre de liaison, mutagénèse, génotypage ou annotation génomique, interactions protéines-protéines ou interactions protéines-acides nucléiques
G PHYSIQUE
06
CALCUL; COMPTAGE
F
TRAITEMENT ÉLECTRIQUE DE DONNÉES NUMÉRIQUES
19
Équipement ou méthodes de traitement de données ou de calcul numérique, spécialement adaptés à des applications spécifiques
10
Bio-informatique, c. à d. procédés ou systèmes pour le traitement de données génétiques ou se rapportant aux protéines en biologie moléculaire informatique
22
pour la comparaison de séquences impliquant des nucléotides ou des acides aminés, p.ex. recherche d'homologie, identification de motifs ou de SNP [polymorphismes de nucléotides simples] ou alignement de séquences
Déposants :
COUNSYL, INC. [US/US]; 180 Kimball Way South San Francisco, California 94080, US
Inventeurs :
CREGG, James F.; US
WONG, Karina Liang; US
COPELAND, Nathan Daniel; US
Mandataire :
BOYD, Victoria L.; US
PASS, Jason M.; US
Données relatives à la priorité :
62/466,78903.03.2017US
62/530,77910.07.2017US
Titre (EN) EXTRACTION OF NUCLEIC ACIDS FOR REDUCED PROBE COUNT VARIABILITY
(FR) EXTRACTION D'ACIDES NUCLÉIQUES POUR UNE VARIABILITÉ RÉDUITE DU NOMBRE DE SONDES
Abrégé :
(EN) Provided herein are methods and compositions for reducing probe count variability of a biological sample. After obtaining a biological sample, such as a saliva sample, the sample is pretreated with a lysis buffer that includes a detergent to form an extraction solution. Nucleic acids are isolated from the extraction solution and fragmented into polynucleotide fragments, which are then mixed with homologous capture probes, which, for example, are bound to a flow cell of a direct targeted sequencing system. The capture probes bind to targeted sequences of the polynucleotide fragments, thereby capturing the targeted polynucleotide fragments. Based on binding of polynucleotides fragments to the homologous capture probes, a probe count is determined for the homologous probes. By mixing the lysis buffer with the biological sample to form the extraction solution, variability of the determined probe count is substantially reduced.
(FR) L'invention concerne des procédés et des compositions pour réduire la variabilité du nombre de sondes d'un échantillon biologique. Après obtention d'un échantillon biologique, tel qu'un échantillon de salive, l'échantillon est prétraité avec un tampon de lyse qui comprend un détergent pour former une solution d'extraction. Les acides nucléiques sont isolés de la solution d'extraction et fragmentés en fragments polynucléotidiques, qui sont ensuite mélangés à des sondes de capture homologues, qui, par exemple, sont liées à la cellule à flux d'un système de séquençage à ciblage direct. Les sondes de capture se lient à des séquences ciblées des fragments polynucléotidiques, pour capturer ainsi les fragments polynucléotidiques ciblés. En fonction de la liaison des fragments polynucléotidiques aux sondes de capture homologues, un nombre de sondes est déterminé en termes de sondes homologues. Le mélange du tampon de lyse avec l'échantillon biologique pour former la solution d'extraction permet de sensiblement réduire la variabilité du nombre de sondes déterminé.
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Organisation africaine de la propriété intellectuelle (OAPI) (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, KM, ML, MR, NE, SN, TD, TG)
Langue de publication : anglais (EN)
Langue de dépôt : anglais (EN)