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1. (WO2018120128) PROCÉDÉ ET DISPOSITIF DE PRÉDICTION DE RELATION D'INTERACTION ENTRE DES RÉSIDUS DE PROTÉINE MEMBRANAIRE
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N° de publication : WO/2018/120128 N° de la demande internationale : PCT/CN2016/113754
Date de publication : 05.07.2018 Date de dépôt international : 30.12.2016
CIB :
G06F 19/18 (2011.01)
G PHYSIQUE
06
CALCUL; COMPTAGE
F
TRAITEMENT ÉLECTRIQUE DE DONNÉES NUMÉRIQUES
19
Équipement ou méthodes de traitement de données ou de calcul numérique, spécialement adaptés à des applications spécifiques
10
Bio-informatique, c. à d. procédés ou systèmes pour le traitement de données génétiques ou se rapportant aux protéines en biologie moléculaire informatique
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pour la génomique ou la protéomique fonctionnelle, p.ex. associations génotype-phénotype, déséquilibre de liaison, mutagénèse, génotypage ou annotation génomique, interactions protéines-protéines ou interactions protéines-acides nucléiques
Déposants :
中国科学院深圳先进技术研究院 SHENZHEN INSTITUTES OF ADVANCED TECHNOLOGY CHINESE ACADEMY OF SCIENCES [CN/CN]; 中国广东省深圳市 南山区西丽大学城学苑大道1068号 No. 1068, Xueyuan Avenue Xili University Town, Nanshan District Shenzhen, Guangdong 518055, CN
Inventeurs :
张慧玲 ZHANG, Huiling; CN
魏彦杰 WEI, Yanjie; CN
郭宁 GUO, Ning; CN
贝振东 BEI, Zhendong; CN
朱昱寰 ZHU, Yuhuan; CN
Mandataire :
深圳中一专利商标事务所 SHENZHEN ZHONGYI PATENT AND TRADEMARK OFFICE; 中国广东省深圳市 福田区深南中路1014号老特区报社四楼(5号信箱) 4th Fl. (P.O. Box No. 5) Old Shenzhen Special Zone Newspaper Building No. 1014 Shennan Middle Road, Futian District Shenzhen, Guangdong 518028, CN
Données relatives à la priorité :
Titre (EN) METHOD AND DEVICE FOR PREDICTING INTERACTION RELATIONSHIP BETWEEN MEMBRANE PROTEIN RESIDUES
(FR) PROCÉDÉ ET DISPOSITIF DE PRÉDICTION DE RELATION D'INTERACTION ENTRE DES RÉSIDUS DE PROTÉINE MEMBRANAIRE
(ZH) 一种膜蛋白残基的作用关系的预测方法和装置
Abrégé :
(EN) Disclosed is a method for predicting the interaction relationship between membrane protein residues, comprising: obtaining a membrane protein, where the protein structure of same has been analyzed to be a training set; extracting the features of the unbalanced classification for distinguishing interacting residue pairs from non-interacting residue pairs in the membrane protein where the protein structure has been resolved; training a predictive model with the extracted features of the unbalanced classification by means of a SMOTE-Boost algorithm; and predicting the interaction relationship between membrane protein residues where the protein structures are unknown according to the trained predictive model. Due to the use of the features of the unbalanced classification to train the predictive model, the trained predictive model can avoid the loss of useful information, and can help to improve the accuracy and coverage of the prediction.
(FR) L'invention concerne un procédé de prédiction de la relation d'interaction entre des résidus de protéine membranaire, comprenant les étapes suivantes : obtenir une protéine membranaire, la structure protéique de celle-ci ayant été analysée pour constituer un ensemble d'apprentissage ; extraire les caractéristiques de la classification non équilibrée pour distinguer entre des paires de résidus interagissant et des paires de résidus n'interagissant pas dans la protéine membranaire où la structure protéique a été résolue ; entraîner un modèle prédictif avec les caractéristiques extraites de la classification non équilibrée grâce à un algorithme SMOTE-Boost ; et prédire la relation d'interaction entre des résidus de protéine membranaire où les structures protéiques sont inconnues selon le modèle prédictif entraîné. En raison de l'utilisation des caractéristiques de la classification non équilibrée pour entraîner le modèle prédictif, le modèle prédictif entraîné peut éviter la perte d'informations utiles, et peut aider à améliorer la précision et la couverture de la prédiction.
(ZH) 一种膜蛋白残基的作用关系的预测方法包括:获取已解析蛋白质结构的膜蛋白作为训练集;提取所述已解析蛋白质结构的膜蛋白中用于区分相互作用的残基对和非相互作用的残基对的非均衡分类的特征;将所提取的非均衡分类的特征通过smote-boost算法训练预测模型;根据训练后的预测模型,预测未知蛋白质结构的膜蛋白残基的作用关系。由于使用非均衡分类的特征进行预测模型的训练,从而使得训练后的预测模型能够避免有用信息的流失,有利于提高预测的精准度和覆盖度。
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Langue de publication : chinois (ZH)
Langue de dépôt : chinois (ZH)