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1. (WO2018104385) OPTIMISATION DE CODON
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N° de publication :    WO/2018/104385    N° de la demande internationale :    PCT/EP2017/081685
Date de publication : 14.06.2018 Date de dépôt international : 06.12.2017
CIB :
C12N 15/67 (2006.01), C40B 30/02 (2006.01), G06F 19/10 (2011.01), G06F 19/24 (2011.01)
Déposants : MAX-PLANCK-GESELLSCHAFT ZUR FÖRDERUNG DER WISSENSCHAFTEN E.V. [DE/DE]; Hofgartenstraße 8 80539 Munich (DE)
Inventeurs : LIPOWSKY, Reinhard; (DE).
RUDORF, Sophia; (DE).
LÖSSNER, Holger; (DE).
TRÖSEMEIER, Jan-Hendrik; (DE).
KOCH, Ina; (DE).
KAMP, Christel; (DE)
Mandataire : VOSSIUS & PARTNER (NO 31); Siebertstraße 3 81675 München (DE)
Données relatives à la priorité :
16202752.8 07.12.2016 EP
Titre (EN) CODON OPTIMIZATION
(FR) OPTIMISATION DE CODON
Abrégé : front page image
(EN)Method for determining an optimized nucleotide sequence encoding a predetermined amino acid sequence, wherein the nucleotide sequence is optimized for expression in a host cell, and wherein the method comprises the steps of: (a) generating a plurality of candidate nucleotide sequences encoding the predetermined amino acid sequence; (b) obtaining a sequence score based on a scoring function based on a plurality of sequence features that influence protein expression in the host cell using a statistical machine learning algorithm, wherein the plurality of sequence features comprises one or more sequence features selected from the group consisting of protein per time, average elongation rate and accuracy for each of the plurality of candidate nucleotide sequences of step (a); and (c) determining the candidate nucleotide sequence with optimized protein expression in the host cell as the optimized nucleotide sequence.
(FR)L'invention concerne un procédé de détermination d'une séquence nucléotidique optimisée codant pour une séquence d'acides aminés prédéterminée, la séquence nucléotidique étant optimisée pour l'expression dans une cellule hôte et le procédé comprenant les étapes consistant à : (a) générer une pluralité de séquences nucléotidiques candidates codant pour la séquence d'acides aminés prédéterminée ; (b) obtenir un score de séquence sur la base d'une fonction de notation basée sur une pluralité de caractéristiques de séquence qui influencent l'expression protéinique dans la cellule hôte à l'aide d'un algorithme d'apprentissage machine statistique, la pluralité de caractéristiques de séquence comprenant une ou plusieurs caractéristiques de séquence sélectionnées dans le groupe constitué par la protéine par temps, la vitesse moyenne d'allongement et la précision pour chacune de la pluralité de séquences nucléotidiques candidates de l'étape (a) ; et (c) déterminer la séquence nucléotidique candidate présentant une expression protéinique optimisée dans la cellule hôte en tant que séquence nucléotidique optimisée.
États désignés : AE, AG, AL, AM, AO, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BH, BN, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CL, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DJ, DK, DM, DO, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, GT, HN, HR, HU, ID, IL, IN, IR, IS, JO, JP, KE, KG, KH, KN, KP, KR, KW, KZ, LA, LC, LK, LR, LS, LU, LY, MA, MD, ME, MG, MK, MN, MW, MX, MY, MZ, NA, NG, NI, NO, NZ, OM, PA, PE, PG, PH, PL, PT, QA, RO, RS, RU, RW, SA, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, ST, SV, SY, TH, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, ZA, ZM, ZW.
Organisation régionale africaine de la propriété intellectuelle (ARIPO) (BW, GH, GM, KE, LR, LS, MW, MZ, NA, RW, SD, SL, ST, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Office eurasien des brevets (OEAB) (AM, AZ, BY, KG, KZ, RU, TJ, TM)
Office européen des brevets (OEB) (AL, AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HR, HU, IE, IS, IT, LT, LU, LV, MC, MK, MT, NL, NO, PL, PT, RO, RS, SE, SI, SK, SM, TR)
Organisation africaine de la propriété intellectuelle (OAPI) (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, KM, ML, MR, NE, SN, TD, TG).
Langue de publication : anglais (EN)
Langue de dépôt : anglais (EN)