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1. (WO2018094360) MÉTHODES ET SYSTÈMES DE PRÉDICTION D'ACCESSIBILITÉ D'ADN DU GÉNOME TOTAL DU CANCER
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N° de publication : WO/2018/094360 N° de la demande internationale : PCT/US2017/062626
Date de publication : 24.05.2018 Date de dépôt international : 20.11.2017
CIB :
G06F 19/24 (2011.01) ,G06F 19/12 (2011.01) ,G06F 19/26 (2011.01) ,C12Q 1/68 (2006.01)
G PHYSIQUE
06
CALCUL; COMPTAGE
F
TRAITEMENT ÉLECTRIQUE DE DONNÉES NUMÉRIQUES
19
Équipement ou méthodes de traitement de données ou de calcul numérique, spécialement adaptés à des applications spécifiques
10
Bio-informatique, c. à d. procédés ou systèmes pour le traitement de données génétiques ou se rapportant aux protéines en biologie moléculaire informatique
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pour l'apprentissage automatique, l'exploration de données ou les bio statistiques, p.ex. détection de motifs, extraction de connaissances, extraction de règles, corrélation, agrégation ou classification
G PHYSIQUE
06
CALCUL; COMPTAGE
F
TRAITEMENT ÉLECTRIQUE DE DONNÉES NUMÉRIQUES
19
Équipement ou méthodes de traitement de données ou de calcul numérique, spécialement adaptés à des applications spécifiques
10
Bio-informatique, c. à d. procédés ou systèmes pour le traitement de données génétiques ou se rapportant aux protéines en biologie moléculaire informatique
12
pour la modélisation ou la simulation en biologie des systèmes, p.ex. modèles probabilistes ou dynamiques, réseaux régulateurs de gènes, réseaux d'interaction protéique ou réseaux métaboliques
G PHYSIQUE
06
CALCUL; COMPTAGE
F
TRAITEMENT ÉLECTRIQUE DE DONNÉES NUMÉRIQUES
19
Équipement ou méthodes de traitement de données ou de calcul numérique, spécialement adaptés à des applications spécifiques
10
Bio-informatique, c. à d. procédés ou systèmes pour le traitement de données génétiques ou se rapportant aux protéines en biologie moléculaire informatique
26
pour la visualisation de données, p.ex. production de graphiques, affichage de cartes ou de réseaux ou autres représentations visuelles
C CHIMIE; MÉTALLURGIE
12
BIOCHIMIE; BIÈRE; SPIRITUEUX; VIN; VINAIGRE; MICROBIOLOGIE; ENZYMOLOGIE; TECHNIQUES DE MUTATION OU DE GÉNÉTIQUE
Q
PROCÉDÉS DE MESURE, DE RECHERCHE OU D'ANALYSE FAISANT INTERVENIR DES ENZYMES OU DES MICRO-ORGANISMES; COMPOSITIONS OU PAPIERS RÉACTIFS À CET EFFET; PROCÉDÉS POUR PRÉPARER CES COMPOSITIONS; PROCÉDÉS DE COMMANDE SENSIBLES AUX CONDITIONS DU MILIEU DANS LES PROCÉDÉS MICROBIOLOGIQUES OU ENZYMOLOGIQUES
1
Procédés de mesure, de recherche ou d'analyse faisant intervenir des enzymes ou des micro-organismes; Compositions à cet effet; Procédés pour préparer ces compositions
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faisant intervenir des acides nucléiques
Déposants :
NANTOMICS, LLC [US/US]; 9920 Jefferson Boulevard Culver City, CA 90232, US
NANT HOLDINGS IP, LLC [US/US]; 9922 Jefferson Boulevard Culver City, CA 90232, US
Inventeurs :
WNUK, Kamil; US
SUDOL, Jeremi; US
RABIZADEH, Shahrooz; US
SOON-SHIONG, Patrick; US
SZETO, Christopher; US
VASKE, Charles; US
Mandataire :
NOBLE, Andrew; US
Données relatives à la priorité :
62/424,37018.11.2016US
62/481,57404.04.2017US
62/540,52302.08.2017US
Titre (EN) METHODS AND SYSTEMS FOR PREDICTING DNA ACCESSIBILITY IN THE PAN-CANCER GENOME
(FR) MÉTHODES ET SYSTÈMES DE PRÉDICTION D'ACCESSIBILITÉ D'ADN DU GÉNOME TOTAL DU CANCER
Abrégé :
(EN) Techniques are provided for predicting DNA accessibility. DNase-seq data files and RNA-seq data files for a plurality of cell types are paired by assigning DNase-seq data files to RNA-seq data files that are at least within a same biotype. A neural network is configured to be trained using batches of the paired data files, where configuring the neural network comprises configuring convolutional layers to process a first input comprising DNA sequence data from a paired data file to generate a convolved output, and fully connected layers following the convolutional layers to concatenate the convolved output with a second input comprising gene expression levels derived from RNA-seq data from the paired data file and process the concatenation to generate a DNA accessibility prediction output. The trained neural network is used to predict DNA accessibility in a genomic sample input comprising RNA-seq data and whole genome sequencing for a new cell type.
(FR) L'invention concerne des techniques de prédiction d'accessibilité d'ADN. Des fichiers de données de séquences de DNase et des fichiers de données de séquences d'ARN d'une pluralité de types cellulaires sont appariés par attribution de fichiers de données de séquences de DNase à des fichiers de données de séquences d'ARN qui font au moins partie du même biotype. Un réseau neuronal est configuré pour un apprentissage à l'aide de lots des fichiers de données appariés, la configuration du réseau neuronal consistant à configurer des couches de convolution pour traiter une première entrée comprenant des données de séquence d'ADN provenant d'un fichier de données apparié pour générer une sortie convolutionnée, et des couches complètement connectées suivant les couches de convolution pour concaténer la sortie convolutionnée avec une seconde entrée comprenant des niveaux d'expression génique dérivés de données de séquences d'ARN provenant du fichier de données apparié, et à traiter la concaténation pour générer une sortie de prédiction d'accessibilité d'ADN. Le réseau neuronal ayant fait l'objet d'un apprentissage intervient pour prédire l'accessibilité d'ADN d'une entrée d'échantillon génomique comprenant des données de séquences d'ARN et un séquençage de génome total d'un nouveau type de cellule.
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Langue de publication : anglais (EN)
Langue de dépôt : anglais (EN)