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1. (WO2018089567) PROCÉDÉS, SYSTÈMES ET SUPPORTS LISIBLES PAR ORDINATEUR POUR CORRIGER DES APPELS DE BASE DANS DES RÉGIONS DE RÉPÉTITION DE LECTURES DE SÉQUENCE D'ACIDE NUCLÉIQUE
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N° de publication : WO/2018/089567 N° de la demande internationale : PCT/US2017/060752
Date de publication : 17.05.2018 Date de dépôt international : 09.11.2017
CIB :
G06F 19/22 (2011.01) ,C12Q 1/68 (2018.01) ,C12Q 1/6869 (2018.01)
G PHYSIQUE
06
CALCUL; COMPTAGE
F
TRAITEMENT ÉLECTRIQUE DE DONNÉES NUMÉRIQUES
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Équipement ou méthodes de traitement de données ou de calcul numérique, spécialement adaptés à des applications spécifiques
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Bio-informatique, c. à d. procédés ou systèmes pour le traitement de données génétiques ou se rapportant aux protéines en biologie moléculaire informatique
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pour la comparaison de séquences impliquant des nucléotides ou des acides aminés, p.ex. recherche d'homologie, identification de motifs ou de SNP [polymorphismes de nucléotides simples] ou alignement de séquences
C CHIMIE; MÉTALLURGIE
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BIOCHIMIE; BIÈRE; SPIRITUEUX; VIN; VINAIGRE; MICROBIOLOGIE; ENZYMOLOGIE; TECHNIQUES DE MUTATION OU DE GÉNÉTIQUE
Q
PROCÉDÉS DE MESURE, DE RECHERCHE OU D'ANALYSE FAISANT INTERVENIR DES ENZYMES OU DES MICRO-ORGANISMES; COMPOSITIONS OU PAPIERS RÉACTIFS À CET EFFET; PROCÉDÉS POUR PRÉPARER CES COMPOSITIONS; PROCÉDÉS DE COMMANDE SENSIBLES AUX CONDITIONS DU MILIEU DANS LES PROCÉDÉS MICROBIOLOGIQUES OU ENZYMOLOGIQUES
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Procédés de mesure, de recherche ou d'analyse faisant intervenir des enzymes ou des micro-organismes; Compositions à cet effet; Procédés pour préparer ces compositions
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faisant intervenir des acides nucléiques
[IPC code unknown for C12Q 1/6869]
Déposants :
LIFE TECHNOLOGIES CORPORATION [US/US]; Attn: IP Docketing 5823 Newton Drive Carlsbad, CA 92008, US
Inventeurs :
EL-DIFRAWY, Sameh; US
Mandataire :
KOENIG, Carolyn; US
Données relatives à la priorité :
62/420,02210.11.2016US
Titre (EN) METHODS, SYSTEMS AND COMPUTER READABLE MEDIA TO CORRECT BASE CALLS IN REPEAT REGIONS OF NUCLEIC ACID SEQUENCE READS
(FR) PROCÉDÉS, SYSTÈMES ET SUPPORTS LISIBLES PAR ORDINATEUR POUR CORRIGER DES APPELS DE BASE DANS DES RÉGIONS DE RÉPÉTITION DE LECTURES DE SÉQUENCE D'ACIDE NUCLÉIQUE
Abrégé :
(EN) Methods, systems and non-transitory machine-readable storage medium are provided to mitigate insertion errors and deletion errors in STR sequences and improve accuracy in determination of the number of repeats. A method includes determining one or more optimum clusters for a set of flow space signal measurements, wherein at least one of the optimum clusters is associated with a homopolymer length, modifying a base call at the position in the repeat region sequence to the homopolymer length associated with the optimum cluster to produce a corrected repeat region sequence, thereby correcting an insertion error or a deletion error. The method may further include detecting variations in the flanks associating those variations with the length of the STR.
(FR) L'invention concerne des procédés, des systèmes et un support de stockage lisible par machine non transitoire pour atténuer des erreurs d'insertion et des erreurs de suppression dans des séquences STR et améliorer la précision dans la détermination du nombre de répétitions. Un procédé consiste à déterminer un ou plusieurs groupes optimaux pour un ensemble de mesures de signal d'espace de flux, au moins l'un des groupes optimaux étant associé à une longueur d'homopolymère, à modifier un appel de base à la position dans la séquence de région de répétition à la longueur d'homopolymère associée à la grappe optimale pour produire une séquence de région de répétition corrigée, ce qui permet de corriger une erreur d'insertion ou une erreur de suppression. Le procédé peut en outre comprendre la détection de variations dans les flancs associant ces variations à la longueur de la STR
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États désignés : AE, AG, AL, AM, AO, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BH, BN, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CL, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DJ, DK, DM, DO, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, GT, HN, HR, HU, ID, IL, IN, IR, IS, JO, JP, KE, KG, KH, KN, KP, KR, KW, KZ, LA, LC, LK, LR, LS, LU, LY, MA, MD, ME, MG, MK, MN, MW, MX, MY, MZ, NA, NG, NI, NO, NZ, OM, PA, PE, PG, PH, PL, PT, QA, RO, RS, RU, RW, SA, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, ST, SV, SY, TH, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, ZA, ZM, ZW
Organisation régionale africaine de la propriété intellectuelle (ARIPO) (BW, GH, GM, KE, LR, LS, MW, MZ, NA, RW, SD, SL, ST, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Office eurasien des brevets (OEAB) (AM, AZ, BY, KG, KZ, RU, TJ, TM)
Office européen des brevets (OEB (AL, AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HR, HU, IE, IS, IT, LT, LU, LV, MC, MK, MT, NL, NO, PL, PT, RO, RS, SE, SI, SK, SM, TR)
Organisation africaine de la propriété intellectuelle (OAPI) (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, KM, ML, MR, NE, SN, TD, TG)
Langue de publication : anglais (EN)
Langue de dépôt : anglais (EN)