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1. (WO2018081654) SYSTÈMES, APPAREILS ET PROCÉDÉS DE BIO-INFORMATIQUE D'EXÉCUTION DE TRAITEMENT SECONDAIRE ET/OU TERTIAIRE

Pub. No.:    WO/2018/081654    International Application No.:    PCT/US2017/058890
Publication Date: Fri May 04 01:59:59 CEST 2018 International Filing Date: Sat Oct 28 01:59:59 CEST 2017
IPC: G06F 19/28
G06F 19/22
G06F 21/76
Applicants: EDICO GENOME, CORP.
Inventors: HAHM, Mark, David
DE BEER, Jacobus
JAIN, Varun
MEHIO, Rami
OJARD, Eric
RUEHLE, Michael
PTASHEK, Amnon
CATREUX, Severine
VISVANATH, Arun
Title: SYSTÈMES, APPAREILS ET PROCÉDÉS DE BIO-INFORMATIQUE D'EXÉCUTION DE TRAITEMENT SECONDAIRE ET/OU TERTIAIRE
Abstract:
L'invention concerne un système, un procédé et un appareil d'application d'une analyse de bio-informatique à des données de séquence génétique. L'invention concerne plus particulièrement une plate-forme d'analyses génomiques destinée à exécuter un pipeline d'analyses de séquence. La plate-forme d'analyses génomiques comprend un ou plusieurs premiers circuits intégrés, chaque premier circuit intégré formant une unité centrale de traitement (CPU) qui réagit à un ou plusieurs algorithmes logiciels qui sont configurés pour ordonner à la CPU d'exécuter un premier ensemble d'étapes de traitement génomique du pipeline d'analyses de séquence. De plus, un second circuit intégré est également présent, chaque second circuit intégré formant un réseau prédiffusé programmable par l'utilisateur (FPGA), le FPGA étant configuré par un microprogramme pour amener un ensemble de circuits logiques numériques câblés physiquement, qui sont interconnectés par une pluralité d'interconnexions physiques, à exécuter un second ensemble d'étapes de traitement génomique du pipeline d'analyses de séquence, l'ensemble de circuits logiques numériques câblés physiquement de chaque FPGA étant agencé sous la forme d'un ensemble de moteurs de traitement servant à exécuter le second ensemble d'étapes de traitement génomique. L'invention concerne également une mémoire partagée.