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1. (WO2018063950) REGROUPEMENT EFFICACE DE LECTURES DE SÉQUENCES POLYNUCLÉOTIDIQUES BRUYANTES
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N° de publication : WO/2018/063950 N° de la demande internationale : PCT/US2017/053147
Date de publication : 05.04.2018 Date de dépôt international : 25.09.2017
CIB :
H03M 7/30 (2006.01)
H ÉLECTRICITÉ
03
CIRCUITS ÉLECTRONIQUES FONDAMENTAUX
M
CODAGE, DÉCODAGE OU CONVERSION DE CODE, EN GÉNÉRAL
7
Conversion d'un code, dans lequel l'information est représentée par une séquence donnée ou par un nombre de chiffres, en un code dans lequel la même information est représentée par une séquence ou par un nombre de chiffres différents
30
Compression; Expansion; Elimination de données inutiles, p.ex. réduction de redondance
Déposants :
MICROSOFT TECHNOLOGY LICENSING, LLC [US/US]; One Microsoft Way Redmond, Washington 98052-6399, US
Inventeurs :
CEZE, Luis; US
YEKHANIN, Sergey; US
ANG, Siena Dumas; US
STRAUSS, Karin; US
RASHTCHIAN, Cyrus; US
KANNAN, Ravindran; US
MAKARYCHEV, Konstantin; US
Mandataire :
MINHAS, Sandip S.; US
CHEN, Wei-Chen Nicholas; US
DRAKOS, Katherine J.; US
HINOJOSA, Brianna L.; US
HOLMES, Danielle J.; US
SWAIN, Cassandra T.; US
WONG, Thomas S.; US
CHOI, Daniel; US
HWANG, William C.; US
WIGHT, Stephen A.; US
CHATTERJEE, Aaron C.; US
Données relatives à la priorité :
62/402,87330.09.2016US
Titre (EN) EFFICIENT CLUSTERING OF NOISY POLYNUCLEOTIDE SEQUENCE READS
(FR) REGROUPEMENT EFFICACE DE LECTURES DE SÉQUENCES POLYNUCLÉOTIDIQUES BRUYANTES
Abrégé :
(EN) A technique for clustering DNA reads from polynucleotide sequencing is described. DNA reads with a level of difference that is likely caused by errors in sequencing are grouped together in the same cluster. DNA reads that represent reads of different DNA molecules are placed in different clusters. The clusters are based on edit distance, which is the number of changes necessary to convert a given DNA read into another. The process of forming clusters may be performed iteratively and may use other types of distance that serve as an approximation for edit distance. Well clustered DNA reads provide a starting point for further analysis.
(FR) L'invention concerne une technique de regroupement de lectures d'ADN à partir d'un séquençage de polynucléotides. Les lectures d'ADN avec un niveau de différence qui est susceptible d'être provoqué par des erreurs de séquençage sont regroupées dans le même groupe. Les lectures d'ADN qui représentent des lectures de différentes molécules d'ADN sont placées dans différents groupes. Les groupes sont basés sur une distance d'édition, qui est le nombre de changements nécessaires pour convertir une lecture d'ADN donnée en une autre. Le processus de formation de groupes peut être effectué de manière itérative et peut utiliser d'autres types de distance qui servent d'approximation pour une distance d'édition. Les lectures d'ADN bien regroupées fournissent un point de départ pour une analyse supplémentaire.
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États désignés : AE, AG, AL, AM, AO, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BH, BN, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CL, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DJ, DK, DM, DO, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, GT, HN, HR, HU, ID, IL, IN, IR, IS, JO, JP, KE, KG, KH, KN, KP, KR, KW, KZ, LA, LC, LK, LR, LS, LU, LY, MA, MD, ME, MG, MK, MN, MW, MX, MY, MZ, NA, NG, NI, NO, NZ, OM, PA, PE, PG, PH, PL, PT, QA, RO, RS, RU, RW, SA, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, ST, SV, SY, TH, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, ZA, ZM, ZW
Organisation régionale africaine de la propriété intellectuelle (ARIPO) (BW, GH, GM, KE, LR, LS, MW, MZ, NA, RW, SD, SL, ST, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Office eurasien des brevets (OEAB) (AM, AZ, BY, KG, KZ, RU, TJ, TM)
Office européen des brevets (OEB (AL, AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HR, HU, IE, IS, IT, LT, LU, LV, MC, MK, MT, NL, NO, PL, PT, RO, RS, SE, SI, SK, SM, TR)
Organisation africaine de la propriété intellectuelle (OAPI) (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, KM, ML, MR, NE, SN, TD, TG)
Langue de publication : anglais (EN)
Langue de dépôt : anglais (EN)