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1. (WO2018061693) PROCÉDÉ DE CONCEPTION D'AMORCE POUR PCR MULTIPLEX
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N° de publication : WO/2018/061693 N° de la demande internationale : PCT/JP2017/032252
Date de publication : 05.04.2018 Date de dépôt international : 07.09.2017
CIB :
C12Q 1/68 (2006.01) ,C12N 15/09 (2006.01)
C CHIMIE; MÉTALLURGIE
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BIOCHIMIE; BIÈRE; SPIRITUEUX; VIN; VINAIGRE; MICROBIOLOGIE; ENZYMOLOGIE; TECHNIQUES DE MUTATION OU DE GÉNÉTIQUE
Q
PROCÉDÉS DE MESURE, DE RECHERCHE OU D'ANALYSE FAISANT INTERVENIR DES ENZYMES OU DES MICRO-ORGANISMES; COMPOSITIONS OU PAPIERS RÉACTIFS À CET EFFET; PROCÉDÉS POUR PRÉPARER CES COMPOSITIONS; PROCÉDÉS DE COMMANDE SENSIBLES AUX CONDITIONS DU MILIEU DANS LES PROCÉDÉS MICROBIOLOGIQUES OU ENZYMOLOGIQUES
1
Procédés de mesure, de recherche ou d'analyse faisant intervenir des enzymes ou des micro-organismes; Compositions à cet effet; Procédés pour préparer ces compositions
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faisant intervenir des acides nucléiques
C CHIMIE; MÉTALLURGIE
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BIOCHIMIE; BIÈRE; SPIRITUEUX; VIN; VINAIGRE; MICROBIOLOGIE; ENZYMOLOGIE; TECHNIQUES DE MUTATION OU DE GÉNÉTIQUE
N
MICRO-ORGANISMES OU ENZYMES; COMPOSITIONS LES CONTENANT; CULTURE OU CONSERVATION DE MICRO-ORGANISMES; TECHNIQUES DE MUTATION OU DE GÉNÉTIQUE; MILIEUX DE CULTURE
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Techniques de mutation ou génie génétique; ADN ou ARN concernant le génie génétique, vecteurs, p.ex. plasmides, ou leur isolement, leur préparation ou leur purification; Utilisation d'hôtes pour ceux-ci
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Technologie d'ADN recombinant
Déposants :
富士フイルム株式会社 FUJIFILM CORPORATION [JP/JP]; 東京都港区西麻布2丁目26番30号 26-30, Nishiazabu 2-chome, Minato-ku, Tokyo 1068620, JP
Inventeurs :
辻本 尭之 TSUJIMOTO Takayuki; JP
Mandataire :
渡辺 望稔 WATANABE Mochitoshi; JP
三和 晴子 MIWA Haruko; JP
伊東 秀明 ITOH Hideaki; JP
三橋 史生 MITSUHASHI Fumio; JP
Données relatives à la priorité :
2016-19224229.09.2016JP
Titre (EN) METHOD FOR DESIGNING PRIMER FOR MULTIPLEX PCR
(FR) PROCÉDÉ DE CONCEPTION D'AMORCE POUR PCR MULTIPLEX
(JA) マルチプレックスPCRに供するプライマーの設計方法
Abrégé :
(EN) Provided is a method for designing a primer for multiplex PCR in which, among a plurality of single cells, fluctuations in amplification of each target region are suppressed, said method designing a primer by: repeating multiplex PCR trials on a small number of target regions; dividing into a group of target regions for which the coefficient of variation in the sequence read number is a threshold value or more and a group of target regions for which the coefficient of variation in the sequence read number is less than the threshold value; creating, for each of the groups, a histogram in which the average Tm value of a pair of primers used to PCR amplify the target regions is plotted along the horizontal axis and the number of target regions is plotted along the vertical axis; calculating the lower limit value and the upper limit value of a Tm value range during primer design; and setting the obtained Tm value range.
(FR) La présente invention concerne un procédé de conception d'une amorce pour PCR multiplex dans lequel, parmi une pluralité de cellules uniques, les fluctuations dans l'amplification de chaque région cible sont supprimées, ledit procédé concevant une amorce : en répétant des essais de PCR multiplex sur un petit nombre de régions cibles; en divisant en un groupe de régions cibles pour lesquelles le coefficient de variation dans le nombre de lecture de séquence est égal ou supérieur à une valeur seuil et un groupe de régions cibles pour lesquelles le coefficient de variation dans le nombre de lecture de séquence est inférieur à la valeur seuil; la création, pour chacun des groupes, d'un histogramme dans lequel la valeur (Tm) moyenne d'une paire d'amorces utilisées pour la PCR amplifient les régions cibles est tracé le long de l'axe horizontal et le nombre de régions cibles est tracé le long de l'axe vertical; en calculant la valeur limite inférieure et la valeur limite supérieure d'une plage de valeurs (Tm) durant la conception de l'amorce; et le paramétrage de la plage de valeurs (Tm) obtenues.
(JA) 少数の目的領域に対するマルチプレックスPCRの試行を繰り返し、配列リード数の変動係数が閾値以上である目的領域の群と、閾値未満である目的領域の群とに分け、それぞれの群について、横軸に目的領域をPCR増幅するために使用された1対のプライマーの平均Tm値をとり、縦軸に目的領域数をとったヒストグラムを作成し、プライマー設計の際のTm値範囲の下限値および上限値を算出し、得られたTm値範囲を設定して、プライマーを設計することで、複数の単一細胞間での目的領域ごとの増幅バラツキを抑えた、マルチプレックスPCRに供するプライマーの設計方法が提供される。
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États désignés : AE, AG, AL, AM, AO, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BH, BN, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CL, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DJ, DK, DM, DO, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, GT, HN, HR, HU, ID, IL, IN, IR, IS, JO, JP, KE, KG, KH, KN, KP, KR, KW, KZ, LA, LC, LK, LR, LS, LU, LY, MA, MD, ME, MG, MK, MN, MW, MX, MY, MZ, NA, NG, NI, NO, NZ, OM, PA, PE, PG, PH, PL, PT, QA, RO, RS, RU, RW, SA, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, ST, SV, SY, TH, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, ZA, ZM, ZW
Organisation régionale africaine de la propriété intellectuelle (ARIPO) (BW, GH, GM, KE, LR, LS, MW, MZ, NA, RW, SD, SL, ST, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
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Office européen des brevets (OEB (AL, AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HR, HU, IE, IS, IT, LT, LU, LV, MC, MK, MT, NL, NO, PL, PT, RO, RS, SE, SI, SK, SM, TR)
Organisation africaine de la propriété intellectuelle (OAPI) (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, KM, ML, MR, NE, SN, TD, TG)
Langue de publication : japonais (JA)
Langue de dépôt : japonais (JA)