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1. (WO2018039133) EXTENSION DE CONTIGS D'ENSEMBLE PAR ANALYSE DE TOPOLOGIE DE SOUS-GRAPHE D'ENSEMBLE LOCAL ET DE CONNEXIONS

Pub. No.:    WO/2018/039133    International Application No.:    PCT/US2017/047824
Publication Date: Fri Mar 02 00:59:59 CET 2018 International Filing Date: Tue Aug 22 01:59:59 CEST 2017
IPC: G06F 19/26
G06F 19/28
Applicants: PACIFIC BIOSCIENCES OF CALIFORNIA, INC.
Inventors: CHIN, Chen-shan
Title: EXTENSION DE CONTIGS D'ENSEMBLE PAR ANALYSE DE TOPOLOGIE DE SOUS-GRAPHE D'ENSEMBLE LOCAL ET DE CONNEXIONS
Abstract:
Des aspects de la présente invention concernent des procédés, des systèmes et des produits de type programmes d'ordinateur pour générer un ou plusieurs contigs étendus. Des aspects de l'exemple de mode de réalisation consistent à recevoir des contigs d'entrée pour un génome; générer des sous-graphes d'ensemble local comprenant les extrémités de chaque contig; identifier des sous-graphes qui relient de manière non ambiguë deux contigs; et générer un contig étendu dans lequel l'orientation et l'ordre d'au moins deux contigs sont déterminés. Les contigs étendus peuvent comprendre un nombre quelconque de contigs ordonnés linéairement et reliés.