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1. (WO2018038697) TRANSFORMATION BURROWS-WHEELER DE PRÉFIXE AVEC DES OPÉRATIONS RAPIDES SUR DES DONNÉES COMPRESSÉES

Pub. No.:    WO/2018/038697    International Application No.:    PCT/US2015/030233
Publication Date: Fri Mar 02 00:59:59 CET 2018 International Filing Date: Tue May 12 01:59:59 CEST 2015
IPC: H03M 7/30
H03M 7/40
Applicants: SPIRAL GENETICS, INC.
Inventors: BRUESTLE, Jeremy
Title: TRANSFORMATION BURROWS-WHEELER DE PRÉFIXE AVEC DES OPÉRATIONS RAPIDES SUR DES DONNÉES COMPRESSÉES
Abstract:
L'invention concerne une transformation Burrows-Wheeler de préfixe ("PWBT") destinée à fournir des opérations de données sur des ensembles de données même si l'ensemble de données a été compressé. L'invention concerne en outre des techniques pour établir une transformation PWBT, comprenant une table de décalage et une table de préfixe, et des techniques pour appliquer des opérations de données sur des ensembles de données transformés par PWBT. Les opérations de données comprennent la recherche de sous-chaîne de k-mers. L'invention concerne en outre des applications générales de techniques utilisant la transformation PWBT, telles que des recherches de plagiat et d'autorisation de source libre. L'invention concerne en outre des applications bio-informatiques de la transformation PWBT, telles que l'analyse génomique et le marquage génomique.