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1. (WO2018024082) PROCÉDÉ DE CONSTRUCTION DE BIBLIOTHÈQUES DE SÉQUENÇAGE D'ÉTIQUETTES RAD LIÉES EN SÉRIE
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N° de publication :    WO/2018/024082    N° de la demande internationale :    PCT/CN2017/092556
Date de publication : 08.02.2018 Date de dépôt international : 12.07.2017
CIB :
C40B 50/06 (2006.01), C12Q 1/68 (2006.01)
Déposants : OCEAN UNIVERSITY OF CHINA [CN/CN]; Room221, Hall of Ocean University of China No.5, Yushan Road South District Qingdao, Shandong 266000 (CN)
Inventeurs : WANG, Shi; (CN).
BAO, Zhenmin; (CN).
LIU, Pingping; (CN).
LV, Jia; (CN).
ZHANG, Lingling; (CN)
Mandataire : MUDA INTELLECTUAL PROPERTY; Room A1207, Building 6-1 No.28 Honglian Road, Xicheng District Beijing 100000 (CN)
Données relatives à la priorité :
201610629494.9 02.08.2016 CN
Titre (EN) METHOD FOR CONSTRUCTING SERIALLY-CONNECTED RAD TAG SEQUENCING LIBRARIES
(FR) PROCÉDÉ DE CONSTRUCTION DE BIBLIOTHÈQUES DE SÉQUENÇAGE D'ÉTIQUETTES RAD LIÉES EN SÉRIE
(ZH) 一种串联RAD标签测序文库的构建方法
Abrégé : front page image
(EN)A method for constructing serially-connected RAD tag sequencing libraries comprises the steps of: 1), carrying out enzyme digestion: carrying out an enzyme digestion reaction on DNA by using an endonuclease; 2), connecting liners: respectively connecting linkers to enzyme digestion fragments, each linker having an enzyme digestion site of an SapI enzyme, a characteristic sequence used for serially connecting tags and a universal sequence for combining amplification primers; 3), amplifying connection products: carrying out PCR amplification by using biotin primer and common primer combinations, carrying out enriching, recycling a PCR product by means of gel incision, again carrying out the amplification, equivalently mixing the PCR products and equivalently purifying the PCR products; 4), serially connecting tag libraries: carrying out enzyme digestion on the PCR products by using an SapI enzyme and sequentially serially connecting the PCR product; 5) enriching serial connection long tags: purifying the serial connection long tags by using gel, then carrying out PCR amplification by using primers and introducing barcodes to construct a library; and 6), carrying out library sequencing. In the present invention, genetic markers and epigenetic variations can be screened and detected in a whole genome range in a high-throughput and low-cost manner.
(FR)L'invention concerne un procédé de construction de bibliothèques de séquençage d'étiquettes RAD liées en série, comprenant les étapes consistant à : 1) effectuer une digestion enzymatique : effectuer une réaction de digestion enzymatique sur de l'ADN à l'aide d'une endonucléase ; 2) lier des lieurs : lier respectivement des lieurs à des fragments de digestion enzymatique, chaque lieur présentant un site de digestion enzymatique d'une enzyme SapI, une séquence caractéristique utilisée pour lier en série des étiquettes et une séquence universelle pour combiner des amorces d'amplification ; 3) amplifier les produits de liaison : effectuer une amplification PCR à l'aide d'une amorce de type biotine et de combinaisons d'amorces courantes, effectuer un enrichissement, recycler un produit de PCR au moyen d'une incision de gel, effectuer de nouveau l'amplification, mélanger de manière équivalente les produits de PCR et purifier de manière équivalente les produits de PCR ; 4) lier en série les bibliothèques d'étiquettes : effectuer une digestion enzymatique sur les produits de PCR à l'aide d'une enzyme SapI et lier séquentiellement en série le produit de PCR ; 5) enrichir les étiquettes longues de connexion en série : purifier les étiquettes longues de liaison en série à l'aide d'un gel, puis effectuer une amplification PCR à l'aide d'amorces et introduire des codes-barres pour construire une bibliothèque ; et 6) effectuer un séquençage de bibliothèque. Dans la présente invention, des marqueurs génétiques et des variations épigénétiques peuvent être criblés et détectés dans une plage de génome entier à haut débit et à faible coût.
(ZH)一种串联RAD标签测序文库的构建方法,步骤为:1)酶切:利用内切酶对DNA进行酶切反应;2)接头连接:对酶切片段分别连接接头,接头设计有SapI酶的酶切位点和用于实现标签串联的特征序列以及扩增引物结合的通用序列;3)连接产物扩增:利用生物素引物和普通引物组合进行PCR扩增,富集,切胶回收PCR产物,再次扩增,等量混合纯化;4)串联标签文库:利用SapI酶对PCR产物进行酶切,依次串联;5)串联长标签富集:串联长标签经凝胶纯化后利用引物进行PCR扩增,引入barcode构建文库;6)文库测序本发明能够实现对全基因组范围遗传标记和表观遗传变异进行高通量、低成本地筛查和检测。
États désignés : AE, AG, AL, AM, AO, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BH, BN, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CL, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DJ, DK, DM, DO, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, GT, HN, HR, HU, ID, IL, IN, IR, IS, JO, JP, KE, KG, KH, KN, KP, KR, KW, KZ, LA, LC, LK, LR, LS, LU, LY, MA, MD, ME, MG, MK, MN, MW, MX, MY, MZ, NA, NG, NI, NO, NZ, OM, PA, PE, PG, PH, PL, PT, QA, RO, RS, RU, RW, SA, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, ST, SV, SY, TH, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, ZA, ZM, ZW.
Organisation régionale africaine de la propriété intellectuelle (ARIPO) (BW, GH, GM, KE, LR, LS, MW, MZ, NA, RW, SD, SL, ST, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Office eurasien des brevets (OEAB) (AM, AZ, BY, KG, KZ, RU, TJ, TM)
Office européen des brevets (OEB) (AL, AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HR, HU, IE, IS, IT, LT, LU, LV, MC, MK, MT, NL, NO, PL, PT, RO, RS, SE, SI, SK, SM, TR)
Organisation africaine de la propriété intellectuelle (OAPI) (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, KM, ML, MR, NE, SN, TD, TG).
Langue de publication : chinois (ZH)
Langue de dépôt : chinois (ZH)