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1. (WO2017214320) SYSTÈMES, APPAREILS ET PROCÉDÉS BIOINFORMATIQUES POUR EFFECTUER UN TRAITEMENT SECONDAIRE ET/OU TERTIAIRE
Dernières données bibliographiques dont dispose le Bureau international    Formuler une observation

N° de publication : WO/2017/214320 N° de la demande internationale : PCT/US2017/036424
Date de publication : 14.12.2017 Date de dépôt international : 07.06.2017
CIB :
G06F 19/28 (2011.01)
Déposants : EDICO GENOME, CORP.[US/US]; 3344 North Torrey Pines Court Plaza Level La Jolla, CA 92037, US
Inventeurs : VAN ROOYEN, Pieter; US
RUEHLE, Michael; US
MEHIO, Rami; US
STONE, Gavin; US
HAHM, Mark; US
OJARD, Eric; US
PTASHEK, Amnon; US
Mandataire : CLEARY, James, P.; US
AMENDT, Kevin, C.; US
BAUER, John, A.; US
AZRIN, Linda, B.; US
ADAMS, Lisa; US
Données relatives à la priorité :
15/404,14611.01.2017US
15/497,14925.04.2017US
62/347,08007.06.2016US
62/399,58226.09.2016US
62/414,63728.10.2016US
62/462,86923.02.2017US
62/469,44209.03.2017US
Titre (EN) BIOINFORMATICS SYSTEMS, APPARATUS, AND METHODS FOR PERFORMING SECONDARY AND/OR TERTIARY PROCESSING
(FR) SYSTÈMES, APPAREILS ET PROCÉDÉS BIOINFORMATIQUES POUR EFFECTUER UN TRAITEMENT SECONDAIRE ET/OU TERTIAIRE
Abrégé : front page image
(EN) A system, method and apparatus for executing a bioinformatics analysis on genetic sequence data is provided. Particularly, a genomics analysis platform for executing a sequence analysis pipeline is provided. The genomics analysis platform includes one or more of a first integrated circuit, where each first integrated circuit forms a central processing unit(CPU) that is responsive to one or more software algorithms that are configured to instruct the CPU to perform a first set of genomic processing steps of the sequence analysis pipeline. Additionally, a second integrated circuit is also provided, where each second integrated circuit forming a field programmable gate array (FPGA), the FPGA being configured by firmware to arrange a set of hardwired digital logic circuits that are interconnected by a plurality of physical interconnects to perform a second set of genomic processing steps of the sequence analysis pipeline, the set of hardwired digital logic circuits of each FPGA being arranged as a set of processing engines to perform the second set of genomic processing steps. A shared memory is also provided.
(FR) L'invention concerne un système, un procédé et un appareil pour exécuter une analyse bioinformatique sur des données de séquence génétique. L'invention concerne plus particulièrement une plate-forme d'analyse génomique destinée à executer un pipeline d'analyse de séquence. La plate-forme d'analyse génomique comprend un ou plusieurs d'un premier circuit intégré, chaque premier circuit intégré formant une unité centrale de traitement (CPU) qui réagit à un ou plusieurs algorithmes logiciels qui sont configurés pour ordonner à la CPU de réaliser un premier ensemble d'étapes de traitement génomique du pipeline d'analyse de séquence. Un deuxième circuit intégré est également présent, chaque deuxième circuit intégré formant un réseau prédiffusé programmable par l'utilisateur (FPGA), le FPGA étant configuré par un microprogramme pour amener un ensemble de circuits logiques numériques câblés physiquement, lesquels sont interconnectés par une pluralité d'interconnexions physiques, à effectuer un deuxième ensemble d'étapes de traitement génomique du pipeline d'analyse de séquence. L'ensemble de circuits logiques numériques câblés physiquement de chaque FPGA est agencé sous la forme d'un ensemble de moteurs de traitement pour effectuer le deuxième ensemble d'étapes de traitement génomiques. L'invention concerne également une mémoire partagée.
États désignés : AE, AG, AL, AM, AO, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BH, BN, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CL, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DJ, DK, DM, DO, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, GT, HN, HR, HU, ID, IL, IN, IR, IS, JP, KE, KG, KH, KN, KP, KR, KW, KZ, LA, LC, LK, LR, LS, LU, LY, MA, MD, ME, MG, MK, MN, MW, MX, MY, MZ, NA, NG, NI, NO, NZ, OM, PA, PE, PG, PH, PL, PT, QA, RO, RS, RU, RW, SA, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, ST, SV, SY, TH, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, ZA, ZM, ZW
Organisation régionale africaine de la propriété intellectuelle (ARIPO) (BW, GH, GM, KE, LR, LS, MW, MZ, NA, RW, SD, SL, ST, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Office eurasien des brevets (OEAB) (AM, AZ, BY, KG, KZ, RU, TJ, TM)
Office européen des brevets (OEB (AL, AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HR, HU, IE, IS, IT, LT, LU, LV, MC, MK, MT, NL, NO, PL, PT, RO, RS, SE, SI, SK, SM, TR)
Organisation africaine de la propriété intellectuelle (OAPI) (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, KM, ML, MR, NE, SN, TD, TG)
Langue de publication : anglais (EN)
Langue de dépôt : anglais (EN)