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1. (WO2017182645) DÉTECTION ET CARACTÉRISATION D’UN MICRO-ORGANISME
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N° de publication :    WO/2017/182645    N° de la demande internationale :    PCT/EP2017/059542
Date de publication : 26.10.2017 Date de dépôt international : 21.04.2017
CIB :
A01N 1/02 (2006.01), B65D 81/38 (2006.01), C12Q 1/68 (2006.01)
Déposants : Q-LINEA AB [SE/SE]; Dag Hammarskjöld väg 54 B 75237 Uppsala (SE)
Inventeurs : JARVIUS, Jonas; (SE).
LIND, Anders; (SE).
SÖDERSTRÖM, Henrik; (SE).
GRAWÉ, Jan; (SE)
Mandataire : KEAST, Robert; Dehns St Bride's House 10 Salisbury Square London Greater London EC4Y 8JD (GB)
Données relatives à la priorité :
1606991.6 21.04.2016 GB
PCT/EP2016/058952 21.04.2016 EP
1617353.6 13.10.2016 GB
Titre (EN) DETECTING AND CHARACTERISING A MICROORGANISM
(FR) DÉTECTION ET CARACTÉRISATION D’UN MICRO-ORGANISME
Abrégé : front page image
(EN)A method for detecting and characterising a microorganism in a clinical sample includes introducing a clinical sample to a first culture vessel and then simultaneously transporting and incubating the clinical sample in a thermally insulated compartment of a sealable container. A test aliquot is removed from the sample and the remainder of the sample is cultured further. The method further includes removing DNA from said test aliquot and performing nucleic acid tests on said DNA to identify the microorganism and to detect the presence or absence of one or more genetic antimicrobial resistance markers in said microorganism. The nucleic acid tests are performed using: i) one or more nucleic acid probes and/or primers for microbial identification, a said probe or primer being capable of hybridising specifically to, or a said primer being capable of selectively amplifying, a nucleotide sequence which is identificatory of a given microorganism; and ii) one or more nucleic acid probes and/or primers for antimicrobial resistance marker detection, a said probe or primer being capable of hybridising specifically to, or a said primer being capable of selectively amplifying, a nucleotide sequence representing a genetic antimicrobial resistance marker. It is detected whether or not said probes and/or primers have hybridised to said DNA and/or said primers have been extended (e.g. an amplification reaction has taken place) and if a microorganism is identified in step then an antimicrobial susceptibility test is performed on said cultured clinical sample.
(FR)La présente invention concerne un procédé de détection et de caractérisation d’un micro-organisme dans un échantillon clinique qui comprend l’introduction d’un échantillon clinique dans une première cuve de culture et ensuite, le transport et l’incubation simultanés de l’échantillon clinique dans un compartiment thermiquement isolé d’un récipient scellable. Une aliquote d’essai est prélevée à partir de l'échantillon et le reste de l'échantillon est cultivé plus avant. Le procédé comprend en outre l'élimination de l'ADN dans ladite aliquote d’essai et la conduite d’essais d'acide nucléique sur ledit ADN pour identifier le micro-organisme et détecter la présence ou l'absence d'un ou plusieurs marqueurs génétiques de résistance aux antimicrobiens dans ledit micro-organisme. Les essais d'acide nucléique sont effectués en utilisant : i) une ou plusieurs sondes et/ou amorces d'acide nucléique pour identification microbienne, ladite sonde ou amorce étant capable de s'hybrider spécifiquement à, ou ladite amorce étant capable d'amplifier sélectivement une séquence de nucléotides qui permet l’identification d'un micro-organisme donné ; et ii) une ou plusieurs sondes et/ou amorces d'acide nucléique pour la détection d'un marqueur de résistance aux antimicrobiens, ladite sonde ou amorce étant capable de s'hybrider spécifiquement à, ou ladite amorce étant capable d'amplifier sélectivement, une séquence de nucléotides représentant un marqueur génétique de résistance aux antimicrobiens. Il est détecté si lesdites sondes et/ou amorces ont été hybridées audit ADN et/ou lesdites amorces ont été étendues (par exemple, une réaction d'amplification s’est produite) et si un microorganisme est identifié dans l'étape, alors un essai de sensibilité aux antimicrobiens est effectué sur ledit échantillon clinique cultivé.
États désignés : AE, AG, AL, AM, AO, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BH, BN, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CL, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DJ, DK, DM, DO, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, GT, HN, HR, HU, ID, IL, IN, IR, IS, JP, KE, KG, KH, KN, KP, KR, KW, KZ, LA, LC, LK, LR, LS, LU, LY, MA, MD, ME, MG, MK, MN, MW, MX, MY, MZ, NA, NG, NI, NO, NZ, OM, PA, PE, PG, PH, PL, PT, QA, RO, RS, RU, RW, SA, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, ST, SV, SY, TH, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, ZA, ZM, ZW.
Organisation régionale africaine de la propriété intellectuelle (ARIPO) (BW, GH, GM, KE, LR, LS, MW, MZ, NA, RW, SD, SL, ST, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Office eurasien des brevets (OEAB) (AM, AZ, BY, KG, KZ, RU, TJ, TM)
Office européen des brevets (OEB) (AL, AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HR, HU, IE, IS, IT, LT, LU, LV, MC, MK, MT, NL, NO, PL, PT, RO, RS, SE, SI, SK, SM, TR)
Organisation africaine de la propriété intellectuelle (OAPI) (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, KM, ML, MR, NE, SN, TD, TG).
Langue de publication : anglais (EN)
Langue de dépôt : anglais (EN)