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1. (WO2016205767) ASSEMBLAGE DE GRAPHES DE CHAÎNES POUR GÉNOMES POLYPLOÏDES
Dernières données bibliographiques dont dispose le Bureau international   

N° de publication :    WO/2016/205767    N° de la demande internationale :    PCT/US2016/038264
Date de publication : 22.12.2016 Date de dépôt international : 18.06.2016
CIB :
G06F 19/22 (2011.01), G06F 19/18 (2011.01), C12P 19/34 (2006.01)
Déposants : PACIFIC BIOSCIENCES OF CALIFORNIA, INC [US/US]; 1380 Willow Road Menlo Park, CA 94025 (US)
Inventeurs : CHIN, Chen-Shan; (US)
Mandataire : SULLIVAN, Stephen, G.; (US)
Données relatives à la priorité :
14/743,713 18.06.2015 US
Titre (EN) STRING GRAPH ASSEMBLY FOR POLYPLOID GENOMES
(FR) ASSEMBLAGE DE GRAPHES DE CHAÎNES POUR GÉNOMES POLYPLOÏDES
Abrégé : front page image
(EN)Exemplary embodiments provide methods and systems for string graph assembly of polyploid genomes. Aspects of the exemplary embodiment include receiving a string graph generated from sequence reads of at least.5 kb in length; identifying unitigs in the string graph and generating a unitig graph; and identifying string bundles in the unitig graph by: determining a primary contig from each of the string bundles; and determining associated contigs that contain structural variations compared to the primary contig.
(FR)Selon des modes de réalisation donnés en exemples, l'invention concerne des procédés et des systèmes pour l'assemblage de graphes de chaînes de génomes polyploïdes. Des aspects du mode de réalisation donné en exemple comprennent la réception d'un graphe de chaînes généré à partir de lectures de séquences d'une longueur d'au moins 0,5 kb ; l'identification d'unitigs dans le graphe de chaînes et la génération d'un graphe d'unitigs ; et l'identification de groupes de chaînes dans le graphe d'unitigs par : détermination d'un contig primaire dans chacun des groupes de chaînes ; et la détermination de contigs associés qui contiennent des variations structurales comparativement au contig primaire.
États désignés : AE, AG, AL, AM, AO, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BH, BN, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CL, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DK, DM, DO, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, GT, HN, HR, HU, ID, IL, IN, IR, IS, JP, KE, KG, KN, KP, KR, KZ, LA, LC, LK, LR, LS, LU, LY, MA, MD, ME, MG, MK, MN, MW, MX, MY, MZ, NA, NG, NI, NO, NZ, OM, PA, PE, PG, PH, PL, PT, QA, RO, RS, RU, RW, SA, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, ST, SV, SY, TH, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, ZA, ZM, ZW.
Organisation régionale africaine de la propriété intellectuelle (ARIPO) (BW, GH, GM, KE, LR, LS, MW, MZ, NA, RW, SD, SL, ST, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Office eurasien des brevets (OEAB) (AM, AZ, BY, KG, KZ, RU, TJ, TM)
Office européen des brevets (OEB) (AL, AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HR, HU, IE, IS, IT, LT, LU, LV, MC, MK, MT, NL, NO, PL, PT, RO, RS, SE, SI, SK, SM, TR)
Organisation africaine de la propriété intellectuelle (OAPI) (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, KM, ML, MR, NE, SN, TD, TG).
Langue de publication : anglais (EN)
Langue de dépôt : anglais (EN)