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1. (WO2016202918) PROCÉDÉ DE COMPRESSION DE DONNÉES GÉNOMIQUES

Pub. No.:    WO/2016/202918    International Application No.:    PCT/EP2016/063875
Publication Date: Fri Dec 23 00:59:59 CET 2016 International Filing Date: Fri Jun 17 01:59:59 CEST 2016
IPC: G06F 19/22
Applicants: GOTTFRIED WILHELM LEIBNIZ UNIVERSITÄT HANNOVER
Inventors: MUNDERLOH, Marco
VOGES, Jan
OSTERMANN, Jörn
Title: PROCÉDÉ DE COMPRESSION DE DONNÉES GÉNOMIQUES
Abstract:
La présente invention concerne un procédé permettant de compresser des données génomiques, où les données génomiques sont stockées dans au moins un fichier de données contenant au moins une pluralité de lectures construites par un procédé de séquençage de génome, où chaque lecture comprend une position de mappage, une chaîne CIGAR et une séquence de nucléotides séquencée réelle en tant que partie locale du génome de donneur, comprenant les étapes suivantes : - dérouler une séquence de nucléotides d'une lecture actuelle d'un desdits fichiers de données en utilisant la position de mappage et la chaîne CIGAR de ladite lecture actuelle, où ladite lecture actuelle a au moins une lecture précédente, - calculer une différence entre la séquence de nucléotides déroulée de ladite lecture actuelle et une séquence de nucléotides déroulée d'au moins une desdites lectures précédentes, où ladite différence contient les différences des positions de mappage et des séquences de nucléotides, - passer ladite différence calculée à un codeur entropique pour compresser ladite différence, - encoder ladite lecture actuelle par la différence compressée, et - répéter les étapes précédentes en utilisant ladite lecture actuelle comme une desdites lectures précédentes et une lecture suivante comme une nouvelle lecture actuelle jusqu'à ce qu'il n'y ait plus de lectures suivantes disponibles.