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1. (WO2016196125) PROCÉDÉ POUR DÉVELOPPER ET APPLIQUER DES BASES DE DONNÉES POUR L'IDENTIFICATION DE MICRO-ORGANISMES PAR SPECTROMÉTRIE DE MASSE MALDI-TOF
Dernières données bibliographiques dont dispose le Bureau international   

N° de publication : WO/2016/196125 N° de la demande internationale : PCT/US2016/034106
Date de publication : 08.12.2016 Date de dépôt international : 25.05.2016
CIB :
G01N 27/62 (2006.01) ,G01N 23/225 (2006.01) ,H01J 49/26 (2006.01) ,G01N 33/48 (2006.01)
G PHYSIQUE
01
MÉTROLOGIE; ESSAIS
N
RECHERCHE OU ANALYSE DES MATÉRIAUX PAR DÉTERMINATION DE LEURS PROPRIÉTÉS CHIMIQUES OU PHYSIQUES
27
Recherche ou analyse des matériaux par l'emploi de moyens électriques, électrochimiques ou magnétiques
62
en recherchant l'ionisation des gaz; en recherchant les décharges électriques, p.ex. l'émission cathodique
G PHYSIQUE
01
MÉTROLOGIE; ESSAIS
N
RECHERCHE OU ANALYSE DES MATÉRIAUX PAR DÉTERMINATION DE LEURS PROPRIÉTÉS CHIMIQUES OU PHYSIQUES
23
Recherche ou analyse des matériaux par l'utilisation de rayonnement (ondes ou particules) non couvertes par le groupe G01N21/ ou G01N22/183
22
en mesurant l'émission secondaire
225
en utilisant une microsonde électronique ou ionique
H ÉLECTRICITÉ
01
ÉLÉMENTS ÉLECTRIQUES FONDAMENTAUX
J
TUBES À DÉCHARGE ÉLECTRIQUE OU LAMPES À DÉCHARGE ÉLECTRIQUE
49
Spectromètres pour particules ou tubes séparateurs de particules
26
Spectromètres de masse ou tubes séparateurs de masse
G PHYSIQUE
01
MÉTROLOGIE; ESSAIS
N
RECHERCHE OU ANALYSE DES MATÉRIAUX PAR DÉTERMINATION DE LEURS PROPRIÉTÉS CHIMIQUES OU PHYSIQUES
33
Recherche ou analyse des matériaux par des méthodes spécifiques non couvertes par les groupes G01N1/-G01N31/146
48
Matériau biologique, p.ex. sang, urine; Hémocytomètres
Déposants :
VIRGIN INSTRUMENTS CORPORATION [US/US]; 261 Cedar Hill Street Suite 100 Marlborough, Massachusetts 01752, US
Inventeurs :
VESTAL, Marvin L.; US
PARKER, Kenneth; US
Mandataire :
RAUSCHENBACH, Kurt; US
Données relatives à la priorité :
62/168,56229.05.2015US
Titre (EN) METHOD FOR DEVELOPING AND APPLYING DATABASES FOR IDENTIFICATION OF MICROORGANISMS BY MALDI-TOF MASS SPECTROMETRY
(FR) PROCÉDÉ POUR DÉVELOPPER ET APPLIQUER DES BASES DE DONNÉES POUR L'IDENTIFICATION DE MICRO-ORGANISMES PAR SPECTROMÉTRIE DE MASSE MALDI-TOF
Abrégé :
(EN) A method for organism identification using MALDI TOF mass spectrometry includes generating a searchable database. A mass spectrum is acquired from a sample. Peak detection of the acquired mass spectrum is performed, binned and a vector is generated. Dot products are computed between the generated vector of peak detected mass spectrum and averaged binned spectrum for each isolate. A relative probability that acquired mass spectrum matches a spectrum from each isolate in the searchable database is computed. A logarithmic score for matching the acquired mass spectrum with the mass spectrum is computed from each isolate. The logarithmic score for matching the acquired mass spectrum is compared with the mass spectrum from each isolate to a predetermined minimum passing score. A list of isolates is generated with greater than the predetermined minimum score. The probability rank and logarithmic score are then reported for each isolate with a minimum passing score.
(FR) L'invention concerne un procédé permettant d'identifier des organismes à l'aide d'une spectrométrie de masse MALDI-TOF qui comprend la génération d'une base de données consultable. Un spectre de masse est acquis à partir d'un échantillon. La détection de crête du spectre de masse acquis est effectuée, compartimentée et un vecteur est généré. Des produits scalaires sont calculés entre le vecteur généré de spectre de masse à détection de crête et le spectre compartimenté moyenné pour chaque isolat. Une probabilité relative pour que le spectre de masse acquis corresponde à un spectre provenant de chaque isolat dans la base de données consultable est calculée. Un score logarithmique pour la concordance du spectre de masse acquis avec le spectre de masse est calculé à partir de chaque isolat. Le score logarithmique pour la concordance du spectre de masse acquis est comparé avec le spectre de masse provenant de chaque isolat à un score de réussite minimum prédéfini. Une liste d'isolats est générée avec un score supérieur au score minimum prédéfini. Le rang de probabilité et le score logarithmique sont ensuite rapportés pour chaque isolat avec un score de réussite minimum.
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États désignés : AE, AG, AL, AM, AO, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BH, BN, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CL, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DK, DM, DO, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, GT, HN, HR, HU, ID, IL, IN, IR, IS, JP, KE, KG, KN, KP, KR, KZ, LA, LC, LK, LR, LS, LU, LY, MA, MD, ME, MG, MK, MN, MW, MX, MY, MZ, NA, NG, NI, NO, NZ, OM, PA, PE, PG, PH, PL, PT, QA, RO, RS, RU, RW, SA, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, ST, SV, SY, TH, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, ZA, ZM, ZW
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Organisation africaine de la propriété intellectuelle (OAPI) (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, KM, ML, MR, NE, SN, TD, TG)
Langue de publication : anglais (EN)
Langue de dépôt : anglais (EN)