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1. (WO2016191384) ANALYSE DE SÉQUENÇAGE D'AMPLICON AMÉLIORÉE
Dernières données bibliographiques dont dispose le Bureau international   

N° de publication : WO/2016/191384 N° de la demande internationale : PCT/US2016/033810
Date de publication : 01.12.2016 Date de dépôt international : 23.05.2016
CIB :
G06F 19/18 (2011.01) ,G06F 19/22 (2011.01)
G PHYSIQUE
06
CALCUL; COMPTAGE
F
TRAITEMENT ÉLECTRIQUE DE DONNÉES NUMÉRIQUES
19
Équipement ou méthodes de traitement de données ou de calcul numérique, spécialement adaptés à des applications spécifiques
10
Bio-informatique, c. à d. procédés ou systèmes pour le traitement de données génétiques ou se rapportant aux protéines en biologie moléculaire informatique
18
pour la génomique ou la protéomique fonctionnelle, p.ex. associations génotype-phénotype, déséquilibre de liaison, mutagénèse, génotypage ou annotation génomique, interactions protéines-protéines ou interactions protéines-acides nucléiques
G PHYSIQUE
06
CALCUL; COMPTAGE
F
TRAITEMENT ÉLECTRIQUE DE DONNÉES NUMÉRIQUES
19
Équipement ou méthodes de traitement de données ou de calcul numérique, spécialement adaptés à des applications spécifiques
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Bio-informatique, c. à d. procédés ou systèmes pour le traitement de données génétiques ou se rapportant aux protéines en biologie moléculaire informatique
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pour la comparaison de séquences impliquant des nucléotides ou des acides aminés, p.ex. recherche d'homologie, identification de motifs ou de SNP [polymorphismes de nucléotides simples] ou alignement de séquences
Déposants :
TRANSLATIONAL GENOMICS RESEARCH INSTITUTE [US/US]; 445 N. Fifth Street Phoenix, Arizona 85004, US
ARIZONA BOARD OF REGENTS, ACTING FOR AND ON BEHALF OF NORTHERN ARIZONA UNIVERSITY [US/US]; P.O. Box 4087 Flagstaff, Arizona 86011, US
Inventeurs :
LEMMER, Darrin; US
BOWERS, Jolene; US
KELLEY, Erin; US
ENGELTHALER, David; US
DRIEBE, Elizabeth; US
KEIM, Paul; US
Mandataire :
MOY, Alison J.; US
Données relatives à la priorité :
62/165,61222.05.2015US
Titre (EN) ENHANCED AMPLICON SEQUENCING ANALYSIS
(FR) ANALYSE DE SÉQUENÇAGE D'AMPLICON AMÉLIORÉE
Abrégé :
(EN) An Amplicon Sequencing Analysis Pipeline (ASAP) system (120, 600) characterizes a genetic sample. The ASAP system (120, 600) receives assay configuration data individually associating reference sequences and genetic characteristics. The ASAP system (120, 600) processes amplicon sequencing data and the reference 5 sequences to characterize the genetic sample based on the individual associations between the reference sequences and the genetic characteristics in the assay configuration data. The ASAP (120, 600) system transfers genetic data indicating the genetic characteristics for the genetic sample and indicating interpretation metrics for amplicon sequencing read 10 depth and quality related to the genetic characteristics.
(FR) L'invention concerne un système de pipeline d'analyse de séquençage d'amplicon (ASAP) (120, 600) caractérisant un échantillon génétique. Le système ASAP (120, 600) reçoit des données de configuration de dosage associant individuellement des séquences de référence et des caractéristiques génétiques. Le système ASAP (120, 600) traite des données de séquençage d'amplicon et les séquences de référence pour caractériser l'échantillon génétique sur la base des associations individuelles entre les séquences de référence et les caractéristiques génétiques dans les données de configuration de dosage. Le système ASAP (120, 600) transfère des données génétiques indiquant les caractéristiques génétiques de l'échantillon génétique et indiquant des mesures d'interprétation de profondeur et de qualité de lecture de séquençage d'amplicon se rapportant aux caractéristiques génétiques.
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États désignés : AE, AG, AL, AM, AO, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BH, BN, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CL, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DK, DM, DO, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, GT, HN, HR, HU, ID, IL, IN, IR, IS, JP, KE, KG, KN, KP, KR, KZ, LA, LC, LK, LR, LS, LU, LY, MA, MD, ME, MG, MK, MN, MW, MX, MY, MZ, NA, NG, NI, NO, NZ, OM, PA, PE, PG, PH, PL, PT, QA, RO, RS, RU, RW, SA, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, ST, SV, SY, TH, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, ZA, ZM, ZW
Organisation régionale africaine de la propriété intellectuelle (ARIPO) (BW, GH, GM, KE, LR, LS, MW, MZ, NA, RW, SD, SL, ST, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Office eurasien des brevets (OEAB) (AM, AZ, BY, KG, KZ, RU, TJ, TM)
Office européen des brevets (OEB (AL, AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HR, HU, IE, IS, IT, LT, LU, LV, MC, MK, MT, NL, NO, PL, PT, RO, RS, SE, SI, SK, SM, TR)
Organisation africaine de la propriété intellectuelle (OAPI) (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, KM, ML, MR, NE, SN, TD, TG)
Langue de publication : anglais (EN)
Langue de dépôt : anglais (EN)