Certains contenus de cette application ne sont pas disponibles pour le moment.
Si cette situation persiste, veuillez nous contacter àObservations et contact
1. (WO2016139546) MAPPAGE DE LECTURES COURTES EN SÉQUENÇAGE SUR PLATES-FORMES
Dernières données bibliographiques dont dispose le Bureau international   

N° de publication : WO/2016/139546 N° de la demande internationale : PCT/IB2016/050840
Date de publication : 09.09.2016 Date de dépôt international : 17.02.2016
CIB :
G06F 19/10 (2011.01) ,G06F 19/22 (2011.01)
G PHYSIQUE
06
CALCUL; COMPTAGE
F
TRAITEMENT ÉLECTRIQUE DE DONNÉES NUMÉRIQUES
19
Équipement ou méthodes de traitement de données ou de calcul numérique, spécialement adaptés à des applications spécifiques
10
Bio-informatique, c. à d. procédés ou systèmes pour le traitement de données génétiques ou se rapportant aux protéines en biologie moléculaire informatique
G PHYSIQUE
06
CALCUL; COMPTAGE
F
TRAITEMENT ÉLECTRIQUE DE DONNÉES NUMÉRIQUES
19
Équipement ou méthodes de traitement de données ou de calcul numérique, spécialement adaptés à des applications spécifiques
10
Bio-informatique, c. à d. procédés ou systèmes pour le traitement de données génétiques ou se rapportant aux protéines en biologie moléculaire informatique
22
pour la comparaison de séquences impliquant des nucléotides ou des acides aminés, p.ex. recherche d'homologie, identification de motifs ou de SNP [polymorphismes de nucléotides simples] ou alignement de séquences
Déposants :
INDIAN INSTITUTE OF SCIENCE [IN/IN]; C V Raman Road, Bangalore, Karnataka 560012, IN
Inventeurs :
NATARAJAN, Santhi; IN
PAL, Debnath; IN
NANDY, S.k.; IN
Mandataire :
KHURANA & KHURANA, ADVOCATES & IP ATTORNEYS; E-13, UPSIDC, Site-IV, Behind-Grand Venice Kasna Road, Greater Noida, National Capital Region, Uttar Pradesh 201310, IN
Données relatives à la priorité :
1089/CHE/201505.03.2015IN
Titre (EN) MAPPING OF SHORT READS IN SEQUENCING IN PLATFORMS
(FR) MAPPAGE DE LECTURES COURTES EN SÉQUENÇAGE SUR PLATES-FORMES
Abrégé :
(EN) The present disclosure relates to a scalable hardware accelerator for mapping and alignment of short reads with a reference genome that incorporates a mapper in the architecture with masks designed for identifying absolute match, single mismatch, two mismatches, and the like, in a three stage datapath. It is possible to map the short reads for any number of mismatches depending on the requirement with corresponding number of stages in the datapath and corresponding masks. Availability of multiple masks does away with need for multiple indexing steps on reference genome, corresponding to mask selection and corresponding storage of voluminous data. In another aspect adequate parallelism is incorporated to speed up the mapping process.
(FR) La présente invention concerne un accélérateur matériel extensible pour le mappage et l'alignement de lectures courtes avec un génome de référence, qui incorpore un mappeur dans l'architecture avec des masques conçus pour identifier une concordance absolue, un désaccord unique, deux désaccords, etc., dans un chemin de données en trois étapes. Il est possible d'associer les lectures courtes pour n'importe quel nombre de désaccords en fonction du besoin, avec un nombre correspondant d'étapes dans le chemin de données et des masques correspondants. La disponibilité de masques multiples élimine le besoin d'étapes multiples d'indexation sur le génome de référence, correspondant à la sélection des masques et au stockage correspondant de données volumineuses. Dans un autre aspect, un parallélisme adéquat est incorporé pour accélérer le processus de mappage.
front page image
États désignés : AE, AG, AL, AM, AO, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BH, BN, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CL, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DK, DM, DO, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, GT, HN, HR, HU, ID, IL, IN, IR, IS, JP, KE, KG, KN, KP, KR, KZ, LA, LC, LK, LR, LS, LU, LY, MA, MD, ME, MG, MK, MN, MW, MX, MY, MZ, NA, NG, NI, NO, NZ, OM, PA, PE, PG, PH, PL, PT, QA, RO, RS, RU, RW, SA, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, ST, SV, SY, TH, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, ZA, ZM, ZW
Organisation régionale africaine de la propriété intellectuelle (ARIPO) (BW, GH, GM, KE, LR, LS, MW, MZ, NA, RW, SD, SL, ST, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Office eurasien des brevets (OEAB) (AM, AZ, BY, KG, KZ, RU, TJ, TM)
Office européen des brevets (OEB (AL, AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HR, HU, IE, IS, IT, LT, LU, LV, MC, MK, MT, NL, NO, PL, PT, RO, RS, SE, SI, SK, SM, TR)
Organisation africaine de la propriété intellectuelle (OAPI) (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, KM, ML, MR, NE, SN, TD, TG)
Langue de publication : anglais (EN)
Langue de dépôt : anglais (EN)