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1. (WO2015140535) ANALYSE D'UN POLYMÈRE À PARTIR DE MESURES MULTI-DIMENSIONNELLES
Dernières données bibliographiques dont dispose le Bureau international   

N° de publication :    WO/2015/140535    N° de la demande internationale :    PCT/GB2015/050776
Date de publication : 24.09.2015 Date de dépôt international : 17.03.2015
CIB :
G06F 19/22 (2011.01), G01N 33/487 (2006.01)
Déposants : OXFORD NANOPORE TECHNOLOGIES LIMITED [GB/GB]; Oxford Nanopore Technologies Limited of Edmund Cartwright House 4 Robert Robinson Avenue Oxford Science Park Oxford Oxfordshire OX4 4GA (GB)
Inventeurs : DOLAN, Kevin Thomas; (GB).
WRIGHT, Christopher James; (GB)
Mandataire : MERRYWEATHER, Colin Henry; (GB)
Données relatives à la priorité :
1405090.0 21.03.2014 GB
1418373.5 16.10.2014 GB
Titre (EN) ANALYSIS OF A POLYMER FROM MULTI-DIMENSIONAL MEASUREMENTS
(FR) ANALYSE D'UN POLYMÈRE À PARTIR DE MESURES MULTI-DIMENSIONNELLES
Abrégé : front page image
(EN)A target sequence of polymer units is estimated from plural series of measurements taken from sequences of polymer units that comprise the target sequence or a complementary sequence. Each measurement is dependent on a k-mer (k polymer units). Models treat the measurements as observations of k-mer states, comprising transition weightings in respect of transitions between successive k-mer states and emission weightings for different measurements being observed. An estimated alignment mapping between the plural series of measurements is derived based on an application of the models to each series. An estimate of the target sequence of polymer units is generated by applying the models, treating the types of k-mer state of each model and the measurements as dimensions of a plural dimensional k-mer state and plural dimensional observations. Constraint of paths through the plural dimensional k-mer states using the derived alignment mapping greatly reduces the required processing.
(FR)La présente invention concerne une séquence cible de motifs polymères qui est estimée à partir de plusieurs séries de mesures prises à partir de séquences de motifs polymères qui comprennent la séquence cible ou une séquence complémentaire. Chaque mesure dépend d'un k-mère (k motifs polymères). Des modèles traitent les mesures en tant qu'observations des états du k-mère, comprenant des pondérations de transition en ce qui concerne les transitions entre des états successifs du k-mère et des pondérations d'émission pour différentes mesures observées. Un mappage d'alignement estimé entre la pluralité de séries de mesures est dérivé sur la base d'une application des modèles à chaque série. Une estimation de la séquence cible de motifs polymères est produite par l'application des modèles, le traitement des types d'état du k-mère de chaque modèle et les mesures en tant que dimensions d'un état de k-mère pluridimensionnel et d'observations pluridimensionnelles. La contrainte de chemins au travers des états du k-mère pluridimensionnels à l'aide du mappage d'alignement dérivé réduit considérablement le traitement nécessaire.
États désignés : AE, AG, AL, AM, AO, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BH, BN, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CL, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DK, DM, DO, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, GT, HN, HR, HU, ID, IL, IN, IR, IS, JP, KE, KG, KN, KP, KR, KZ, LA, LC, LK, LR, LS, LU, LY, MA, MD, ME, MG, MK, MN, MW, MX, MY, MZ, NA, NG, NI, NO, NZ, OM, PA, PE, PG, PH, PL, PT, QA, RO, RS, RU, RW, SA, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, ST, SV, SY, TH, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, ZA, ZM, ZW.
Organisation régionale africaine de la propriété intellectuelle (ARIPO) (BW, GH, GM, KE, LR, LS, MW, MZ, NA, RW, SD, SL, ST, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Office eurasien des brevets (OEAB) (AM, AZ, BY, KG, KZ, RU, TJ, TM)
Office européen des brevets (OEB) (AL, AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HR, HU, IE, IS, IT, LT, LU, LV, MC, MK, MT, NL, NO, PL, PT, RO, RS, SE, SI, SK, SM, TR)
Organisation africaine de la propriété intellectuelle (OAPI) (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, KM, ML, MR, NE, SN, TD, TG).
Langue de publication : anglais (EN)
Langue de dépôt : anglais (EN)