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1. (WO2015116862) PROCÉDÉS ET SYSTÈMES POUR L'ÉCHANTILLONNAGE DE SOLUTÉ ORGANIQUE DANS DES ENVIRONNEMENTS AQUEUX ET HÉTÉROGÈNES
Dernières données bibliographiques dont dispose le Bureau international   

N° de publication : WO/2015/116862 N° de la demande internationale : PCT/US2015/013607
Date de publication : 06.08.2015 Date de dépôt international : 29.01.2015
CIB :
G01N 1/00 (2006.01)
G PHYSIQUE
01
MÉTROLOGIE; ESSAIS
N
RECHERCHE OU ANALYSE DES MATÉRIAUX PAR DÉTERMINATION DE LEURS PROPRIÉTÉS CHIMIQUES OU PHYSIQUES
1
Echantillonnage; Préparation des éprouvettes pour la recherche
Déposants : UNIVERSITY OF MARYLAND, BALTIMORE[US/US]; Office of Technology Transfer 620 W. Lexington Street, 4th Floor Baltimore, MD 21201, US
Inventeurs : MACKERELL, Alexander, D., Jr.; US
RAMAN, E., Prabhu; US
LAKKARAJU, Sirish, Kaushik; US
Mandataire : CARROLL, Lawrence, J.; US
Données relatives à la priorité :
61/932,89029.01.2014US
Titre (EN) METHODS AND SYSTEMS FOR ORGANIC SOLUTE SAMPLING OF AQUEOUS AND HETEROGENEOUS ENVIRONMENTS
(FR) PROCÉDÉS ET SYSTÈMES POUR L'ÉCHANTILLONNAGE DE SOLUTÉ ORGANIQUE DANS DES ENVIRONNEMENTS AQUEUX ET HÉTÉROGÈNES
Abrégé :
(EN) Provided are computer implemented methods for organic solute sampling in aqueous and heterogeneous environments using oscillating chemical potentials in Grand Canonical Monte Carlo simulations. The methods involve GCMC of both the solutes and water, with the excess chemical potential (μex) of both the solute and the water oscillated to attain their target concentrations in the simulation system. In some example methods, the μex of the water and solutes over the GCMC iterations are varied to improve solute exchange probabilities and the spatial distributions of the solutes and molecular dynamics (MD) simulations may be performed in addition to GCMC to improve sampling of spatial distributions. These methods may be used to determine the hydration free energy (HFE) of the individual or multiple solutes when targeting in aqueous solutions. Also included are methods of driving solute sampling in and around macromolecules, including proteins, in aqueous environments.
(FR) La présente invention concerne des procédés informatisés pour l'échantillonnage de soluté organique dans des environnements aqueux et hétérogènes utilisant des potentiels chimiques oscillants dans des simulations Monte Carlo à ensemble grand canonique (GCMC). Les procédés mettent en œuvre le GCMC des solutés et de l'eau, le potentiel chimique en excès (μex) du soluté et de l'eau oscillant pour atteindre leurs concentrations cibles dans le système de simulation. Dans certains exemples de procédé, le μex de l'eau et des solutés au cours des itérations de GCMC varie de manière à améliorer les probabilités d'échange de soluté et les distributions spatiales des solutés et des simulations de dynamique moléculaire (MD) peuvent être effectuées en plus du GCMC pour améliorer l'échantillonnage de distributions spatiales. Ces procédés peuvent être utilisés pour déterminer l'énergie libre d'hydratation (HFE) des solutés individuels ou multiples lors du ciblage dans les solutions aqueuses. L'invention concerne en outre des procédés de conduite d'échantillonnage de soluté dans et autour de macromolécules, comprenant des protéines, dans des environnements aqueux.
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États désignés : AE, AG, AL, AM, AO, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BH, BN, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CL, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DK, DM, DO, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, GT, HN, HR, HU, ID, IL, IN, IR, IS, JP, KE, KG, KN, KP, KR, KZ, LA, LC, LK, LR, LS, LU, LY, MA, MD, ME, MG, MK, MN, MW, MX, MY, MZ, NA, NG, NI, NO, NZ, OM, PA, PE, PG, PH, PL, PT, QA, RO, RS, RU, RW, SA, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, ST, SV, SY, TH, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, ZA, ZM, ZW
Organisation régionale africaine de la propriété intellectuelle (ARIPO) (BW, GH, GM, KE, LR, LS, MW, MZ, NA, RW, SD, SL, ST, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Office eurasien des brevets (OEAB) (AM, AZ, BY, KG, KZ, RU, TJ, TM)
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Organisation africaine de la propriété intellectuelle (OAPI) (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, KM, ML, MR, NE, SN, TD, TG)
Langue de publication : anglais (EN)
Langue de dépôt : anglais (EN)