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1. (WO2014162638) ANALYSE DE SITES DE SOLVATATION BIOMOLÉCULAIRE PAR LA THÉORIE 3D-RISM
Dernières données bibliographiques dont dispose le Bureau international   

N° de publication :    WO/2014/162638    N° de la demande internationale :    PCT/JP2013/083808
Date de publication : 09.10.2014 Date de dépôt international : 11.12.2013
CIB :
G06F 19/12 (2011.01)
Déposants : MOLECULAR DESIGN FRONTIER CO. LTD. [JP/JP]; 9-11, Sakamoto 3-chome, Otsu-shi, Shiga 5200113 (JP)
Inventeurs : HIRATA, Fumio; (JP).
SINDHIKARA, Daniel Jon; (JP)
Mandataire : KOHNO, Hideto; KOHNO & KOHNO, 4-3, Tsuriganecho 2-chome, Chuo-ku, Osaka-shi, Osaka 5400035 (JP)
Données relatives à la priorité :
PCT/JP2013/060996 05.04.2013 JP
Titre (EN) ANALYSIS OF BIOMOLECULAR SOLVATION SITES BY THE 3D-RISM THEORY
(FR) ANALYSE DE SITES DE SOLVATATION BIOMOLÉCULAIRE PAR LA THÉORIE 3D-RISM
Abrégé : front page image
(EN)This invention is a method for equilibrium solvation-site analysis for biomolecules. The method utilizes 3D-RISM calculations to quickly obtain equilibrium solvent distributions without either necessity of simulation or limits of solvent sampling. The analysis of these distributions extracts highest likelihood poses of solvent as well as localized entropies, enthalpies and solvation free energies. As a test system we used a structure of HIV-1 protease bound to KNI-272 where excellent structural and thermodynamic data is available for comparison. The results, obtained within minutes, show systematic agreement with available experimental data. Further, our results are in good agreement with established simulation-based solvent analysis methods. This method can be used not only for visual analysis of active site solvation but also for virtual screening methods and experimental refinement.
(FR)La présente invention concerne un procédé d'analyse de sites de solvatation d'équilibre pour des biomolécules. Le procédé utilise des calculs 3D-RISM pour obtenir rapidement des distributions de solvant d'équilibre sans nécessité de simulation ni de limites d'échantillonnage du solvant. L'analyse de ces distributions extrait les poses de solvant ayant la plus haute probabilité ainsi que les entropies, les enthalpies et les énergies sans solvatation localisées. Comme système de test, on a utilisé une structure de protéase HIV-1 liée au KNI-272, où d'excellentes données structurelles et thermodynamiques sont disponibles pour la comparaison. Les résultats, obtenus en quelques minutes, montrent un accord systématique avec les données expérimentales disponibles. En outre, nos résultats concordent sensiblement avec les procédés établis d'analyse de solvant basés sur la simulation. Le présent procédé peut ainsi être utilisé non seulement pour l'analyse visuelle de la solvatation de sites actifs, mais aussi pour des procédés de criblage virtuel et un affinement expérimental.
États désignés : AE, AG, AL, AM, AO, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BH, BN, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CL, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DK, DM, DO, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, GT, HN, HR, HU, ID, IL, IN, IR, IS, JP, KE, KG, KN, KP, KR, KZ, LA, LC, LK, LR, LS, LT, LU, LY, MA, MD, ME, MG, MK, MN, MW, MX, MY, MZ, NA, NG, NI, NO, NZ, OM, PA, PE, PG, PH, PL, PT, QA, RO, RS, RU, RW, SA, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, ST, SV, SY, TH, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, ZA, ZM, ZW.
Organisation régionale africaine de la propriété intellectuelle (ARIPO) (BW, GH, GM, KE, LR, LS, MW, MZ, NA, RW, SD, SL, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Office eurasien des brevets (OEAB) (AM, AZ, BY, KG, KZ, RU, TJ, TM)
Office européen des brevets (OEB) (AL, AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HR, HU, IE, IS, IT, LT, LU, LV, MC, MK, MT, NL, NO, PL, PT, RO, RS, SE, SI, SK, SM, TR)
Organisation africaine de la propriété intellectuelle (OAPI) (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, KM, ML, MR, NE, SN, TD, TG).
Langue de publication : anglais (EN)
Langue de dépôt : anglais (EN)