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1. (WO2014015196) TECHNIQUES PERMETTANT DE PRÉDIRE LE PHÉNOTYPE À PARTIR DU GÉNOTYPE SUR LA BASE D'UN MODÈLE DE CALCUL CORRESPONDANT À UNE CELLULE ENTIÈRE
Dernières données bibliographiques dont dispose le Bureau international   

N° de publication :    WO/2014/015196    N° de la demande internationale :    PCT/US2013/051167
Date de publication : 23.01.2014 Date de dépôt international : 18.07.2013
CIB :
G06F 19/12 (2011.01), G06G 7/60 (2006.01)
Déposants : THE BOARD OF TRUSTEES OF THE LELAND STANFORD JUNIOR UNIVERSITY [US/US]; 1705 El Camino Real Palo Alto, California 94306-1106 (US)
Inventeurs : COVERT, Markus; (US).
KARR, Jonathan; (US).
SANGHVI, Jayodita; (US).
JACOBS, Jared; (US).
MACKLIN, Derek; (US)
Mandataire : MOLINELLI, Eugene; P.O. Box 231 Manassas, Virginia 20108 (US)
Données relatives à la priorité :
61/672,855 18.07.2012 US
61/783,826 14.03.2013 US
Titre (EN) TECHNIQUES FOR PREDICTING PHENOTYPE FROM GENOTYPE BASED ON A WHOLE CELL COMPUTATIONAL MODEL
(FR) TECHNIQUES PERMETTANT DE PRÉDIRE LE PHÉNOTYPE À PARTIR DU GÉNOTYPE SUR LA BASE D'UN MODÈLE DE CALCUL CORRESPONDANT À UNE CELLULE ENTIÈRE
Abrégé : front page image
(EN)Techniques for simulations using a whole-cell model include retrieving cell state data that indicates chromosome data that represents over 40 %, and preferably 100%, of genes in a single cell of an organism, and which also indicates populations of gene products in multiple functional compartments. The compartments include, at least, an external conditions compartment, a membrane compartment, a cytosol compartment, and a DNA interactions compartment. Multiple sub-models are executed that each simulate, for a same time step, a different cell process selected from, at least, transcription, translation, ribosome assembly, protein translocation, and metabolism. Values for the cell state data are updated based on results from executing the sub-models; and, the steps of executing the sub-models and updating the values for the cell state data are repeated for multiple time steps. Values of the cell state data after the multiple time steps are stored on a computer-readable medium.
(FR)Les techniques de simulation utilisant un modèle correspondant à une cellule entière comprennent les étapes consistant à recueillir des données relatives à l'état de la cellule révélatrices de données sur les chromosomes qui représentent plus de 40 %, et de préférence 100 %, des gènes dans une unique cellule d'un organisme et également révélatrices de la présence de populations de produits géniques dans de multiples compartiments fonctionnels. Les compartiments comprennent, au moins, un compartiment correspondant aux conditions extérieures, un compartiment membranaire, un compartiment cytosolique et un compartiment où se déroulent les interactions de l'ADN. De multiples sous-modèles, qui simulent chacun, pour un même intervalle de temps, un processus cellulaire différent choisi parmi, au moins, la transcription, la traduction, l'assemblage des ribosomes, la translocation protéique et le métabolisme, sont exécutés. Les valeurs correspondant aux données relatives à l'état de la cellule sont mises à jour sur la base des résultats de l'exécution desdits sous-modèles ; les étapes d'exécution des sous-modèles et de mise à jour des valeurs correspondant aux données relatives à l'état de la cellule sont répétées pour plusieurs intervalles de temps. Les valeurs correspondant aux données relatives à l'état de la cellule après lesdits intervalles de temps sont stockées sur un support informatique.
États désignés : AE, AG, AL, AM, AO, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BH, BN, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CL, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DK, DM, DO, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, GT, HN, HR, HU, ID, IL, IN, IS, JP, KE, KG, KN, KP, KR, KZ, LA, LC, LK, LR, LS, LT, LU, LY, MA, MD, ME, MG, MK, MN, MW, MX, MY, MZ, NA, NG, NI, NO, NZ, OM, PA, PE, PG, PH, PL, PT, QA, RO, RS, RU, RW, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, ST, SV, SY, TH, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, ZA, ZM, ZW.
Organisation régionale africaine de la propriété intellectuelle (ARIPO) (BW, GH, GM, KE, LR, LS, MW, MZ, NA, RW, SD, SL, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Office eurasien des brevets (OEAB) (AM, AZ, BY, KG, KZ, RU, TJ, TM)
Office européen des brevets (OEB) (AL, AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HR, HU, IE, IS, IT, LT, LU, LV, MC, MK, MT, NL, NO, PL, PT, RO, RS, SE, SI, SK, SM, TR)
Organisation africaine de la propriété intellectuelle (OAPI) (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, KM, ML, MR, NE, SN, TD, TG).
Langue de publication : anglais (EN)
Langue de dépôt : anglais (EN)