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1. (WO2013053852) CONCEPTION DE SONDES TIGE-BOUCLE ET LEUR UTILISATION DANS LE GÉNOTYPAGE DES SNP
Dernières données bibliographiques dont dispose le Bureau international   

N° de publication : WO/2013/053852 N° de la demande internationale : PCT/EP2012/070207
Date de publication : 18.04.2013 Date de dépôt international : 11.10.2012
CIB :
C12Q 1/68 (2006.01)
Déposants : GAMPER, Howard[US/US]; US (US)
MAMONE, Joseph[US/US]; US (US)
TECAN TRADING AG[CH/CH]; Seestrasse 103 CH-8708 Männedorf, CH
Inventeurs : GAMPER, Howard; US
MAMONE, Joseph; US
Mandataire : MÜLLER, Theodor; OK pat AG Chamerstrasse 50 CH-6300 Zug, CH
Données relatives à la priorité :
13/272,96113.10.2011US
Titre (EN) DESIGN OF STEM-LOOP PROBES AND UTILIZATION IN SNP GENOTYPING
(FR) CONCEPTION DE SONDES TIGE-BOUCLE ET LEUR UTILISATION DANS LE GÉNOTYPAGE DES SNP
Abrégé : front page image
(EN) A stem-loop probe for single nucleotide polymorphism (SNP) genotyping of individual SNP nucleic acid target sequences comprises first (1), second (2), and third (3) single stranded nucleic acid portions. The second single stranded nucleic acid portion (2) is located between the first (1) and the third (3) single stranded nucleic acid portions. The first (1) and the third (3) single stranded nucleic acid portions build a double stranded, intramolecular stem (10). The second single stranded nucleic acid portion (2) forms a single stranded oligonucleotide loop (20) with a nucleotide sequence that is complementary to individual SNP nucleic acid target sequences. The nucleotide sequence of the stem-loop probe is chosen such that perfect match probe/target hybrids have a melting point Tm that is at least 5 °C higher than the Tm of mismatched probe/target hybrids. The first (1) and the third (3) single stranded nucleic acid portions of the stem-loop probe comprise a 3' or 5' end configured as an A, T, or C nucleotide, to which A, T, or C nucleotide a non-quenched fluorophore is conjugated. In a method of detecting single nucleotide polymorphism (SNP) in nucleic acid containing samples, a pair of such stem-loop probes for SNP genotyping of two individual SNP nucleic acid target sequences of a sample is utilized. The stem-loop probes (100) comprise the same first (3), second (2), and third (3) single stranded nucleic acid portions and a ratio of perfect match probe/target hybrids to mismatched probe/target hybrids is detected at a certain temperature.
(FR) Une sonde tige-boucle selon l'invention pour le génotypage des polymorphismes d'un seul nucléotide (SNP) dans des séquences cibles individuelles d'acides nucléiques de SNP comprend des première (1), deuxième (2) et troisième (3) parties de type acide nucléique simple brin. La deuxième partie (2) acide nucléique simple brin se trouve entre la première (1) et troisième (3) partie acide nucléique simple brin. La première (1) et troisième (3) partie acide nucléique simple brin forment une tige intramoléculaire (10) double brin. La deuxième (2) partie acide nucléique simple brin forme une boucle oligonucléotidique (20) simple brin avec une séquence nucléotidique qui est complémentaire des séquences cibles individuelles d'acides nucléiques de SNP. La séquence nucléotidique de la sonde tige-boucle est choisie de façon que les hybrides sonde/cible d'appariement parfait aient un point de fusion Tm qui est au moins de 5°C supérieur à la Tm des hybrides sonde/cible mal appariés. La première (1) et troisième (3) partie acide nucléique simple brin de la sonde tige-boucle comprennent une extrémité 3' ou 5' conçue comme un nucléotide A, T, ou C, extrémité A, T, ou C à laquelle un fluorophore non désactivé est conjugué. Dans un procédé de détection d'un polymorphisme d'un seul nucléotide (SNP) dans des échantillons contenant un acide nucléique, une paire de ces sondes tige-boucle pour le génotypage des SNP de deux séquences cibles individuelles d'acides nucléiques de SNP d'un échantillon est utilisée. Les sondes tige-boucle (100) comprennent les mêmes première (1), deuxième (2), et troisième (3) parties acide nucléique simple brin et un rapport des hybrides sonde/cible d'appariement parfait aux hybrides sonde-cible mal appariés est détecté à une certaine température.
États désignés : AE, AG, AL, AM, AO, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BH, BN, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CL, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DK, DM, DO, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, GT, HN, HR, HU, ID, IL, IN, IS, JP, KE, KG, KM, KN, KP, KR, KZ, LA, LC, LK, LR, LS, LT, LU, LY, MA, MD, ME, MG, MK, MN, MW, MX, MY, MZ, NA, NG, NI, NO, NZ, OM, PA, PE, PG, PH, PL, PT, QA, RO, RS, RU, RW, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, ST, SV, SY, TH, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, ZA, ZM, ZW
Organisation régionale africaine de la propriété intellectuelle (ARIPO) (BW, GH, GM, KE, LR, LS, MW, MZ, NA, RW, SD, SL, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Office eurasien des brevets (OEAB) (AM, AZ, BY, KG, KZ, RU, TJ, TM)
Office européen des brevets (OEB (AL, AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HR, HU, IE, IS, IT, LT, LU, LV, MC, MK, MT, NL, NO, PL, PT, RO, RS, SE, SI, SK, SM, TR)
Organisation africaine de la propriété intellectuelle (OAPI) (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, ML, MR, NE, SN, TD, TG)
Langue de publication : anglais (EN)
Langue de dépôt : anglais (EN)