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1. WO2012003817 - NOUVEAU PROCÉDÉ DE CARACTÉRISATION ET DE REPRÉSENTATION MULTIDIMENSIONNELLE DU PROCESSUS DE REPLIEMENT DES PROTÉINES

Numéro de publication WO/2012/003817
Date de publication 12.01.2012
N° de la demande internationale PCT/DE2010/001527
Date du dépôt international 28.12.2010
CIB
G01N 33/68 2006.01
GPHYSIQUE
01MÉTROLOGIE; TESTS
NRECHERCHE OU ANALYSE DES MATÉRIAUX PAR DÉTERMINATION DE LEURS PROPRIÉTÉS CHIMIQUES OU PHYSIQUES
33Recherche ou analyse des matériaux par des méthodes spécifiques non couvertes par les groupes G01N1/-G01N31/146
48Matériau biologique, p.ex. sang, urine; Hémocytomètres
50Analyse chimique de matériau biologique, p.ex. de sang ou d'urine; Test par des méthodes faisant intervenir la formation de liaisons biospécifiques par ligands; Test immunologique
68faisant intervenir des protéines, peptides ou amino-acides
CPC
C12Q 1/37
CCHEMISTRY; METALLURGY
12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS
1Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms
34involving hydrolase
37involving peptidase or proteinase
G01N 33/6803
GPHYSICS
01MEASURING; TESTING
NINVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
33Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
48Biological material, e.g. blood, urine
50Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
68involving proteins, peptides or amino acids
6803General methods of protein analysis not limited to specific proteins or families of proteins
G01N 33/6851
GPHYSICS
01MEASURING; TESTING
NINVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
33Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
48Biological material, e.g. blood, urine
50Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
68involving proteins, peptides or amino acids
6803General methods of protein analysis not limited to specific proteins or families of proteins
6848Methods of protein analysis involving mass spectrometry
6851Methods of protein analysis involving laser desorption ionisation mass spectrometry
G06Q 30/0207
GPHYSICS
06COMPUTING; CALCULATING; COUNTING
QDATA PROCESSING SYSTEMS OR METHODS, SPECIALLY ADAPTED FOR ADMINISTRATIVE, COMMERCIAL, FINANCIAL, MANAGERIAL, SUPERVISORY OR FORECASTING PURPOSES; SYSTEMS OR METHODS SPECIALLY ADAPTED FOR ADMINISTRATIVE, COMMERCIAL, FINANCIAL, MANAGERIAL, SUPERVISORY OR FORECASTING PURPOSES, NOT OTHERWISE PROVIDED FOR
30Commerce, e.g. shopping or e-commerce
02Marketing, e.g. market research and analysis, surveying, promotions, advertising, buyer profiling, customer management or rewards; Price estimation or determination
0207Discounts or incentives, e.g. coupons, rebates, offers or upsales
G06Q 40/02
GPHYSICS
06COMPUTING; CALCULATING; COUNTING
QDATA PROCESSING SYSTEMS OR METHODS, SPECIALLY ADAPTED FOR ADMINISTRATIVE, COMMERCIAL, FINANCIAL, MANAGERIAL, SUPERVISORY OR FORECASTING PURPOSES; SYSTEMS OR METHODS SPECIALLY ADAPTED FOR ADMINISTRATIVE, COMMERCIAL, FINANCIAL, MANAGERIAL, SUPERVISORY OR FORECASTING PURPOSES, NOT OTHERWISE PROVIDED FOR
40Finance; Insurance; Tax strategies; Processing of corporate or income taxes
02Banking, e.g. interest calculation, credit approval, mortgages, home banking or on-line banking
Déposants
  • HAN, Sigeng [DE/DE]; DE
Inventeurs
  • HAN, Sigeng; DE
Données relatives à la priorité
10 2010 026 094.005.07.2010DE
Langue de publication allemand (DE)
Langue de dépôt allemand (DE)
États désignés
Titre
(DE) EIN NEUES VERFAHREN ZUM CHARAKTERISIEREN UND MULTIDIMENSIONALEN DARSTELLEN DES FALTUNGSVORGANGS DER PROTEINE
(EN) NOVEL METHOD FOR CHARACTERIZING AND MULTI-DIMENSIONALLY REPRESENTING THE FOLDING PROCESS OF PROTEINS
(FR) NOUVEAU PROCÉDÉ DE CARACTÉRISATION ET DE REPRÉSENTATION MULTIDIMENSIONNELLE DU PROCESSUS DE REPLIEMENT DES PROTÉINES
Abrégé
(DE)
Die Erfindung betrifft ein neues Verfahren zum Charakterisieren und multidimensionalen Darstellen des Faltungsvorgangs der Proteine (Figur-9). Dieses Verfahren besteht in einer methodisch neuen Kombination aus der kinetischen Anordnung der hydrodynamischen Größe des rückfaltenden und dabei modifizierten Proteins, der auf die bioinformatischen Erkennungsmuster beruhenden Zuordnung der proteolytisch fragmentierten Intermediate, der Klassifizierung der Faltungswegezugehörigkeit der Intermediate, der Charakterisierung der Faltungsabläufe und der computerunterstützten multidimensionalen Visualisierung des charakterisierten Faltungsvorgangs. Die Besonderheit dieses Verfahrens liegt darin, dass alle bei der Rückfaltung modifizierten und dadurch strukturell abgefangenen Intermediate nach ihren 4 individuellen Charakteristiken, nämlich der hydrodynamischen Größe, dem Entstehungszeitpunkt, der Faltungswegezugehörigkeit und Menge identifiziert und digitalisiert werden. Dieses neue Verfahren findet viele Anwendungen auf dem Gebiet der Forschung der Proteinfaltung und Proteopathie, des Proteinengineering, des Antikörperengineering, der Molekularbiologie, der therapeutischen Medizin, der Biotechnologie, der biotechnologischen Erzeugung von Proteinpharmaka, der Proteintaxonomie und der Nanotechnologie zur Entwicklung und Herstellung neuartiger funktioneller Proteinmaterialien. Zur Ausführung dieses Verfahrens können erfindungsgemäß vielfältige Produkte in Form von unterschiedlichen Assay-Kits, Geräten, Software und Automaten hergestellt und eingesetzt werden.
(EN)
The invention relates to a novel method for characterizing and multi-dimensionally representing the folding process of proteins (Figure 9). Said method comprises, in a methodically novel combination, kinetically arranging the hydrodynamic size of the refolding and thus modified protein, associating the proteolytically fragmented intermediates on the basis of the bioinformatic detection patterns, classifying the folding pathway association of the intermediates, characterizing the folding sequences, and multi-dimensionally visualizing the characterized folding process in a computer-aided manner. Said method is characterized in that all intermediates modified during the refolding and thus structurally blocked are identified and digitalized according to the four individual characteristics of said intermediates, namely the hydrodynamic size, the formation time, the folding pathway association, and amount. Said novel method has many applications in the field of research of protein folding and proteopathy, protein engineering, antibody engineering, molecular biology, therapeutic medicine, biotechnology, biotechnological production of protein pharmaceuticals, protein taxonomy, and nanotechnology for developing and producing novel functional protein materials. According to the invention, many and varied products in the form of different assay kits, devices, software, and machines can be produced and used to carry out said method.
(FR)
L'invention concerne un nouveau procédé de caractérisation et de représentation multidimensionnelle du processus de repliement des protéines (figure 9). Ledit procédé consiste en une nouvelle combinaison -d'un point de vue méthodique- de procédés constituée de l'agencement cinétique des grandeurs hydrodynamiques de la protéine en repliement et donc modifiée, de l'affectation des intermédiaires protéolytiquement fragmentés reposant sur le modèle d'identification bioinformatique, de la classification de l'appartenance des intermédiaires à une voie de repliement, de la caractérisation du déroulement du repliement et de la visualisation multidimensionnelle assistée par ordinateur du processus de repliement caractérisé. Ledit procédé est caractérisé en ce que tous les intermédiaires modifiés lors du le repliement et donc piégés structuralement sont identifiés et numérisés selon leurs quatre caractéristiques individuelles, à savoir la grandeur hydrodynamique, le moment de survenance, l'appartenance à une voie de repliement et la quantité. Ce nouveau procédé trouve ses applications dans les domaines de la recherche en matière de repliement des protéines et de protéopathie, de l'ingénierie des protéines, de l'ingénierie des anticorps, de la biologie moléculaire, de la médecine thérapeutique, de la biotechnologie, de la production biotechnologique de médicaments protéiques, de la taxonomie protéique et de la nanotechnologie pour le développement et la production de nouveaux matériels protéiques fonctionnels. Pour la mise en œuvre de ce procédé, il est possible selon l'invention de produire et d'utiliser de multiples produits sous la forme de différents kits d'analyse, appareils, logiciels et automates.
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