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1. (WO2011153200) PROCÉDÉ DE QUANTIFICATION D'AMPLITUDE D'UNE RÉPONSE À UN RÉSEAU BIOLOGIQUE
Dernières données bibliographiques dont dispose le Bureau international   

N° de publication :    WO/2011/153200    N° de la demande internationale :    PCT/US2011/038703
Date de publication : 08.12.2011 Date de dépôt international : 01.06.2011
CIB :
G06F 19/00 (2011.01), G06F 17/10 (2006.01), G06F 9/44 (2006.01)
Déposants : SELVENTA, INC. [US/US]; One Alewife Center Cambridge, MA 02140 (US) (Tous Sauf US)
Inventeurs : THOMSON, Ty, Matthew; (US).
LADD, William, M.; (US).
PRATT, Dexter, Roydon; (US)
Mandataire : JUDSON, David, H.; Law Office of David H. Judson 15950 Dallas Parkway Suite 225 Dallas, TX 75248 (US)
Données relatives à la priorité :
13/149,022 31.05.2011 US
61/350,337 01.06.2010 US
Titre (EN) METHOD FOR QUANTIFYING AMPLITUDE OF A RESPONSE OF A BIOLOGICAL NETWORK
(FR) PROCÉDÉ DE QUANTIFICATION D'AMPLITUDE D'UNE RÉPONSE À UN RÉSEAU BIOLOGIQUE
Abrégé : front page image
(EN)One or more measurement signatures are derived from a knowledge base of casual biological facts, where a signature is a collection of measured node entities and their expected directions of change with respect to a reference node. The knowledge base may be a directed network of experimentally-observed casual relationships among biological entities and processes, and a reference node represents a perturbation. A degree of activation of a signature is then assessed by scoring one or more "differential" data sets against the signature to compute an amplitude score. The amplitude score quantifies fold-changes of measurements in the signature. In one particular embodiment, the amplitude score is a weighted average of adjusted log-fold changes of measured node entities in the signature, wherein an adjustment applied to the log-fold changes is based on their expected direction of change. In an alternative embodiment, the amplitude score is based on quantity effects.
(FR)La présente invention concerne une ou plusieurs signatures de mesure dérivées d'une base de connaissances de faits biologiques occasionnels, une signature étant un regroupement d'entités de nœuds mesurés et de leurs directions de changements attendues par rapport à un nœud de référence. Ladite base de connaissances peut être un réseau dirigé de relations occasionnelles observées de manière expérimentale parmi des processus et des entités biologiques, et un nœud de référence représente une perturbation. Un degré d'activation d'une signature est alors évalué par notation d'un ou de plusieurs ensembles de données « différentielles » par rapport à la signature, pour permettre le calcul d'un score d'amplitude. Ledit score d'amplitude quantifie des changements multiples de mesures dans la signature. Dans un mode de réalisation spécifique, le score d'amplitude est une moyenne pondérée de changements ajustés et multipliés par un logarithme d'entités de nœuds mesurées dans la signature. Un ajustement appliqué aux changements multipliés par un logarithme se base sur leur direction de modification attendue. Dans un autre mode de réalisation, le score d'amplitude est basé sur des effets de quantité.
États désignés : AE, AG, AL, AM, AO, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BH, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CL, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DK, DM, DO, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, GT, HN, HR, HU, ID, IL, IN, IS, JP, KE, KG, KM, KN, KP, KR, KZ, LA, LC, LK, LR, LS, LT, LU, LY, MA, MD, ME, MG, MK, MN, MW, MX, MY, MZ, NA, NG, NI, NO, NZ, OM, PE, PG, PH, PL, PT, RO, RS, RU, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, ST, SV, SY, TH, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, ZA, ZM, ZW.
Organisation régionale africaine de la propriété intellectuelle (ARIPO) (BW, GH, GM, KE, LR, LS, MW, MZ, NA, SD, SL, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Office eurasien des brevets (OEAB) (AM, AZ, BY, KG, KZ, MD, RU, TJ, TM)
Office européen des brevets (OEB) (AL, AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HR, HU, IE, IS, IT, LT, LU, LV, MC, MK, MT, NL, NO, PL, PT, RO, RS, SE, SI, SK, SM, TR)
Organisation africaine de la propriété intellectuelle (OAPI) (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, ML, MR, NE, SN, TD, TG).
Langue de publication : anglais (EN)
Langue de dépôt : anglais (EN)