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1. (WO2011150475) CARTOGRAPHIE OPTIQUE DE L'ADN GÉNOMIQUE
Dernières données bibliographiques dont dispose le Bureau international   

N° de publication : WO/2011/150475 N° de la demande internationale : PCT/BE2011/000035
Date de publication : 08.12.2011 Date de dépôt international : 01.06.2011
Demande présentée en vertu du Chapitre 2 : 02.04.2012
CIB :
G01N 21/64 (2006.01) ,C12Q 1/68 (2006.01) ,G01N 33/58 (2006.01)
Déposants : DEDECKER, Peter[BE/BE]; BE (UsOnly)
HOFKENS, Johan[BE/BE]; BE (UsOnly)
HOTTA, Jun-Ichi[JP/JP]; JP (UsOnly)
NEELY, Robert[GB/GB]; GB (UsOnly)
KATHOLIEKE UNIVERSITEIT LEUVEN K.U. LEUVEN R&D[BE/BE]; Minderbroedersstraat 8a - bus 5105 B-3000 Leuven, BE (AllExceptUS)
Inventeurs : DEDECKER, Peter; BE
HOFKENS, Johan; BE
HOTTA, Jun-Ichi; JP
NEELY, Robert; GB
Mandataire : WAUTERS, Davy; DenK iP bvba Pastoor Ceulemansstraat 3 B-3191 Schiplaken (Hever), BE
Données relatives à la priorité :
1009332.604.06.2010GB
1011066.630.06.2010GB
1016194.127.09.2010GB
1021026.813.12.2010GB
1021491.420.12.2010GB
61/459,30609.12.2010US
Titre (EN) OPTICAL MAPPING OF GENOMIC DNA
(FR) CARTOGRAPHIE OPTIQUE DE L'ADN GÉNOMIQUE
Abrégé : front page image
(EN) We present a new method for single-molecule optical DNA profiling using an exceptionally dense, yet sequence-specific coverage of DNA with a fluorescent probe. The method employs a DNA methyltransferase enzyme to direct the DNA labeling, followed by molecular combing of the DNA onto a polymer-coated surface and subsequent sub-diffraction limit localization of the fluorophores. The result is a 'DNA fluorocode'; a simple description of the DNA sequence, with a maximum achievable resolution of less than 20 bases, which can be read and analyzed like a barcode. We demonstrate the generation of a fluorocode for genomic DNA from the lambda bacteriophage using a DNA methyltransferase, M.Hhal, to direct fluorescent labels to four- base sequences reading 5'-GCGC-3'. A consensus fluorocode is constructed that allows the study of the DNA sequence at the level of an individual labeling site and is generated from a handful of molecules and entirely independently of any reference sequence.
(FR) La présente invention concerne un procédé inédit de profilage optique d'une seule molécule d'ADN faisant appel à une couverture exceptionnellement dense, mais spécifique d'une séquence, de l'ADN par une sonde fluorescente. Ledit procédé fait appel à une enzyme, l'ADN méthyltransférase, qui va guider le marquage de l'ADN, cela étant suivi d'un peignage moléculaire de l'ADN sur une surface revêtue d'un polymère, puis d'une localisation des limites de sous-diffraction des fluorophores. Il en résulte un « fluorocode ADN », qui correspond à une description simple de la séquence d'ADN, caractérisé par une résolution possible maximale de moins de 20 bases et qui peut être lu et analysé à la façon d'un code à barres. L'invention concerne la génération d'un fluorocode pour l'ADN génomique à partir du bactériophage lambda grâce à l'utilisation d'une ADN méthyltransférase, M. Hhal, pour guider les marqueurs fluorescents vers des séquences de quatre bases de type 5'-GCGC-3'. Un fluorocode faisant consensus est élaboré. Il permet l'étude de la séquence d'ADN au niveau d'un unique site de marquage et est généré à partir d'une poignée de molécules et de façon tout à fait indépendante d'une quelconque séquence de référence.
États désignés : AE, AG, AL, AM, AO, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BH, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CL, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DK, DM, DO, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, GT, HN, HR, HU, ID, IL, IN, IS, JP, KE, KG, KM, KN, KP, KR, KZ, LA, LC, LK, LR, LS, LT, LU, LY, MA, MD, ME, MG, MK, MN, MW, MX, MY, MZ, NA, NG, NI, NO, NZ, OM, PE, PG, PH, PL, PT, RO, RS, RU, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, ST, SV, SY, TH, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, ZA, ZM, ZW
Organisation régionale africaine de la propriété intellectuelle (ARIPO) (BW, GH, GM, KE, LR, LS, MW, MZ, NA, SD, SL, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Office eurasien des brevets (OEAB) (AM, AZ, BY, KG, KZ, MD, RU, TJ, TM)
Office européen des brevets (OEB (AL, AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HR, HU, IE, IS, IT, LT, LU, LV, MC, MK, MT, NL, NO, PL, PT, RO, RS, SE, SI, SK, SM, TR)
Organisation africaine de la propriété intellectuelle (OAPI) (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, ML, MR, NE, SN, TD, TG)
Langue de publication : anglais (EN)
Langue de dépôt : anglais (EN)