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1. (WO2011123837) PROCÉDÉ ET SYSTÈME D'ANALYSE QUANTITATIVE DE LA BIOSYNTHÈSE DES GLYCANES PAR SIMULATION INFORMATIQUE
Dernières données bibliographiques dont dispose le Bureau international   

N° de publication :    WO/2011/123837    N° de la demande internationale :    PCT/US2011/031022
Date de publication : 06.10.2011 Date de dépôt international : 01.04.2011
CIB :
G01N 33/60 (2006.01), G06F 19/28 (2011.01), G06F 17/10 (2006.01)
Déposants : UNIVERSITY OF GEORGIA RESEARCH FOUNDATION, INC. [US/US]; Boyd Graduate Studies Research Center Room No. 633 Athens, GA 30602-7411 (US) (Tous Sauf US).
YORK, William, S. [US/US]; (US) (US Seulement).
MILLER, John, A. [US/US]; (US) (US Seulement).
HAN, Jun [CN/US]; (US) (US Seulement).
KOCHUT, Krzysztof, J. [US/US]; (US) (US Seulement).
WELLS, Lance [US/US]; (US) (US Seulement)
Inventeurs : YORK, William, S.; (US).
MILLER, John, A.; (US).
HAN, Jun; (US).
KOCHUT, Krzysztof, J.; (US).
WELLS, Lance; (US)
Mandataire : SAPONE, William, J.; Coleman Sudol Sapone P.C. 714 Colorado Avenue Bridgeport, CT 06605 (US)
Données relatives à la priorité :
61/320,228 01.04.2010 US
Titre (EN) METHOD AND SYSTEM USING COMPUTER SIMULATION FOR THE QUANTITATIVE ANALYSIS OF GLYCAN BIOSYNTHESIS
(FR) PROCÉDÉ ET SYSTÈME D'ANALYSE QUANTITATIVE DE LA BIOSYNTHÈSE DES GLYCANES PAR SIMULATION INFORMATIQUE
Abrégé : front page image
(EN)This invention relates to methods and systems for the quantitative analysis of glycan biosynthesis along meta pathways, and more particularly, to using a computer simulation for comparing a computer generated spectrum to experimental data to quantitatively track the biosynthesis. Computer simulating the mass spectra of isotopic detection of aminosugars with glutamine experiments allows modeling the glycan biosynthesis over time, via changes in the 14N and 15N isotope abundance levels, so as to estimate the relative abundance of molecules involved in glycan biosynthesis, from experimental mass spectra collected from different time points. The proposed approach utilizes gradient search optimization to maximize the coefficient of determination between the experimental spectrum and the simulated spectrum. These relative abundances are then fed into a pathway simulation model to analyze glycan biosynthesis. Using a computer for simulating a mass spectrum allows reconfirming the identification, quantifying the isotopic configurations and obtaining the relative abundance of each as samples are taken at periodic intervals. This information can then be organized into time-series data allowing tracking the changes in abundance levels over time. These changes can then be used to analyze the data properties of glycan biosynthesis.
(FR)Cette invention concerne des procédés et des systèmes d'analyse quantitative de la biosynthèse des glycanes dans les métavoies, et plus particulièrement, l'utilisation d'une simulation informatique pour comparer un spectre généré par ordinateur à des données expérimentales afin de suivre quantitativement la biosynthèse. La simulation par ordinateur des spectres de masse de la détection isotopique d'aminosucres par des expériences sur la glutamine permet de modéliser la biosynthèse des glycanes dans le temps, via les changements des niveaux d'abondance des isotopes 14N et 15N, et d'estimer ainsi l'abondance relative des molécules impliquées dans la biosynthèse des glycanes, à partir des spectres de masse acquis en divers points temporels. L'approche proposée utilise une optimisation de la recherche par gradient pour maximiser le coefficient de détermination entre le spectre expérimental et le spectre simulé. Ces abondances relatives sont ensuite injectées dans un modèle de simulation des voies pour analyser la biosynthèse des glycanes. L'utilisation d'un ordinateur pour simuler un spectre de masse permet de reconfirmer l'identification, de quantifier les configurations isotopiques et d'obtenir l'abondance relative de chacun dans la mesure où des échantillons sont prélevés à des intervalles périodiques. Ces informations peuvent ensuite être organisées en données de séries chronologiques pour permettre le suivi des changements des niveaux d'abondance dans le temps. Ces changements peuvent ensuite être utilisés pour analyser les propriétés des données de la biosynthèse des glycanes.
États désignés : AE, AG, AL, AM, AO, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BH, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CL, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DK, DM, DO, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, GT, HN, HR, HU, ID, IL, IN, IS, JP, KE, KG, KM, KN, KP, KR, KZ, LA, LC, LK, LR, LS, LT, LU, LY, MA, MD, ME, MG, MK, MN, MW, MX, MY, MZ, NA, NG, NI, NO, NZ, OM, PE, PG, PH, PL, PT, RO, RS, RU, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, ST, SV, SY, TH, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, ZA, ZM, ZW.
Organisation régionale africaine de la propriété intellectuelle (ARIPO) (BW, GH, GM, KE, LR, LS, MW, MZ, NA, SD, SL, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Office eurasien des brevets (OEAB) (AM, AZ, BY, KG, KZ, MD, RU, TJ, TM)
Office européen des brevets (OEB) (AL, AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HR, HU, IE, IS, IT, LT, LU, LV, MC, MK, MT, NL, NO, PL, PT, RO, RS, SE, SI, SK, SM, TR)
Organisation africaine de la propriété intellectuelle (OAPI) (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, ML, MR, NE, SN, TD, TG).
Langue de publication : anglais (EN)
Langue de dépôt : anglais (EN)