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1. (WO2010000427) SYSTÈME ET PROCÉDÉ POUR LA DÉTECTION DE VARIANTS À TROPISME DU VIH
Dernières données bibliographiques dont dispose le Bureau international   

N° de publication :    WO/2010/000427    N° de la demande internationale :    PCT/EP2009/004672
Date de publication : 07.01.2010 Date de dépôt international : 29.06.2009
CIB :
C12Q 1/70 (2006.01)
Déposants : ROCHE DIAGNOSTICS GMBH [DE/DE]; Sandhofer Strasse 116 68305 Mannheim (DE) (DE only).
F. HOFFMANN-LA ROCHE AG [CH/CH]; Grenzacherstrasse 124 CH-4070 Basel (CH) (AE, AG, AL, AM, AO, AT, AU, AZ, BA, BB, BE, BF, BG, BH, BJ, BR, BW, BY, BZ, CA, CF, CG, CH, CI, CL, CM, CN, CO, CR, CU, CY, CZ, DK, DM, DO, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, FR, GA, GB, GD, GE, GH, GM, GN, GQ, GR, GT, GW, HN, HR, HU, ID, IE, IL, IN, IS, IT, JP, KE, KG, KM, KN, KP, KR, KZ, LA, LC, LK, LR, LS, LT, LU, LV, LY, MA, MC, MD, ME, MG, MK, ML, MN, MR, MT, MW, MX, MY, MZ, NA, NE, NG, NI, NL, NO, NZ, OM, PE, PG, PH, PL, PT, RO, RS, RU, SC, SD, SE, SG, SI, SK, SL, SM, SN, ST, SV, SY, SZ, TD, TG, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, UZ, VC, VN, ZA, ZM, ZW only)
Inventeurs : SIMEN, Birgitte, Binderup; (US).
ST. JOHN, Elizabeth, Patricia; (US)
Représentant
commun :
ROCHE DIAGNOSTICS GMBH [DE/DE]; c/o HILDEBRANDT, Martin Patent Department (TR-E) Postfach 11 52 82372 Penzberg (DE)
Données relatives à la priorité :
61/077,356 01.07.2008 US
Titre (EN) SYSTEM AND METHOD FOR DETECTION OF HIV TROPISM VARIANTS
(FR) SYSTÈME ET PROCÉDÉ POUR LA DÉTECTION DE VARIANTS À TROPISME DU VIH
Abrégé : front page image
(EN)An embodiment of a method for detecting low frequency occurrence of one or more HIV sequence variants associated with drug resistance is described that comprises the steps of: generating cDNA species from each RNA molecule in an HIV sample population; amplifying at least one first amplicon from the cDNA species, wherein each first amplicon comprises a plurality of amplified copies and is amplified with a pair of nucleic acid primers that define a locus of the first amplicon; clonally amplifying the amplified copies of the first amplicons to produce a plurality of second amplicons wherein a plurality of the second amplicons comprise an immobilized population of substantially identical copies from one of the amplified copies of first amplicons; determining a nucleic acid sequence composition of the substantially identical copies from at least 100 of the immobilized populations in parallel on a single substrate; and detecting one or more sequence variants that occur at a frequency of 5% or less in the nucleic acid sequence composition of the at least 100 immobilized populations; and correlating the detected sequence variants with variation associated with HIV tropism.
(FR)L'invention porte sur un mode de réalisation d'un procédé pour la détection de la présence à faible fréquence d'un ou plusieurs variants de séquence du VIH associés à la résistance aux médicaments, lequel procédé consiste : à générer une espèce d'ADNc à partir de chaque molécule d'ARN dans une population d'échantillons de VIH ; à amplifier au moins un premier amplicon à partir de l'espèce d'ADNc, chaque premier amplicon renfermant une pluralité de copies amplifiées et étant amplifié avec une paire d'amorces d’acides nucléiques qui définissent un locus du premier amplicon ; à amplifier par clonage les copies amplifiées des premiers amplicons pour produire une pluralité de seconds amplicons, une pluralité des seconds amplicons renfermant une population immobilisée de copies pratiquement identiques à partir de l'une des copies amplifiées des premiers amplicons ; à déterminer une composition de séquence d'acide nucléique des copies pratiquement identiques à partir d'au moins 100 des populations immobilisées en parallèle sur un seul substrat ; et à détecter un ou plusieurs variants de séquence qui sont présents à une fréquence inférieure ou égale à 5 % dans la composition de séquence d'acide nucléique desdites au moins 100 populations immobilisées ; et à corréler les variants de séquence détectés avec une variation associée au tropisme du VIH.
États désignés : AE, AG, AL, AM, AO, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BH, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CL, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DK, DM, DO, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, GT, HN, HR, HU, ID, IL, IN, IS, JP, KE, KG, KM, KN, KP, KR, KZ, LA, LC, LK, LR, LS, LT, LU, LY, MA, MD, ME, MG, MK, MN, MW, MX, MY, MZ, NA, NG, NI, NO, NZ, OM, PE, PG, PH, PL, PT, RO, RS, RU, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, ST, SV, SY, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, ZA, ZM, ZW.
Organisation régionale africaine de la propriété intellectuelle (ARIPO) (BW, GH, GM, KE, LS, MW, MZ, NA, SD, SL, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Office eurasien des brevets (OEAB) (AM, AZ, BY, KG, KZ, MD, RU, TJ, TM)
Office européen des brevets (OEB) (AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HR, HU, IE, IS, IT, LT, LU, LV, MC, MK, MT, NL, NO, PL, PT, RO, SE, SI, SK, TR)
Organisation africaine de la propriété intellectuelle (OAPI) (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, ML, MR, NE, SN, TD, TG).
Langue de publication : anglais (EN)
Langue de dépôt : anglais (EN)