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1. (WO2008084405) 4C
Dernières données bibliographiques dont dispose le Bureau international   

N° de publication :    WO/2008/084405    N° de la demande internationale :    PCT/IB2008/000625
Date de publication : 17.07.2008 Date de dépôt international : 10.01.2008
CIB :
C12Q 1/68 (2006.01)
Déposants : ERASMUS UNIVERSITY MEDICAL CENTER [NL/NL]; Faculty of Medicine, Dept. of Cell Biology and Genetics, P.O. Box 1738, NL-3000 DR Rotterdam (NL) (Tous Sauf US).
DE LAAT, Wouter [NL/NL]; (NL) (US Seulement).
GROSVELD, Frank [NL/NL]; (NL) (US Seulement)
Inventeurs : DE LAAT, Wouter; (NL).
GROSVELD, Frank; (NL)
Mandataire : LLOYD, John, Scott; D Young & Co, 120 Holborn, London EC1N 2DY (GB)
Données relatives à la priorité :
60/999,750 11.01.2007 US
60/977,900 05.10.2007 US
Titre (EN) CIRCULAR CHROMOSOME CONFORMATION CAPTURE (4C)
(FR) 4C
Abrégé : front page image
(EN)The present invention relates in one aspect to a method for analysing the frequency of interaction of a target nucleotide sequence with one or more nucleotide sequences of interest (eg. one or more genomic loci) comprising the steps of: (a) providing a sample of cross-linked DNA; (b) digesting the cross-linked DNA with a primary restriction enzyme; (c) ligating the cross-linked nucleotide sequences; (d) reversing the cross linking; (e) optionally digesting the nucleotide sequences with a secondary restriction enzyme; (f) optionally ligating one or more DNA sequences of known nucleotide composition to the available secondary restriction enzyme digestion site(s) that flank the one or more nucleotide sequences of interest; (g) amplifying the one or more nucleotide sequences of interest using at least two oligonucleotide primers, wherein each primer hybridises to the DNA sequences that flank the nucleotide sequences of interest; (h) hybridising the amplified sequence(s) to an array; and (i) determining the frequency of interaction between the DNA sequences.
(FR)Dans l'un de ses aspects, l'invention concerne un procédé d'analyse de la fréquence d'interaction d'une séquence nucléotidique cible avec au moins une séquence nucléotidique à examiner (par exemple au moins un locus génomique). Ce procédé comprend les étapes consistant à : (a) obtenir un échantillon d'ADN réticulé; (b) digérer l'ADN réticulé à l'aide d'une enzyme de restriction primaire; (c) ligaturer les séquences nucléotidiques réticulées; (d) inverser la réticulation; (e) digérer éventuellement les séquences nucléotidiques réticulées à l'aide d'une enzyme de restriction secondaire; (f) ligaturer éventuellement au moins une séquence d'ADN de composition nucléotidique connue au(x) site(s) de digestion de l'enzyme de restriction secondaire adjacent(s) à la séquence nucléotidique à examiner; (g) amplifier cette séquence nucléotidique à l'aide d'au moins deux amorces oligonucléotidiques, chaque amorce shybridant aux séquences d'ADN adjacentes à la séquence nucléotidique à examiner; (h) hybrider la/les séquence(s) amplifiée(s) sur un réseau; et (i) déterminer la fréquence d'interaction entre ces séquences d'ADN.
États désignés : AE, AG, AL, AM, AO, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BH, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DK, DM, DO, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, GT, HN, HR, HU, ID, IL, IN, IS, JP, KE, KG, KM, KN, KP, KR, KZ, LA, LC, LK, LR, LS, LT, LU, LY, MA, MD, ME, MG, MK, MN, MW, MX, MY, MZ, NA, NG, NI, NO, NZ, OM, PG, PH, PL, PT, RO, RS, RU, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, SV, SY, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, ZA, ZM, ZW.
Organisation régionale africaine de la propriété intellectuelle (ARIPO) (BW, GH, GM, KE, LS, MW, MZ, NA, SD, SL, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Office eurasien des brevets (OEAB) (AM, AZ, BY, KG, KZ, MD, RU, TJ, TM)
Office européen des brevets (OEB) (AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HR, HU, IE, IS, IT, LT, LU, LV, MC, MT, NL, NO, PL, PT, RO, SE, SI, SK, TR)
Organisation africaine de la propriété intellectuelle (OAPI) (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, ML, MR, NE, SN, TD, TG).
Langue de publication : anglais (EN)
Langue de dépôt : anglais (EN)