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1. WO2008005559 - STRATÉGIE SERVANT À DÉTECTER DES MUTATIONS DE FAIBLE ABONDANCE

Numéro de publication WO/2008/005559
Date de publication 10.01.2008
N° de la demande internationale PCT/US2007/015631
Date du dépôt international 09.07.2007
CIB
C12P 19/34 2006.01
CCHIMIE; MÉTALLURGIE
12BIOCHIMIE; BIÈRE; SPIRITUEUX; VIN; VINAIGRE; MICROBIOLOGIE; ENZYMOLOGIE; TECHNIQUES DE MUTATION OU DE GÉNÉTIQUE
PPROCÉDÉS DE FERMENTATION OU PROCÉDÉS UTILISANT DES ENZYMES POUR LA SYNTHÈSE D'UN COMPOSÉ CHIMIQUE DONNÉ OU D'UNE COMPOSITION DONNÉE, OU POUR LA SÉPARATION D'ISOMÈRES OPTIQUES À PARTIR D'UN MÉLANGE RACÉMIQUE
19Préparation de composés contenant des radicaux saccharide
26Préparation d'hydrates de carbone contenant de l'azote
28N-glucosides
30Nucléotides
34Polynucléotides, p.ex. acides nucléiques, oligoribonucléotides
CPC
C12Q 1/6827
CCHEMISTRY; METALLURGY
12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS
1Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms
68involving nucleic acids
6813Hybridisation assays
6827for detection of mutation or polymorphism
Déposants
  • JOHNS HOPKINS UNIVERSITY [US]/[US] (AllExceptUS)
  • GOGGINS, Michael [US]/[US] (UsOnly)
Inventeurs
  • GOGGINS, Michael
Mandataires
  • AXELROD, Nancy J.
Données relatives à la priorité
60/819,44007.07.2006US
Langue de publication anglais (EN)
Langue de dépôt anglais (EN)
États désignés
Titre
(EN) A STRATEGY FOR DETECTING LOW ABUNDANCE MUTATIONS
(FR) STRATÉGIE SERVANT À DÉTECTER DES MUTATIONS DE FAIBLE ABONDANCE
Abrégé
(EN)
The present invention relates, e.g., to a method for screening for mutations in a DNA sample, comprising (a) diluting and distributing the sample to obtain a plurality of aliquots which, on the average, contain between about 2-10 genome equivalents of the DNA; (b) PCR amplifying the DNA in a sufficient number of aliquots, with at least one set of PCR primers, so as to generate amplicons such that, if mutations are present at a frequency of about 1-10% in a given gene in the sample, the probability of there being a mutation in that gene in at least one of the amplicons is at least about 95%; and (c) screening the amplicons for the presence of mutations, using a method that can detect unspecified mutations at unspecified sites within an amplicon (e.g., temperature gradient capillary electrophoresis (TGCE) or cycle sequencing of the DNA).
(FR)
La présente invention concerne, par exemple, un procédé servant à rechercher par criblage des mutations dans un échantillon d'ADN, ledit procédé consistant à (a) diluer et diviser l'échantillon pour obtenir une pluralité de petites quantités d'échantillon qui, en moyenne, contiennent entre environ 2 et 10 équivalents génome de l'ADN ; (b) amplifier par ACP l'ADN dans un nombre suffisant de petites quantités d'échantillon, avec au moins un ensemble d'amorces pour ACP, de façon à générer des amplicons tels que, si des mutations sont présentes à une fréquence d'environ 1-10 % dans un gène donné présent dans l'échantillon, la probabilité qu'il y ait une mutation dans ce gène dans au moins l'un des amplicons soit d'au moins 95 % ; et (c) cribler les amplicons en ce qui concerne la présence de mutations, en utilisant un procédé qui peut détecter des mutations non spécifiées au niveau de sites non spécifiés à l'intérieur d'un amplicon (par exemple par électrophorèse capillaire à gradient de température (TGCE) ou séquençage cyclique de l'ADN).
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