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1. (WO2008000090) CLASSIFICATION DE SÉQUENCES DE CODES À BARRES D'ADN
Dernières données bibliographiques dont dispose le Bureau international   

N° de publication :    WO/2008/000090    N° de la demande internationale :    PCT/CA2007/001170
Date de publication : 03.01.2008 Date de dépôt international : 29.06.2007
CIB :
C40B 30/02 (2006.01), C12Q 1/68 (2006.01), G06F 17/30 (2006.01), G06F 19/28 (2011.01)
Déposants : UNIVERSITY OF GUELPH [CA/CA]; 130 Research Lane, Unit # 4, Guelph, Ontario N1G 5G3 (CA) (Tous Sauf US).
HAJIBABAEI, Mehrdad [CA/CA]; (CA) (US Seulement).
HEBERT, Paul [CA/CA]; (CA) (US Seulement).
HICKEY, Donal [CA/CA]; (CA) (US Seulement)
Inventeurs : HAJIBABAEI, Mehrdad; (CA).
HEBERT, Paul; (CA).
HICKEY, Donal; (CA)
Mandataire : GOWLING LAFLEUR HENDERSON LLP; Suite 1600, 1 First Canadian Place, 100 King Street West, Toronto, Ontario M5X 1G5 (CA)
Données relatives à la priorité :
60/817,353 30.06.2006 US
Titre (EN) DNA BARCODE SEQUENCE CLASSIFICATION
(FR) CLASSIFICATION DE SÉQUENCES DE CODES À BARRES D'ADN
Abrégé : front page image
(EN)There is provided a method for indexing and searching DNA barcode sequences in a barcode database. In order to index a DNA barcode sequence, the DNA barcode sequence is cleaned by removing all characters except those characters uniquely identifying one of the four nucleotide subunits of a DNA strand. The cleaned DNA barcode sequence is segmented into a number of words, each word having a predefined number of nucleotides, the segmented DNA barcode representing a barcode index. The barcode index is associated with its species name for storage in the barcode database. In order to search the barcode database, a DNA barcode sequence query is cleaned and segmented as described above. A frame set is created comprising a plurality of query index frames, each query index frame representing a shifted version of the cleaned DNA barcode sequence query. The barcode database is searched using the words of the query indices and a predefined search algorithm for finding a barcode index that best matches at least one query index frame in the frame set.
(FR)L'invention concerne un procédé pour indexer et rechercher des séquences de codes à barres d'ADN dans une base de données de codes à barres. Afin d'indexer une séquence de codes à barres d'ADN, la séquence de codes à barres d'ADN est nettoyée en enlevant tous les caractères à l'exception des caractères identifiant de manière unique une des quatre sous-unités de nucléotides d'un brin d'ADN. La séquence de codes à barres d'ADN nettoyée est segmentée en un certain nombre de mots, chaque mot ayant un nombre prédéfini de nucléotides, le code à barres d'ADN segmenté représentant un indice de code à barres. L'indice de code à barres est associé à son nom d'espèce pour un stockage dans la base de données de codes à barres. Afin de rechercher dans la base de données de codes à barres, une interrogation de séquence de codes à barres d'ADN est nettoyée et segmentée comme décrit ci-dessus. Un ensemble de cadres est créé comprenant une pluralité de cadres d'index d'interrogation, chaque cadre d'index d'interrogation représentant une version décalée de l'interrogation de séquence de codes à barres d'ADN nettoyée. La base de données de codes à barres est recherchée à l'aide des mots des index d'interrogation et d'un algorithme de recherche prédéfini pour trouver un index de code à barres qui correspond au mieux à au moins un cadre d'index d'interrogation dans l'ensemble de cadres.
États désignés : AE, AG, AL, AM, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BH, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DK, DM, DO, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, GT, HN, HR, HU, ID, IL, IN, IS, JP, KE, KG, KM, KN, KP, KR, KZ, LA, LC, LK, LR, LS, LT, LU, LY, MA, MD, MG, MK, MN, MW, MX, MY, MZ, NA, NG, NI, NO, NZ, OM, PG, PH, PL, PT, RO, RS, RU, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, SV, SY, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, ZA, ZM, ZW.
Organisation régionale africaine de la propriété intellectuelle (ARIPO) (BW, GH, GM, KE, LS, MW, MZ, NA, SD, SL, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Office eurasien des brevets (OEAB) (AM, AZ, BY, KG, KZ, MD, RU, TJ, TM)
Office européen des brevets (OEB) (AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HU, IE, IS, IT, LT, LU, LV, MC, MT, NL, PL, PT, RO, SE, SI, SK, TR)
Organisation africaine de la propriété intellectuelle (OAPI) (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, ML, MR, NE, SN, TD, TG).
Langue de publication : anglais (EN)
Langue de dépôt : anglais (EN)