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1. (WO2007053962) PROCEDE ET SYSTEME INFORMATIQUES PERMETTANT D'IDENTIFIER DES ORGANISMES
Dernières données bibliographiques dont dispose le Bureau international   

N° de publication :    WO/2007/053962    N° de la demande internationale :    PCT/CH2005/000664
Date de publication : 18.05.2007 Date de dépôt international : 09.11.2005
CIB :
G06F 19/22 (2011.01), G06F 19/28 (2011.01)
Déposants : SMARTGENE GMBH [CH/CH]; Industriestrasse 16, CH-6300 Zug (CH) (Tous Sauf US).
EMLER, Stefan [DE/CH]; (CH) (US Seulement)
Inventeurs : EMLER, Stefan; (CH)
Mandataire : VOGEL, Dany; Isler & Pedrazzini AG, Gotthardstrasse 53, Postfach 6940, CH-8023 Zürich (CH)
Données relatives à la priorité :
Titre (EN) COMPUTER-IMPLEMENTED METHOD AND COMPUTER SYSTEM FOR IDENTIFYING ORGANISMS
(FR) PROCEDE ET SYSTEME INFORMATIQUES PERMETTANT D'IDENTIFIER DES ORGANISMES
Abrégé : front page image
(EN)To identify organism types from a target gene sequence, a server receives (S1) a target reference from a user via a telecommunications network. From a plurality of type-specific profiles, defining informative sequence regions for differentiating individual organisms, selected (S2) automatically is a profile having a highest correlation with the target gene sequence. The target gene sequence is compared (S4) automatically to reference sequences related to the selected profile. The comparison results related to the informative sequence regions are weighted (S5) and, from the reference sequences, determined (S9) is the organism type associated with the type-specific reference sequence, having a best match with the target gene sequence. The best match is determined based on the weighted comparison results. The profile search and weighted alignment provides identification of organism types from a target gene sequence while discriminating between trivial and significant inter-sequence differences.
(FR)L'invention concerne un procédé et un système permettant d'identifier des types d'organismes à partir d'une séquence génique cible. Pour ce faire, un serveur reçoit (S1) une référence cible provenant d'un utilisateur via un réseau de télécommunications. A partir d'une pluralité de profils spécifiques types définissant des régions de séquence informatives permettant de différencier des organismes individuels, on sélectionne (S2) automatiquement un profil présentant une forte corrélation avec la séquence génique cible est sélectionné. On compare (S4) automatiquement ladite séquence à des séquences de référence associées au profil sélectionné. On pondère (S5) les résultais de la comparaison associés aux régions de séquence informatives, et à partir des séquences de référence, on détermine (S9) le type d'organisme associé à la séquence de référence spécifique d'un type présentant la meilleure correspondance avec la séquence génique cible. On détermine la meilleure correspondance en fonction des résultats de comparaison pondérés. La recherche de profil et un alignement pondéré permettent d'identifier des types d'organismes à partir d'une séquence génique cible tout en établissant une distinction entre des différences inter-séquence secondaires et significatives.
États désignés : AE, AG, AL, AM, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DK, DM, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, HR, HU, ID, IL, IN, IS, JP, KE, KG, KM, KN, KP, KR, KZ, LC, LK, LR, LS, LT, LU, LV, LY, MA, MD, MG, MK, MN, MW, MX, MZ, NA, NG, NI, NO, NZ, OM, PG, PH, PL, PT, RO, RU, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, SY, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, YU, ZA, ZM, ZW.
Organisation régionale africaine de la propriété intellectuelle (ARIPO) (BW, GH, GM, KE, LS, MW, MZ, NA, SD, SL, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Office eurasien des brevets (OEAB) (AM, AZ, BY, KG, KZ, MD, RU, TJ, TM)
Office européen des brevets (OEB) (AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HU, IE, IS, IT, LT, LU, LV, MC, NL, PL, PT, RO, SE, SI, SK, TR)
Organisation africaine de la propriété intellectuelle (OAPI) (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, ML, MR, NE, SN, TD, TG).
Langue de publication : anglais (EN)
Langue de dépôt : anglais (EN)