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1. WO2005008240 - CARTE PEPTIDIQUE D'INTERACTIONS STRUCTURELLES (SIFT)

Numéro de publication WO/2005/008240
Date de publication 27.01.2005
N° de la demande internationale PCT/US2004/020992
Date du dépôt international 01.07.2004
CIB
G06F 19/16 2011.01
GPHYSIQUE
06CALCUL; COMPTAGE
FTRAITEMENT ÉLECTRIQUE DE DONNÉES NUMÉRIQUES
19Équipement ou méthodes de traitement de données ou de calcul numérique, spécialement adaptés à des applications spécifiques
10Bio-informatique, c. à d. procédés ou systèmes pour le traitement de données génétiques ou se rapportant aux protéines en biologie moléculaire informatique
16pour la structure moléculaire, p.ex. alignement de la structure, relations structurales ou fonctionnelles, repliement protéique, topologies de domaine, ciblage de médicaments utilisant des données de structure, impliquant des structures bidimensionnelles ou tridimensionnelles
CPC
C12Q 1/6876
CCHEMISTRY; METALLURGY
12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS
1Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms
68involving nucleic acids
6876Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
G01N 33/6845
GPHYSICS
01MEASURING; TESTING
NINVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
33Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
48Biological material, e.g. blood, urine
50Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
68involving proteins, peptides or amino acids
6803General methods of protein analysis not limited to specific proteins or families of proteins
6845Methods of identifying protein-protein interactions in protein mixtures
G16B 15/00
GPHYSICS
16INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
BBIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
15ICT specially adapted for analysing two-dimensional or three-dimensional molecular structures, e.g. structural or functional relations or structure alignment
G16B 20/00
GPHYSICS
16INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
BBIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
20ICT specially adapted for functional genomics or proteomics, e.g. genotype-phenotype associations
Déposants
  • BIOGEN IDEC MA INC. [US/US]; 14 Cambridge Center Cambridge, MA 02142, US (AllExceptUS)
  • SINGH, Juswinder [GB/US]; US (UsOnly)
  • CHUAQUI, Claudio [CA/US]; US (UsOnly)
  • DENG, Zhan [CA/CA]; CA (UsOnly)
Inventeurs
  • SINGH, Juswinder; US
  • CHUAQUI, Claudio; US
  • DENG, Zhan; CA
Mandataires
  • FOX, Harold, H.; Steptoe & Johnson LLP 1330 Connecticut Avenue NW Washington, DC 20036, US
Données relatives à la priorité
60/484,30803.07.2003US
60/524,08324.11.2003US
Langue de publication anglais (EN)
Langue de dépôt anglais (EN)
États désignés
Titre
(EN) STRUCTURAL INTERACTION FINGERPRINT (SIFt)
(FR) CARTE PEPTIDIQUE D'INTERACTIONS STRUCTURELLES (SIFT)
Abrégé
(EN)
Disclosed is a method for representing and analyzing 3D target molecule-ligand intermolecular interactions. The method generates structural interaction fingerprints (SIFts) that convert three-dimensional structural interaction information into linear information strings that contains a plurality of information blocks; each of which in turn containing a plurality of information units. By assigning to each information unit a calculated value to represent the characteristic of a set of intermolecular interactions occurring at each selected position (i.e., a position on the target molecule at which intermolecular interaction occurs), a SIR of the target molecule-ligand complex is constructed.
(FR)
La présente invention se rapporte à un procédé permettant de représenter et d'analyser des interactions intermoléculaires ligand-molécule cible en trois dimensions. Ce procédé permet de générer des cartes peptidiques d'interactions structurelles (SIFt) qui convertissent des informations d'interactions structurelles tridimensionnelles en chaînes d'informations linéaires contenant une pluralité de blocs d'informations ; chacun desdits blocs contenant à son tour une pluralité d'unités d'informations. L'attribution à chaque unité d'informations d'une valeur calculée permettant de représenter la caractéristique d'un ensemble d'interactions intermoléculaires se produisant au niveau de chaque position sélectionnée (c'est-à-dire, une position sur la molécule cible au niveau de laquelle se produit une interaction intermoléculaire), il est possible d'élaborer une carte peptidique (SIFt) du complexe molécule cible-ligand.
Également publié en tant que
US11206034
US2007134662
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