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Paramétrages

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1. WO2005007744 - PROCEDES ET SYSTEMES PERMETTANT DE CREER ET UTILISER DES SIMULATIONS GLOBALES ET GUIDEES PAR LES DONNEES DE SYSTEMES BIOLOGIQUES POUR DES APPLICATIONS PHARMACOLOGIQUES ET INDUSTRIELLES

Numéro de publication WO/2005/007744
Date de publication 27.01.2005
N° de la demande internationale PCT/US2004/015223
Date du dépôt international 14.05.2004
Demande présentée en vertu du Chapitre 2 08.12.2004
CIB
B62D 29/04 2006.01
BTECHNIQUES INDUSTRIELLES; TRANSPORTS
62VÉHICULES TERRESTRES SE DÉPLAÇANT AUTREMENT QUE SUR RAILS
DVÉHICULES À MOTEURS; REMORQUES
29Carrosseries caractérisées par le matériau utilisé
04principalement en matières synthétiques
C08L 67/02 2006.01
CCHIMIE; MÉTALLURGIE
08COMPOSÉS MACROMOLÉCULAIRES ORGANIQUES; LEUR PRÉPARATION OU LEUR MISE EN UVRE CHIMIQUE; COMPOSITIONS À BASE DE COMPOSÉS MACROMOLÉCULAIRES
LCOMPOSITIONS CONTENANT DES COMPOSÉS MACROMOLÉCULAIRES
67Compositions contenant des polyesters obtenus par des réactions créant une liaison ester carboxylique dans la chaîne principale; Compositions contenant des dérivés de tels polymères
02Polyesters dérivés des acides dicarboxyliques et des composés dihydroxylés
G01N 33/48 2006.01
GPHYSIQUE
01MÉTROLOGIE; TESTS
NRECHERCHE OU ANALYSE DES MATÉRIAUX PAR DÉTERMINATION DE LEURS PROPRIÉTÉS CHIMIQUES OU PHYSIQUES
33Recherche ou analyse des matériaux par des méthodes spécifiques non couvertes par les groupes G01N1/-G01N31/146
48Matériau biologique, p.ex. sang, urine; Hémocytomètres
G01N 33/50 2006.01
GPHYSIQUE
01MÉTROLOGIE; TESTS
NRECHERCHE OU ANALYSE DES MATÉRIAUX PAR DÉTERMINATION DE LEURS PROPRIÉTÉS CHIMIQUES OU PHYSIQUES
33Recherche ou analyse des matériaux par des méthodes spécifiques non couvertes par les groupes G01N1/-G01N31/146
48Matériau biologique, p.ex. sang, urine; Hémocytomètres
50Analyse chimique de matériau biologique, p.ex. de sang ou d'urine; Test par des méthodes faisant intervenir la formation de liaisons biospécifiques par ligands; Test immunologique
G06F 7/00 2006.01
GPHYSIQUE
06CALCUL; COMPTAGE
FTRAITEMENT ÉLECTRIQUE DE DONNÉES NUMÉRIQUES
7Méthodes ou dispositions pour le traitement de données en agissant sur l'ordre ou le contenu des données manipulées
G06G 7/48 2006.01
GPHYSIQUE
06CALCUL; COMPTAGE
GCALCULATEURS ANALOGIQUES
7Dispositifs dans lesquels l'opération de calcul est effectuée en faisant varier des grandeurs électriques ou magnétiques
48Calculateurs analogiques pour des procédés, des systèmes ou des dispositifs spécifiques, p.ex. simulateurs
CPC
G16B 20/00
GPHYSICS
16INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
BBIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
20ICT specially adapted for functional genomics or proteomics, e.g. genotype-phenotype associations
G16B 40/00
GPHYSICS
16INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
BBIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
40ICT specially adapted for biostatistics; ICT specially adapted for bioinformatics-related machine learning or data mining, e.g. knowledge discovery or pattern finding
G16B 5/00
GPHYSICS
16INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
BBIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
5ICT specially adapted for modelling or simulations in systems biology, e.g. gene-regulatory networks, protein interaction networks or metabolic networks
G16B 50/00
GPHYSICS
16INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
BBIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
50ICT programming tools or database systems specially adapted for bioinformatics
Y02A 90/24
YSECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
02TECHNOLOGIES OR APPLICATIONS FOR MITIGATION OR ADAPTATION AGAINST CLIMATE CHANGE
ATECHNOLOGIES FOR ADAPTATION TO CLIMATE CHANGE
90Technologies having an indirect contribution to adaptation to climate change
10Information and communication technologies [ICT] supporting adaptation to climate change.
20specially adapted for the handling or processing of medical or healthcare data, relating to climate change
24for detecting, monitoring or modelling of medical or healthcare patterns in geographical or climatic regions, e.g. epidemics or pandemics
Y02A 90/26
YSECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
02TECHNOLOGIES OR APPLICATIONS FOR MITIGATION OR ADAPTATION AGAINST CLIMATE CHANGE
ATECHNOLOGIES FOR ADAPTATION TO CLIMATE CHANGE
90Technologies having an indirect contribution to adaptation to climate change
10Information and communication technologies [ICT] supporting adaptation to climate change.
20specially adapted for the handling or processing of medical or healthcare data, relating to climate change
26for diagnosis or treatment, for medical simulation or for handling medical devices
Déposants
  • GENE NETWORK SCIENCES, INC. [US/US]; 31 Dutch Mill Road Ithaca, NY 14850, US (AllExceptUS)
  • KHALIL, Iya [US/US]; US (UsOnly)
  • HILL, Colin [CA/US]; US (UsOnly)
  • CHURCH, Bruce [US/US]; US (UsOnly)
  • FELSER, Larry [US/US]; US (UsOnly)
Inventeurs
  • KHALIL, Iya; US
  • HILL, Colin; US
  • CHURCH, Bruce; US
  • FELSER, Larry; US
Mandataires
  • EVANS, Barry ; Kramer Levin Naftalis & Frankel LLP 919 Third Avenue New York, NY 10022, US
Données relatives à la priorité
10/439,28814.05.2003US
Langue de publication anglais (EN)
Langue de dépôt anglais (EN)
États désignés
Titre
(EN) METHODS AND SYSTEMS FOR CREATING AND USING COMPREHENSIVE AND DATA-DRIVEN SIMULATIONS OF COMPLEX BIOLOGICAL SYSTEMS FOR PHARMACOLOGICAL AND INDUSTRIAL APPLICATIONS
(FR) PROCEDES ET SYSTEMES PERMETTANT DE CREER ET UTILISER DES SIMULATIONS GLOBALES ET GUIDEES PAR LES DONNEES DE SYSTEMES BIOLOGIQUES POUR DES APPLICATIONS PHARMACOLOGIQUES ET INDUSTRIELLES
Abrégé
(EN)
Presented herein are techniques and methodologies, and corresponding systems, for creating large-scale data-driven models of biological systems and exemplary applications thereof including drug discovery and industrial applications. Exemplary embodiments include creating a core simulation (scaleable to any size from known biological information, collecting quantitative and qualitative experimental data to constrain the simulation, creating a probable reactions database, integrating the core simulation, the database of probable reactions, and static and dynamical time course measurements to generate an ensemble of biological network structures or models that best predict the behavior of the biological system being modeled, and experimentally validating and iteratively refining the model. In exemplary embodiments of the present invention the methods further includes taking conventional small-scale models and extending them to comprehensive large-scale models of biological systems. The methods presented further describe ways to create models of arbitrary size and complexity and various ways to incorporate data to account for missing biological information. In exemplary embodiments the methods of the present invention can be implemented on one or more a digital computers or other data processors.
(FR)
La présente invention concerne des procédés et des techniques, et des systèmes correspondants, qui permettent de créer des modèles guidés par les données à grande échelle de systèmes biologiques, et des applications exemplaires de ces derniers, parmi lesquelles la découverte de médicaments et des applications industrielles. Dans des modes de réalisation exemplaires de l'invention, les procédés consistent : à créer une simulation de base (pouvant être mise à n'importe quelle échelle) à partir d'informations biologiques connues ; à collecter des données expérimentales quantitatives et qualitatives permettant de contraindre la simulation ; à créer une base de données de réactions probables ; à intégrer la simulation de base, la base de données de réactions probables et des mesures statiques et dynamiques du temps d'absorption afin de produire un ensemble de structures ou de modèles de réseau biologique permettant le mieux de prédire le comportement du système biologique modélisé ; et à valider expérimentalement et raffiner itérativement le modèle. Dans des modes de réalisation exemplaires de l'invention, les procédés précités consistent en outre à prendre des modèles à petite échelle classiques et à les agrandir en des modèles à grande échelle globaux des systèmes biologiques. Les procédés de l'invention permettent également de décrire des manières de créer des modèles de taille et de complexité arbitraires, et diverses manières d'intégrer des données visant à remplacer les informations biologiques manquantes. Dans des modes de réalisation exemplaires de l'invention, les procédés peuvent être mis en oeuvre sur un ou plusieurs ordinateurs numériques ou autres processeurs de données.
Également publié en tant que
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