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1. WO2005007677 - CAPTURE PAR AFFINITE DE PEPTIDES PAR MICRO-AGENCEMENT ET METHODES ASSOCIEES

Numéro de publication WO/2005/007677
Date de publication 27.01.2005
N° de la demande internationale PCT/US2004/022135
Date du dépôt international 09.07.2004
CIB
G01N 33/53 2006.01
GPHYSIQUE
01MÉTROLOGIE; TESTS
NRECHERCHE OU ANALYSE DES MATÉRIAUX PAR DÉTERMINATION DE LEURS PROPRIÉTÉS CHIMIQUES OU PHYSIQUES
33Recherche ou analyse des matériaux par des méthodes spécifiques non couvertes par les groupes G01N1/-G01N31/146
48Matériau biologique, p.ex. sang, urine; Hémocytomètres
50Analyse chimique de matériau biologique, p.ex. de sang ou d'urine; Test par des méthodes faisant intervenir la formation de liaisons biospécifiques par ligands; Test immunologique
53Tests immunologiques; Tests faisant intervenir la formation de liaisons biospécifiques; Matériaux à cet effet
CPC
C12Q 1/37
CCHEMISTRY; METALLURGY
12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS
1Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms
34involving hydrolase
37involving peptidase or proteinase
G01N 33/6845
GPHYSICS
01MEASURING; TESTING
NINVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
33Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
48Biological material, e.g. blood, urine
50Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
68involving proteins, peptides or amino acids
6803General methods of protein analysis not limited to specific proteins or families of proteins
6845Methods of identifying protein-protein interactions in protein mixtures
G01N 33/6848
GPHYSICS
01MEASURING; TESTING
NINVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
33Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
48Biological material, e.g. blood, urine
50Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
68involving proteins, peptides or amino acids
6803General methods of protein analysis not limited to specific proteins or families of proteins
6848Methods of protein analysis involving mass spectrometry
Déposants
  • THE INSTITUTE FOR SYSTEMS BIOLOGY [US/US]; 1441 North 34th Street Seattle, WA 98103-8904, US (AllExceptUS)
  • AEBERSOLD, Rudolf, H. [CA/US]; US (UsOnly)
  • ZHANG, Hui [CN/US]; US (UsOnly)
Inventeurs
  • AEBERSOLD, Rudolf, H.; US
  • ZHANG, Hui; US
Mandataires
  • CADENA, Deborah, L. ; 4370 La Jolla Village Drive Suite 700 San Diego, CA 92122, US
Données relatives à la priorité
60/486,58110.07.2003US
Langue de publication anglais (EN)
Langue de dépôt anglais (EN)
États désignés
Titre
(EN) AFFINITY CAPTURE OF PEPTIDES BY MICROARRAY AND RELATED METHODS
(FR) CAPTURE PAR AFFINITE DE PEPTIDES PAR MICRO-AGENCEMENT ET METHODES ASSOCIEES
Abrégé
(EN)
The invention provides methods of detecting polypeptides in a sample. The method can include the steps of cleaving polypeptides in a test sample to generate peptides; adding a predetermined amount of isotopically labeled peptide standards to the cleaved test sample, wherein the peptide standards correspond to peptides cleaved with the same reagent used to cleave the test sample; contacting the cleaved test sample containing peptide standards with an array of immobilized binding agents specific for the peptide standards; washing the array to remove unbound peptides, thereby retaining affinity captured sample peptides and standard peptides; analyzing the affinity captured peptides using mass spectrometry; and determining the presence of bound test peptides and standard peptides. The method can further include the step of quantifying the amount of the test peptides by comparing the ratio of test peptide to corresponding standard peptide.
(FR)
L'invention concerne des méthodes de détection de polypeptides d'un échantillon. Cette méthode comprend les étapes consistant à cliver des polypeptides d'un échantillon test pour générer des peptides; ajouter une quantité prédéterminée de peptides standards isotopiquement marqués à l'échantillon test clivé. Les peptides standards correspondent aux peptides clivés à l'aide du réactif utilisé pour cliver l'échantillon test; mettre en contact l'échantillon test clivé contenant des peptides standards avec un agencement d'agents de liaison immobilisés spécifiques aux peptides standards; laver l'agencement pour retirer les peptides non liés, ce qui permet de retenir des peptides d'échantillon capturés par affinité et des peptides standards; analyser les peptides capturés par affinité au moyen d'une spectrométrie de masse; et déterminer la présence de peptides test liés et de peptides standards. Cette méthode comprend également l'étape consistant à quantifier la quantité de peptides test en comparant le rapport des peptides test sur les peptides standards correspondants.
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