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1. (WO2003065282) SYSTEMES ET PROCEDES INFORMATIQUES CONCUS POUR IDENTIFIER DES GENES ET DETERMINER DES VOIES ASSOCIEES A DES CARACTERES
Dernières données bibliographiques dont dispose le Bureau international   

N° de publication :    WO/2003/065282    N° de la demande internationale :    PCT/US2003/003100
Date de publication : 07.08.2003 Date de dépôt international : 03.02.2003
Demande présentée en vertu du Chapitre 2 :    29.08.2003    
CIB :
C12N 15/09 (2006.01), C12M 1/00 (2006.01), C12Q 1/68 (2006.01), G06F 17/30 (2006.01), G06F 19/18 (2011.01), G06F 19/20 (2011.01), G06F 19/24 (2011.01)
Déposants : ROSETTA INPHARMATICS LLC [US/US]; 12040 115th Avenue, N.E., Kirkland, WA 98034 (US) (Tous Sauf US).
SCHADT, Eric, E. [US/US]; (US) (US Seulement).
MONKS, Stephanie, A. [US/US]; (US) (US Seulement)
Inventeurs : SCHADT, Eric, E.; (US).
MONKS, Stephanie, A.; (US)
Mandataire : ANTLER, Adriane, M.; Pennie & Edmonds LLP, 1155 Avenue of the Americas, New York, NY 10036 (US)
Données relatives à la priorité :
60/353,416 01.02.2002 US
60/381,437 16.05.2002 US
Titre (EN) COMPUTER SYSTEMS AND METHODS FOR IDENTIFYING GENES AND DETERMINING PATHWAYS ASSOCIATED WITH TRAITS
(FR) SYSTEMES ET PROCEDES INFORMATIQUES CONCUS POUR IDENTIFIER DES GENES ET DETERMINER DES VOIES ASSOCIEES A DES CARACTERES
Abrégé : front page image
(EN)A method for associating a gene with a trait exhibited by one or more organisms in a plurality of organisms from a species. A genetic marker map is constructed from a set of genetic markers associated with the plurality of organisms. For each gene in a plurality of genes, a quantitative trait locus analysis is performed using the genetic marker map and a quantitative trait. The quantitative trait locus analysis produces quantitative trait locus data. A quantitative trait comprises an expression statistic for a gene. The expression statistic for a gene is derived from a cellular constituent level that corresponds to the gene in each organism in the plurality of organisms. The quantitative trait locus data are clustered from each quantitative trait locus analysis to form a quantitative trait locus interaction map. Clusters of genes in the map are identified as a candidate pathway group. An expression cluster map is used to refine the candidate pathway group. Multivariate analysis is used to validate the candidate pathway group as a set of genes that are genetically interacting.
(FR)La présente invention concerne un procédé pour associer un gène à un caractère présenté par un ou plusieurs organismes d'une pluralité d'organismes d'une espèce. Une carte de marqueurs génétiques est établie à partir d'un ensemble de marqueurs génétiques associés à la pluralité d'organismes. Pour chaque gène d'une pluralité de gènes, une analyse de locus de caractère quantitatif est réalisée par utilisation de la carte de marqueurs génétiques et d'un caractère quantitatif. Cette analyse de locus de caractère quantitatif produit des données de locus de caractère quantitatif. Un caractère quantitatif comprend une statistique d'expression pour un gène. Cette statistique d'expression pour un gène est déduite d'un niveau de constituant cellulaire qui correspond au gène dans chaque organisme de la pluralité d'organismes. Les données de locus de caractère quantitatif sont regroupées à partir de chaque analyse de locus de caractère quantitatif, afin de former une carte d'interaction de locus de caractère quantitatif. Des groupes de gènes dans la carte sont identifiés comme groupe de voie candidat. Une carte de groupe d'expression est utilisée pour affiner le groupe de voie candidat. Une analyse à plusieurs variables est utilisée pour valider le groupe de voie candidat comme ensemble de gènes en interaction génétique.
États désignés : AE, AG, AL, AM, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BR, BY, BZ, CA, CH, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DK, DM, DZ, EC, EE, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, HR, HU, ID, IL, IN, IS, JP, KE, KG, KP, KR, KZ, LC, LK, LR, LS, LT, LU, LV, MA, MD, MG, MK, MN, MW, MX, MZ, NO, NZ, OM, PH, PL, PT, RO, RU, SC, SD, SE, SG, SK, SL, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, YU, ZA, ZM, ZW.
Organisation régionale africaine de la propriété intellectuelle (ARIPO) (GH, GM, KE, LS, MW, MZ, SD, SL, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Office eurasien des brevets (OEAB) (AM, AZ, BY, KG, KZ, MD, RU, TJ, TM)
Office européen des brevets (OEB) (AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HU, IE, IT, LU, MC, NL, PT, SE, SI, SK, TR)
Organisation africaine de la propriété intellectuelle (OAPI) (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, ML, MR, NE, SN, TD, TG).
Langue de publication : anglais (EN)
Langue de dépôt : anglais (EN)