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1. WO2003008963 - SERVICE WEB D'ANALYSE EN LIGNE DE PUCES A ADN ELECTRONIQUES POUR EXPLORATION DE DONNEES BIO-INFORMATIQUE

Numéro de publication WO/2003/008963
Date de publication 30.01.2003
N° de la demande internationale PCT/US2002/022445
Date du dépôt international 16.07.2002
Demande présentée en vertu du Chapitre 2 13.02.2003
CIB
G01N 27/447 2006.01
GPHYSIQUE
01MÉTROLOGIE; TESTS
NRECHERCHE OU ANALYSE DES MATÉRIAUX PAR DÉTERMINATION DE LEURS PROPRIÉTÉS CHIMIQUES OU PHYSIQUES
27Recherche ou analyse des matériaux par l'emploi de moyens électriques, électrochimiques ou magnétiques
26en recherchant des variables électrochimiques; en utilisant l'électrolyse ou l'électrophorèse
416Systèmes
447utilisant l'électrophorèse
G06F 19/20 2011.01
GPHYSIQUE
06CALCUL; COMPTAGE
FTRAITEMENT ÉLECTRIQUE DE DONNÉES NUMÉRIQUES
19Équipement ou méthodes de traitement de données ou de calcul numérique, spécialement adaptés à des applications spécifiques
10Bio-informatique, c. à d. procédés ou systèmes pour le traitement de données génétiques ou se rapportant aux protéines en biologie moléculaire informatique
20pour l'hybridation ou l'expression génique, p.ex. microréseaux, séquençage par hybridation, normalisation, profilage, modèles de correction de bruit, estimation du ratio d'expression, conception ou optimisation de sonde
G06T 9/00 2006.01
GPHYSIQUE
06CALCUL; COMPTAGE
TTRAITEMENT OU GÉNÉRATION DE DONNÉES D'IMAGE, EN GÉNÉRAL
9Codage d'image
G06F 19/28 2011.01
GPHYSIQUE
06CALCUL; COMPTAGE
FTRAITEMENT ÉLECTRIQUE DE DONNÉES NUMÉRIQUES
19Équipement ou méthodes de traitement de données ou de calcul numérique, spécialement adaptés à des applications spécifiques
10Bio-informatique, c. à d. procédés ou systèmes pour le traitement de données génétiques ou se rapportant aux protéines en biologie moléculaire informatique
28pour la programmation d'outils ou de systèmes de bases de données, p.ex. ontologies, intégration de données hétérogènes, entreposage de données ou architectures informatiques
CPC
G01N 27/44717
GPHYSICS
01MEASURING; TESTING
NINVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
27Investigating or analysing materials by the use of electric, electro-chemical, or magnetic means
26by investigating electrochemical variables; by using electrolysis or electrophoresis
416Systems
447using electrophoresis
44704Details; Accessories
44717Arrangements for investigating the separated zones, e.g. localising zones
G01N 27/44721
GPHYSICS
01MEASURING; TESTING
NINVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
27Investigating or analysing materials by the use of electric, electro-chemical, or magnetic means
26by investigating electrochemical variables; by using electrolysis or electrophoresis
416Systems
447using electrophoresis
44704Details; Accessories
44717Arrangements for investigating the separated zones, e.g. localising zones
44721by optical means
G06T 9/007
GPHYSICS
06COMPUTING; CALCULATING; COUNTING
TIMAGE DATA PROCESSING OR GENERATION, IN GENERAL
9Image coding
007Transform coding, e.g. discrete cosine transform
G16B 25/00
GPHYSICS
16INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
BBIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
25ICT specially adapted for hybridisation; ICT specially adapted for gene or protein expression
G16B 50/00
GPHYSICS
16INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
BBIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
50ICT programming tools or database systems specially adapted for bioinformatics
Déposants
  • UNIVERSITY OF LOUISVILLE RESEARCH FOUNDATION, INC. [US/US]; University of Louisville 2301 South 3rd Street Jouett Hall, Room 200 Louisville, KY 40208, US
Inventeurs
  • WANG, Eugenia; US
  • HALL, William, Christopher; US
  • ZHAO, XueChun; US
Mandataires
  • PABST, Patrea, L. ; Holland & Knight LLP One Atlantic Center 1201 West Peachtree Street, N.E. Suite 2000 Atlanta, GA 30309-3400, US
Données relatives à la priorité
60/306,23418.07.2001US
Langue de publication anglais (EN)
Langue de dépôt anglais (EN)
États désignés
Titre
(EN) E-GENECHIP ONLINE WEB SERVICE FOR DATA MINING BIOINFORMATICS
(FR) SERVICE WEB D'ANALYSE EN LIGNE DE PUCES A ADN ELECTRONIQUES POUR EXPLORATION DE DONNEES BIO-INFORMATIQUE
Abrégé
(EN)
A method for data analysis of microarrays. The method includes accessing a software program that performs a multistage analysis of the biological image, through an internet webserver. The analysis includes at least a step of comparing the digitized quantitative data for each sample. The method may further include digitizing the data for each sample and quantitating the data for each sample. Further, the method may include using a software program which quantitates the intensity and size of each sample; compares the quantitative value for each sample with the quantitative value of one or more controls; captures data, quantitates data, analyses data, or stores data; removes the background based on negative controls; averages or adjusts intensities as a function of the number of the biological images; generates reports; and stores data. The microarray can be processed to display the samples using an assay such as chromogenic assay or fluorescent assay, using a radioactive label imaged on radiographic film or using any other means in the art. The samples can be oligonucleotides such as DNA or mRNA or proteomics. The biological images can be in any form, preferably in the form of immunoassays, dot blots, Northern assays, Southern assay, Western assay, and electrophoretic gels.
(FR)
L'invention concerne un procédé permettant l'analyse des données des biopuces. Ce procédé consiste à accéder à un programme qui effectue une analyse multi-étapes de l'image biologique. Cette analyse comprend au moins une étape consistant à comparer les données quantitatives numérisées de chaque échantillon. Ce procédé peut en outre comprendre une numérisation des données de chaque échantillon et une quantification des données de chaque échantillon. Ce procédé peut en outre comprendre le recours à un programme logiciel qui quantifie l'intensité et la dimension de chaque échantillon, compare la valeur quantitative de chaque échantillon avec la valeur quantitative d'un ou de plusieurs témoins, saisit, quantifie, analyse ou stocke les données, élimine l'arrière-plan par référence aux résultats négatifs, calcule la moyenne ou règle les intensités en fonction du nombre d'images biologiques, génère des rapports et mémorise les données. Ce procédé permet de traiter la biopuce de manière à visualiser les échantillons au moyen de procédés tels qu'un test chromogénique ou un test de fluorescence, au moyen d'un marqueur radioactif visualisé sur un film radiographique ou par d'autres moyens spécialisés. Les échantillons peuvent être des oligonucléotides tels que l'ADN ou l'ARNm ou des protéomes. Les images biologiques peuvent se présenter sous n'importe quelle forme, mais sont de préférence produits par des techniques de dosage immunologique, de « dot blot », de transfert de Northern, de transfert de Southern, de transfert de Western, ou de gels d'électrophorèse.
Également publié en tant que
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