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Paramétrages

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1. WO2003000926 - PROCEDE TRES SENSIBLE POUR DETECTER LA METHYLATION DE LA CYTOSINE

Numéro de publication WO/2003/000926
Date de publication 03.01.2003
N° de la demande internationale PCT/DE2002/002264
Date du dépôt international 20.06.2002
Demande présentée en vertu du Chapitre 2 05.12.2002
CIB
C12Q 1/68 2006.01
CCHIMIE; MÉTALLURGIE
12BIOCHIMIE; BIÈRE; SPIRITUEUX; VIN; VINAIGRE; MICROBIOLOGIE; ENZYMOLOGIE; TECHNIQUES DE MUTATION OU DE GÉNÉTIQUE
QPROCÉDÉS DE MESURE OU DE TEST FAISANT INTERVENIR DES ENZYMES, DES ACIDES NUCLÉIQUES OU DES MICRO-ORGANISMES; COMPOSITIONS OU PAPIERS RÉACTIFS À CET EFFET; PROCÉDÉS POUR PRÉPARER CES COMPOSITIONS; PROCÉDÉS DE COMMANDE SENSIBLES AUX CONDITIONS DU MILIEU DANS LES PROCÉDÉS MICROBIOLOGIQUES OU ENZYMOLOGIQUES
1Procédés de mesure ou de test faisant intervenir des enzymes, des acides nucléiques ou des micro-organismes; Compositions à cet effet; Procédés pour préparer ces compositions
68faisant intervenir des acides nucléiques
CPC
C12Q 1/6827
CCHEMISTRY; METALLURGY
12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS
1Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms
68involving nucleic acids
6813Hybridisation assays
6827for detection of mutation or polymorphism
Déposants
  • EPIGENOMICS AG [DE/DE]; Kastanienallee 24 10435 Berlin, DE (AllExceptUS)
  • BERLIN, Kurt [DE/DE]; DE (UsOnly)
Inventeurs
  • BERLIN, Kurt; DE
Mandataires
  • SCHUBERT, Klemens; Neue Promenade 5 10178 Berlin, DE
Données relatives à la priorité
101 30 800.022.06.2001DE
Langue de publication allemand (DE)
Langue de dépôt allemand (DE)
États désignés
Titre
(DE) VERFAHREN ZUM NACHWEIS VON CYTOSIN-METHYLIERUNG MIT HOHER SENSITIVITÄT
(EN) METHOD FOR HIGH SENSITIVITY DETECTION OF CYTOSINE-METHYLATION
(FR) PROCEDE TRES SENSIBLE POUR DETECTER LA METHYLATION DE LA CYTOSINE
Abrégé
(DE)
Beschrieben wird ein Verfahren zum Nachweis von Cytosin-Methylierung in DNA-Proben, welches die Analyse zu untersuchender DNA bei Anwesenheit grösserer Mengen Hintergrund DNA des gleichen Individuums gestattet. Im ersten Schritt wird eine genomische DNA Probe chemisch, bevorzugt mit einem Bisulfit (=Disulfit, Hydrogensulfit), derart behandelt, dass Cytosin in eine vom Basenpaarungsverhalten in der DNA-Duplex her unterschiedliche Base umgewandelt wird, während 5-Methylcytosin unverändert bleibt. Anschliessend werden Abschnitte der Proben-DNA mittels einer Polymerasereaktion amplifiziert. Die Amplifikate werden enzymatisch selektiv an solchen Positionen geschnitten, die in der DNA Probe einen Methylierungsstatus aufwiesen, welcher fuer die weiter zu untersuchende DNA nicht charakteristisch ist, nicht aber für Hintergrund-DNA. Die nicht enzymatisch geschnittene DNA wird nun in einer weiteren Polymeraseraktion amplifiziert, und dabei die zu untersuchende DNA gegenüber etwa vorhandener Hintergrund DNA angereichert. Das Amplifikat wird zuletzt hinsichtlich seiner Sequenzeigenschaften untersucht und daraus auf den Methylierungsstatus in der zu untersuchenden DNA in der genomischen DNA-Probe geschlossen.
(EN)
The invention relates to a method for detecting cytosine-methylation in DNA-samples, which enables DNA to be analysed in the presence of large amounts of background DNA from the same individual. In the first step, a genomic DNA sample is chemically treated, preferably with a bisulphate (=disulphate, hydrogensulphite), in such a way that the cytosine is converted into a base which is different from the base pairing behaviour in the DNA-duplex, during which 5-methylcytosine remains unchanged. Subsequently, sections of the DNA samples are amplified by means of a polymerase reaction. The amplificates are cut in an enzymatically selective manner in specific positions which exhibit a methylation status in the DNA sample which is not characteristic for the DNA which is to be further analysed, not only for background DNA. The non enzymatically cut DNA is amplified in a further polymer reaction, and the DNA which is to be analysed is enriched compared to the available background DNA. The amplificate is then analysed with regard to the sequence properties thereof, enabling conclusions to be made from the methylation status in said DNA in the genomic DNA-sample.
(FR)
L'invention concerne un procédé pour détecter la méthylation de la cytosine dans des échantillons d'ADN, qui permet d'analyser l'ADN à examiner en présence de grandes quantités d'ADN de fond du même individu. Pendant la première étape, on traite chimiquement un échantillon d'ADN génomique, de préférence avec un bisulfite (= disulfite, sulfite d'hydrogène), de sorte que la cytosine est transformée en une base différente en ce qui concerne le comportement d'appariement des bases dans le duplex d'ADN, alors que la 5-méthylcytosine reste inchangée. On amplifie ensuite des segments de l'ADN d'échantillon au moyen d'une réaction de polymérase. On coupe enzymatiquement les amplificats de manière sélective au niveau de positions qui présentaient, dans l'échantillon d'ADN, un état de méthylation non caractéristique pour l'ADN à examiner, mais pas pour l'ADN de fond. On amplifie alors l'ADN non coupé enzymatiquement lors d'une nouvelle réaction de polymérase, ce qui enrichit l'ADN à analyser par rapport à l'ADN de fond éventuellement présent. On analyse enfin l'amplificat quant à ses propriétés de séquence et on en déduit l'état de méthylation dans l'ADN à analyser dans l'échantillon d'ADN génomique.
Également publié en tant que
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