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1. (WO2002088394) PROCEDE D'IDENTIFICATION ET DE GENOTYPAGE DE MICRO-ORGANISMES
Dernières données bibliographiques dont dispose le Bureau international   

N° de publication :    WO/2002/088394    N° de la demande internationale :    PCT/US2002/013364
Date de publication : 07.11.2002 Date de dépôt international : 30.04.2002
Demande présentée en vertu du Chapitre 2 :    26.11.2002    
CIB :
C12Q 1/68 (2006.01)
Déposants : AMERICAN TYPE CULTURE COLLECTION [US/US]; 10801 University Boulevard, Manassas, VA 20110 (US)
Inventeurs : BERNINGER, Mark, S.; (US)
Mandataire : KARTA, Glenn, E.; Rothwell, Figg, Ernst & Manbeck, P.C., 1425 K. Street, N.W., Suite 800, Washington, DC 20005 (US)
Données relatives à la priorité :
09/845,320 01.05.2001 US
Titre (EN) METHOD FOR IDENTIFYING AND GENOTYPING MICROORGANISMS
(FR) PROCEDE D'IDENTIFICATION ET DE GENOTYPAGE DE MICRO-ORGANISMES
Abrégé : front page image
(EN)A method for rapidly determining the species and/or strain of an organism by genotyping is presented. The method extends the use of indexing linkers to a method of genotyping. The genome of an unknown organism is digested by a restriction endonuclease which cleaves at a site different from the recognition site of the enzyme thereby producing DNA fragments and producing staggered ends. A subset of these fragments is ligated to linkers with staggered ends, with only those DNA fragments with staggered ends which are complementary to the staggered ends of the linkers being ligated to the linkers. DNA fragments with linkers at each end are then amplified. The number and sizes of amplified DNA fragments are then compared to a database containing the expected number and sizes of fragments from known organisms. A match between the assay data and the database is determinative of the species or strain of the unknown organism. In a preferred mode, the assay utilizes a single enzyme, single linker and single primer thereby resulting in a simplified assay.
(FR)L'invention concerne un procédé permettant de déterminer rapidement l'espèce et/ou la souche d'un organisme par génotypage. Ce procédé comprend en outre l'utilisation d'adaptateurs d'indexation dans un procédé de génotypage. Le génome d'un organisme inconnu est traité par une endonucléase de restriction qui effectue une coupure à un site différent du site de reconnaissance de l'enzyme, de manière à produire des fragments d'ADN et des bouts collants. Un sous-groupe de ces fragments est ligaturé avec des adaptateurs comprenant des bouts collants, seuls les fragments d'ADN comprenant des bouts collants complémentaires aux bouts collants de adaptateurs étant ligaturés avec les adaptateurs. Les fragments d'ADN comprenant des adaptateurs à chaque bout sont ensuite amplifiés. Le nombre et les dimensions de ces fragments d'ADN amplifiés sont ensuite comparés avec une base de données contenant le nombre et les dimensions prévus de fragments d'organismes connus. La comparaison des données résultantes avec la base de données permet de déterminer l'espèce ou la souche de l'organisme inconnu. Dans un mode de réalisation préféré, l'utilisation d'un enzyme unique, d'un adaptateur unique et d'une amorce unique permettent la mise en oeuvre d'un test simplifié.
États désignés : AE, AG, AL, AM, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BR, BY, BZ, CA, CH, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DK, DM, DZ, EC, EE, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, HR, HU, ID, IL, IN, IS, JP, KE, KG, KP, KR, KZ, LC, LK, LR, LS, LT, LU, LV, MA, MD, MG, MK, MN, MW, MX, MZ, NO, NZ, OM, PH, PL, PT, RO, RU, SD, SE, SG, SI, SK, SL, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, UZ, VN, YU, ZA, ZM, ZW.
Organisation régionale africaine de la propriété intellectuelle (ARIPO) (GH, GM, KE, LS, MW, MZ, SD, SL, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Office eurasien des brevets (OEAB) (AM, AZ, BY, KG, KZ, MD, RU, TJ, TM)
Office européen des brevets (OEB) (AT, BE, CH, CY, DE, DK, ES, FI, FR, GB, GR, IE, IT, LU, MC, NL, PT, SE, TR)
Organisation africaine de la propriété intellectuelle (OAPI) (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, ML, MR, NE, SN, TD, TG).
Langue de publication : anglais (EN)
Langue de dépôt : anglais (EN)