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1. (WO2002046452) PROCEDE POUR QUANTIFIER DES METHYLATIONS PAR CYTOSINE DANS DE L'ADN GENOMIQUE AMPLIFIE DE MANIERE COMPLEXE
Dernières données bibliographiques dont dispose le Bureau international   

N° de publication :    WO/2002/046452    N° de la demande internationale :    PCT/DE2001/004617
Date de publication : 13.06.2002 Date de dépôt international : 05.12.2001
Demande présentée en vertu du Chapitre 2 :    24.06.2002    
CIB :
C12Q 1/68 (2006.01)
Déposants : EPIGENOMICS AG [DE/DE]; Kastanienallee 24, 10435 Berlin (DE) (Tous Sauf US).
OLEK, Alexander [DE/DE]; (DE) (US Seulement)
Inventeurs : OLEK, Alexander; (DE)
Mandataire : SCHUBERT, Klemens; Neue Promenade 5, 10178 Berlin-Mitte (DE)
Données relatives à la priorité :
100 61 348.9 06.12.2000 DE
Titre (DE) VERFAHREN ZUR QUANTIFIZIERUNG VON CYTOSIN-METHYLIERUNGEN IN KOMPLEX AMPLIFIZIERTER GENOMISCHER DNA
(EN) METHOD FOR QUANTIFYING CYTOSINE METHYLATIONS IN GENOMIC DNA THAT IS AMPLIFIED IN A COMPLEX MANNER
(FR) PROCEDE POUR QUANTIFIER DES METHYLATIONS PAR CYTOSINE DANS DE L'ADN GENOMIQUE AMPLIFIE DE MANIERE COMPLEXE
Abrégé : front page image
(DE)Die vorliegende Erfindung beschreibt ein Verfahren zur Bereitstellung von demethylierter DNA als Referenzmaterial für die Analyse von Cytosin-Methylierungen in genomischen DNA-Proben unetr Verwendung komplexer Amplifikationen. Dazu werden im Einzelnen die folgenden Verfahrensschritte durchgeführt : a) Ein genomische DNA-Probe wird mit Primem amplifiziert, die entweder sehr kurze oder degenerierte Oligonukleotide oder zu Adaptoren komplementäre Oligonukleotide sind. Für den zweiten Fall wird vor der Amplifikation mit einem Restriktionsenzym geschnitten und die Adaptoren, unetr denen man kurze Nukleotidfragmente bekannter Sequenz versteht, an die Enden der entstandenen DNA Fragmente ligiert. Die Amplifikate werden chemisch derart behandelt, dass an der 5-Position unmethylierte Cytosinbasen in Uracil, Thymin oder in eine andere im Hybridisierungsverhalten dem Cytosin unähnliche Base umgewandelt werden, während die 5-Methylcytosinbasen im wesentlich unverändert bleiben. Dies wird im folgenden unetr chemischer Vorbehandlung verstanden. Die chemisch vorbehandelten Amplifikate werden wiederum amplifiziert. Als Primer werden dazu entweder mehrere spezifisch hybridisierende Oligonukleotide oder aber zu den Adaptoren komplementäre Oligonukleotide verwendet. Für den letzteren Fall wird ebenfalls die chemische Vorbehandlung durchgeführt.
(EN)The invention relates to a method for providing demethylated DNA as a reference material for analyzing cytosine methylations in genomic DNA samples while using complex amplifications. To this end, the following method steps are carried out: a) a genomic DNA sample is amplified with primers that are either very short or degenerated oligonucleotides or oligonucleotides that are complementary to adapters. In the second case, the DNA sample is cut by a restriction enzyme before amplification, and the adapters, understood as short nucleotide fragments of a known sequence, ligate to the ends of the resulting DNA fragments. The amplificates are chemically treated in such a manner that cytosine bases, which are unmethylated at the 5-position, are transformed into uracil, thymine or into another base that is dissimilar to cytosine with regard to hybridization behavior, whereas the 5-methylcytosine bases remain essentially unchanged. This is understood in the following as chemical pretreatment. The chemically pretreated amplificates are, in turn, amplified. To this end, a number of specifically hybridizing oligonucleotides or oligonucleotides that are complementary to the adapters are used as primers. In the latter case, the chemical pretreatment is also carried out.
(FR)L'invention concerne un procédé de préparation d'ADN déméthylé utilisé comme matière de référence pour l'analyse de méthylations par cytosine dans des échantillons d'ADN génomiques par utilisation d'amplifications complexes.
États désignés : AE, AG, AL, AM, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BR, BY, BZ, CA, CH, CN, CO, CR, CU, CZ, DK, DM, DZ, EC, EE, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, HR, HU, ID, IL, IN, IS, JP, KE, KG, KP, KR, KZ, LC, LK, LR, LS, LT, LU, LV, MA, MD, MG, MK, MN, MW, MX, MZ, NO, NZ, PH, PL, PT, RO, RU, SD, SE, SG, SI, SK, SL, TJ, TM, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VN, YU, ZA, ZW.
Organisation régionale africaine de la propriété intellectuelle (ARIPO) (GH, GM, KE, LS, MW, MZ, SD, SL, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Office eurasien des brevets (OEAB) (AM, AZ, BY, KG, KZ, MD, RU, TJ, TM)
Office européen des brevets (OEB) (AT, BE, CH, CY, DE, DK, ES, FI, FR, GB, GR, IE, IT, LU, MC, NL, PT, SE, TR)
Organisation africaine de la propriété intellectuelle (OAPI) (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, ML, MR, NE, SN, TD, TG).
Langue de publication : allemand (DE)
Langue de dépôt : allemand (DE)