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1. (WO2002016930) MODELISATION INFORMATIQUE DE STRUCTURES DE LIGAND/RECEPTEUR
Dernières données bibliographiques dont dispose le Bureau international   

N° de publication :    WO/2002/016930    N° de la demande internationale :    PCT/GB2001/003743
Date de publication : 28.02.2002 Date de dépôt international : 21.08.2001
Demande présentée en vertu du Chapitre 2 :    15.03.2002    
CIB :
G01N 33/566 (2006.01), G06F 19/16 (2011.01), C07B 61/00 (2006.01)
Déposants : RIBOTARGETS LIMITED [GB/GB]; Granta Park, Abington, Cambridge CB1 6GB (GB) (AE, AG, AL, AM, AT, AU, AZ, BA, BB, BE, BF, BG, BJ, BR, BY, BZ, CA, CF, CG, CH, CI, CM, CN, CO, CR, CU, CY, CZ, DE, DK, DM, DZ, EC, EE, ES, FI, FR, GA, GB, GD, GE, GH, GM, GN, GQ, GR, GW, HR, HU, ID, IE, IL, IN, IS, IT, JP, KE, KG, KP, KR, KZ, LC, LK, LR, LS, LT, LU, LV, MA, MC, MD, MG, MK, ML, MN, MR, MW, MX, MZ, NE, NL, NO, NZ, PH, PL, PT, RO, RU, SD, SE, SG, SI, SK, SL, SN, SZ, TD, TG, TJ, TM, TR, TT, TZ, UA, UG, UZ, VN, YU, ZA, ZW only).
AFSHAR, Mohammad, Michel [FR/GB]; (GB) (US Seulement).
MORLEY, Stephen, David [GB/GB]; (GB) (US Seulement)
Inventeurs : AFSHAR, Mohammad, Michel; (GB).
MORLEY, Stephen, David; (GB)
Mandataire : HOWARD, Paul, Nicholas; Carpmaels & Ransford, 43 Bloomsbury Square, London WC1A 2RA (GB)
Données relatives à la priorité :
0020583.1 21.08.2000 GB
60/226,782 21.08.2000 US
09/747,715 22.12.2000 US
Titre (EN) COMPUTER-BASED MODELLING OF LIGAND/RECEPTOR STRUCTURES
(FR) MODELISATION INFORMATIQUE DE STRUCTURES DE LIGAND/RECEPTEUR
Abrégé : front page image
(EN)Method for defining a binding site in biological macromolecule based on two-sphere grid and method for determining the free energy of ligand/RNA structure based on pseudo-energy values. These methods can be use in docking and also in high-throughput $i(in silico )screening of ligand libraries against RNA structures. Defining the binding site involves: (a) placing a grid over a 3D representation of the receptor; (b) identifying as an excluded volume grid point(s) which lie within the receptor; (c) centring a large sphere over grid point(s) and removing the grid points within the sphere if it does not overlap with the receptor; (e) centring a small sphere over all remaining grid points and determining whether one or more grid points within the small sphere overlap with the excluded volume of the receptor and identifying any non-overlapping grid points as representing a putative binding site cavity within the receptor.
(FR)La présente invention concerne un procédé permettant de définir un site de liaison dans une macromolécule biologique, sur la base d'une grille à deux sphères, ainsi qu'un procédé permettant de déterminer l'énergie libre d'une structure ligand/récepteur, sur la base de valeurs de pseudo-énergies. Ces procédés peuvent être mis en oeuvre pour la fixation et pour le criblage in silico a haut rendement de bibliothèques de ligands contre des structures d'ARN. Le procédé pour définir le site de liaison consiste (a) à placer une grille sur une représentation tridimensionnelle du récepteur, (b) à identifier comme volume exclu le(s) point(s) de la grille qui se trouve(nt) dans le récepteur, (c) à centrer une large sphère sur le(s) point(s) de la grille et retirer les points de la grille dans la sphère si elle ne recouvre pas le récepteur, puis (e) à centrer une petite sphère sur tous les points restants de la grille, à déterminer si un ou plusieurs points de la grille dans la petite sphère recouvrent le volume exclu du récepteur et enfin à identifier tout point de la grille non recouvrant comme représentant une cavité de site de liaison présumée dans le récepteur.
États désignés : AE, AG, AL, AM, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BR, BY, BZ, CA, CH, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DK, DM, DZ, EC, EE, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, HR, HU, ID, IL, IN, IS, JP, KE, KG, KP, KR, KZ, LC, LK, LR, LS, LT, LU, LV, MA, MD, MG, MK, MN, MW, MX, MZ, NO, NZ, PH, PL, PT, RO, RU, SD, SE, SG, SI, SK, SL, TJ, TM, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VN, YU, ZA, ZW.
Organisation régionale africaine de la propriété intellectuelle (ARIPO) (GH, GM, KE, LS, MW, MZ, SD, SL, SZ, TZ, UG, ZW)
Office eurasien des brevets (OEAB) (AM, AZ, BY, KG, KZ, MD, RU, TJ, TM)
Office européen des brevets (OEB) (AT, BE, CH, CY, DE, DK, ES, FI, FR, GB, GR, IE, IT, LU, MC, NL, PT, SE, TR)
Organisation africaine de la propriété intellectuelle (OAPI) (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, ML, MR, NE, SN, TD, TG).
Langue de publication : anglais (EN)
Langue de dépôt : anglais (EN)