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1. (WO2002015107) SYSTEME ET PROTOCOLE DE CONVERSION DE DONNEES BRUTES EN UNE SEQUENCE DE BASES
Dernières données bibliographiques dont dispose le Bureau international   

N° de publication :    WO/2002/015107    N° de la demande internationale :    PCT/US2001/025195
Date de publication : 21.02.2002 Date de dépôt international : 10.08.2001
Demande présentée en vertu du Chapitre 2 :    06.03.2002    
CIB :
C12Q 1/68 (2006.01), G01N 27/447 (2006.01), G06F 19/00 (2006.01)
Déposants : INCYTE GENOMICS, INC. [US/US]; 3160 Porter Drive, Palo Alto, CA 94304 (US) (Tous Sauf US).
WALTHER, Dick [US/US]; (US) (US Seulement).
BARTHA, Gabor, T. [US/US]; (US) (US Seulement).
MORRIS, MacDonald, S. [US/US]; (US) (US Seulement)
Inventeurs : WALTHER, Dick; (US).
BARTHA, Gabor, T.; (US).
MORRIS, MacDonald, S.; (US)
Mandataire : STEVENS, Lauren, L.; Beyer Weaver & Thomas, LLP, 2030 Addison Street, 7th Floor, P.O. Box 778, Berkeley, CA 94704 (US)
Données relatives à la priorité :
60/225,083 14.08.2000 US
60/257,621 20.12.2000 US
Titre (EN) BASECALLING SYSTEM AND PROTOCOL
(FR) SYSTEME ET PROTOCOLE DE CONVERSION DE DONNEES BRUTES EN UNE SEQUENCE DE BASES
Abrégé : front page image
(EN)Using data electrophoretic trace data from conventional nucleic acid sequencing equipment, a method for basecalling that is tolerant to variable peak spacing is described. The method generates high-quality basecalls and reliable quality scores. In addition, a new type of quality score that estimates the probability of a deletion error between the current and the following basecall is described. A new protocol for benchmarking that better discerns basecaller performance is also provided.
(FR)L'invention concerne l'utilisation de données de traces électrophorétiques tirées d'un matériel classique de séquençage d'acide nucléique dans un procédé de conversion de données brutes en une séquence de bases tolérant l'espacement de crête variable. Le procédé génère des séquences de base de haute qualité et permet d'obtenir des scores de qualité fiable. De plus, l'invention concerne un nouveau type de score de qualité estimant la probabilité d'une erreur de délétion entre la séquence de bases courante et la séquence de bases suivante. L'invention concerne également un nouveau protocole d'étalonnage discernant mieux l'efficacité d'unités de conversion de données en séquences de bases.
États désignés : AE, AG, AL, AM, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BR, BY, BZ, CA, CH, CN, CR, CU, CZ, DE, DK, DM, DZ, EE, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, HR, HU, ID, IL, IN, IS, JP, KE, KG, KP, KR, KZ, LC, LK, LR, LS, LT, LU, LV, MA, MD, MG, MK, MN, MW, MX, MZ, NO, NZ, PL, PT, RO, RU, SD, SE, SG, SI, SK, SL, TJ, TM, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VN, YU, ZA, ZW.
Organisation régionale africaine de la propriété intellectuelle (ARIPO) (GH, GM, KE, LS, MW, MZ, SD, SL, SZ, TZ, UG, ZW)
Office eurasien des brevets (OEAB) (AM, AZ, BY, KG, KZ, MD, RU, TJ, TM)
Office européen des brevets (OEB) (AT, BE, CH, CY, DE, DK, ES, FI, FR, GB, GR, IE, IT, LU, MC, NL, PT, SE, TR)
Organisation africaine de la propriété intellectuelle (OAPI) (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, ML, MR, NE, SN, TD, TG).
Langue de publication : anglais (EN)
Langue de dépôt : anglais (EN)