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1. (WO2001079523) PROCEDE ET SYSTEME D'IDENTIFICATION DE MICRO-ORGANISMES PAR RECHERCHE DANS UNE BASE DE DONNEES DE PROTEOMES FONDEE SUR LA SPECTROMETRIE DE MASSE
Dernières données bibliographiques dont dispose le Bureau international   

N° de publication :    WO/2001/079523    N° de la demande internationale :    PCT/US2001/011649
Date de publication : 25.10.2001 Date de dépôt international : 11.04.2001
Demande présentée en vertu du Chapitre 2 :    04.10.2001    
CIB :
C12Q 1/00 (2006.01), C12Q 1/04 (2006.01), G01N 27/62 (2006.01), G01N 33/48 (2006.01), G06F 17/18 (2006.01)
Déposants : THE JOHNS HOPKINS UNIVERSITY [US/US]; Applied Physics Laboratory, 11100 Johns Hopkins Road, Laurel, MD 20723-6099 (US) (Tous Sauf US).
PINEDA, Fernando, J. [US/US]; (US) (US Seulement).
LIN, Jeffrey, S. [US/US]; (US) (US Seulement)
Inventeurs : PINEDA, Fernando, J.; (US).
LIN, Jeffrey, S.; (US)
Mandataire : COOCH, Francis, A.; The Johns Hopkins University, Applied Physics Laboratory, 11100 Johns Hopkins Road, Laurel, MD 20723-6099 (US)
Données relatives à la priorité :
60/196,368 12.04.2000 US
Titre (EN) METHOD AND SYSTEM FOR MICROORGANISM IDENTIFICATION BY MASS SPECTROMETRY-BASED PROTEOME DATABASE SEARCHING
(FR) PROCEDE ET SYSTEME D'IDENTIFICATION DE MICRO-ORGANISMES PAR RECHERCHE DANS UNE BASE DE DONNEES DE PROTEOMES FONDEE SUR LA SPECTROMETRIE DE MASSE
Abrégé : front page image
(EN)A simple statistical model that predicts the distribution of false matches between peaks in matrix-assisted laser desorption/ionization mass spectrometry data and proteins in proteome databases is derived and validated. Given the cluttered and incomplete nature of the data, it is likely that neither simple ranking, nor simple hypothesis testing will be sufficient for truly robust microorganism identification over a large number of candidate microorganisms. In an effort to increase robust microorganism identification, the proteome databases are restricted to include data related to a given set of proteins, and not all proteins. By removing data from the proteome databases, the model is made more robust, i.e., there is a decrease in the number of false matches.
(FR)L'invention concerne un procédé et un système permettant d'obtenir et de valider un modèle statistique simple destiné à prédire la distribution de fausses correspondances entre des pics présents dans des données de spectrométrie de masse par désorption-ionisation par impact laser assistée par matrice et des protéines présentes dans des bases de données de protéomes. En raison des nombreux parasites et de la nature incomplète des données, il est probable qu'un simple classement et qu'une vérification d'hypothèse soient insuffisants pour une identification sans failles de micro-organismes parmi un grand nombre de micro-organismes candidats. Afin d'améliorer l'identification de micro-organismes, les bases de données de protéomes sont restreintes afin de n'inclure que les données relatives à un ensemble de protéines donné. Cette restriction permet d'obtenir un modèle plus robuste, c'est-à-dire un modèle présentant un nombre inférieur de fausses correspondances.
États désignés : AE, AG, AL, AM, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BR, BY, BZ, CA, CH, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DK, DM, DZ, EE, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, HR, HU, ID, IL, IN, IS, JP, KE, KG, KP, KR, KZ, LC, LK, LR, LS, LT, LU, LV, MA, MD, MG, MK, MN, MW, MX, MZ, NO, NZ, PL, PT, RO, RU, SD, SE, SG, SI, SK, SL, TJ, TM, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VN, YU, ZA, ZW.
Organisation régionale africaine de la propriété intellectuelle (ARIPO) (GH, GM, KE, LS, MW, MZ, SD, SL, SZ, TZ, UG, ZW)
Office eurasien des brevets (OEAB) (AM, AZ, BY, KG, KZ, MD, RU, TJ, TM)
Office européen des brevets (OEB) (AT, BE, CH, CY, DE, DK, ES, FI, FR, GB, GR, IE, IT, LU, MC, NL, PT, SE, TR)
Organisation africaine de la propriété intellectuelle (OAPI) (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GW, ML, MR, NE, SN, TD, TG).
Langue de publication : anglais (EN)
Langue de dépôt : anglais (EN)