Traitement en cours

Veuillez attendre...

PATENTSCOPE sera indisponible durant quelques heures pour des raisons de maintenance le samedi 31.10.2020 à 7:00 AM CET
Paramétrages

Paramétrages

Aller à Demande

1. WO2001079523 - PROCEDE ET SYSTEME D'IDENTIFICATION DE MICRO-ORGANISMES PAR RECHERCHE DANS UNE BASE DE DONNEES DE PROTEOMES FONDEE SUR LA SPECTROMETRIE DE MASSE

Numéro de publication WO/2001/079523
Date de publication 25.10.2001
N° de la demande internationale PCT/US2001/011649
Date du dépôt international 11.04.2001
Demande présentée en vertu du Chapitre 2 04.10.2001
CIB
C12Q 1/00 2006.01
CCHIMIE; MÉTALLURGIE
12BIOCHIMIE; BIÈRE; SPIRITUEUX; VIN; VINAIGRE; MICROBIOLOGIE; ENZYMOLOGIE; TECHNIQUES DE MUTATION OU DE GÉNÉTIQUE
QPROCÉDÉS DE MESURE OU DE TEST FAISANT INTERVENIR DES ENZYMES, DES ACIDES NUCLÉIQUES OU DES MICRO-ORGANISMES; COMPOSITIONS OU PAPIERS RÉACTIFS À CET EFFET; PROCÉDÉS POUR PRÉPARER CES COMPOSITIONS; PROCÉDÉS DE COMMANDE SENSIBLES AUX CONDITIONS DU MILIEU DANS LES PROCÉDÉS MICROBIOLOGIQUES OU ENZYMOLOGIQUES
1Procédés de mesure ou de test faisant intervenir des enzymes, des acides nucléiques ou des micro-organismes; Compositions à cet effet; Procédés pour préparer ces compositions
C12Q 1/04 2006.01
CCHIMIE; MÉTALLURGIE
12BIOCHIMIE; BIÈRE; SPIRITUEUX; VIN; VINAIGRE; MICROBIOLOGIE; ENZYMOLOGIE; TECHNIQUES DE MUTATION OU DE GÉNÉTIQUE
QPROCÉDÉS DE MESURE OU DE TEST FAISANT INTERVENIR DES ENZYMES, DES ACIDES NUCLÉIQUES OU DES MICRO-ORGANISMES; COMPOSITIONS OU PAPIERS RÉACTIFS À CET EFFET; PROCÉDÉS POUR PRÉPARER CES COMPOSITIONS; PROCÉDÉS DE COMMANDE SENSIBLES AUX CONDITIONS DU MILIEU DANS LES PROCÉDÉS MICROBIOLOGIQUES OU ENZYMOLOGIQUES
1Procédés de mesure ou de test faisant intervenir des enzymes, des acides nucléiques ou des micro-organismes; Compositions à cet effet; Procédés pour préparer ces compositions
02faisant intervenir des micro-organismes viables
04Détermination de la présence ou du type de micro-organisme; Emploi de milieux sélectifs pour tester des antibiotiques ou des bactéricides; Compositions à cet effet contenant un indicateur chimique
G01N 27/62 2006.01
GPHYSIQUE
01MÉTROLOGIE; TESTS
NRECHERCHE OU ANALYSE DES MATÉRIAUX PAR DÉTERMINATION DE LEURS PROPRIÉTÉS CHIMIQUES OU PHYSIQUES
27Recherche ou analyse des matériaux par l'emploi de moyens électriques, électrochimiques ou magnétiques
62en recherchant l'ionisation des gaz; en recherchant les décharges électriques, p.ex. l'émission cathodique
G01N 33/48 2006.01
GPHYSIQUE
01MÉTROLOGIE; TESTS
NRECHERCHE OU ANALYSE DES MATÉRIAUX PAR DÉTERMINATION DE LEURS PROPRIÉTÉS CHIMIQUES OU PHYSIQUES
33Recherche ou analyse des matériaux par des méthodes spécifiques non couvertes par les groupes G01N1/-G01N31/146
48Matériau biologique, p.ex. sang, urine; Hémocytomètres
G06F 17/18 2006.01
GPHYSIQUE
06CALCUL; COMPTAGE
FTRAITEMENT ÉLECTRIQUE DE DONNÉES NUMÉRIQUES
17Équipement ou méthodes de traitement de données ou de calcul numérique, spécialement adaptés à des fonctions spécifiques
10Opérations mathématiques complexes
18pour l'évaluation de données statistiques
CPC
G01N 2570/00
GPHYSICS
01MEASURING; TESTING
NINVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
2570Omics, e.g. proteomics, glycomics or lipidomics; Methods of analysis focusing on the entire complement of classes of biological molecules or subsets thereof, i.e. focusing on proteomes, glycomes or lipidomes
G01N 33/569
GPHYSICS
01MEASURING; TESTING
NINVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
33Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
48Biological material, e.g. blood, urine
50Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
53Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
569for microorganisms, e.g. protozoa, bacteria, viruses
G01N 33/6851
GPHYSICS
01MEASURING; TESTING
NINVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
33Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
48Biological material, e.g. blood, urine
50Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
68involving proteins, peptides or amino acids
6803General methods of protein analysis not limited to specific proteins or families of proteins
6848Methods of protein analysis involving mass spectrometry
6851Methods of protein analysis involving laser desorption ionisation mass spectrometry
G16B 50/00
GPHYSICS
16INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
BBIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
50ICT programming tools or database systems specially adapted for bioinformatics
H01J 49/0036
HELECTRICITY
01BASIC ELECTRIC ELEMENTS
JELECTRIC DISCHARGE TUBES OR DISCHARGE LAMPS
49Particle spectrometers or separator tubes
0027Methods for using particle spectrometers
0036Step by step routines describing the handling of the data generated during a measurement
Déposants
  • THE JOHNS HOPKINS UNIVERSITY [US]/[US] (AllExceptUS)
  • PINEDA, Fernando, J. [US]/[US] (UsOnly)
  • LIN, Jeffrey, S. [US]/[US] (UsOnly)
Inventeurs
  • PINEDA, Fernando, J.
  • LIN, Jeffrey, S.
Mandataires
  • COOCH, Francis, A.
Données relatives à la priorité
60/196,36812.04.2000US
Langue de publication anglais (EN)
Langue de dépôt anglais (EN)
États désignés
Titre
(EN) METHOD AND SYSTEM FOR MICROORGANISM IDENTIFICATION BY MASS SPECTROMETRY-BASED PROTEOME DATABASE SEARCHING
(FR) PROCEDE ET SYSTEME D'IDENTIFICATION DE MICRO-ORGANISMES PAR RECHERCHE DANS UNE BASE DE DONNEES DE PROTEOMES FONDEE SUR LA SPECTROMETRIE DE MASSE
Abrégé
(EN)
A simple statistical model that predicts the distribution of false matches between peaks in matrix-assisted laser desorption/ionization mass spectrometry data and proteins in proteome databases is derived and validated. Given the cluttered and incomplete nature of the data, it is likely that neither simple ranking, nor simple hypothesis testing will be sufficient for truly robust microorganism identification over a large number of candidate microorganisms. In an effort to increase robust microorganism identification, the proteome databases are restricted to include data related to a given set of proteins, and not all proteins. By removing data from the proteome databases, the model is made more robust, i.e., there is a decrease in the number of false matches.
(FR)
L'invention concerne un procédé et un système permettant d'obtenir et de valider un modèle statistique simple destiné à prédire la distribution de fausses correspondances entre des pics présents dans des données de spectrométrie de masse par désorption-ionisation par impact laser assistée par matrice et des protéines présentes dans des bases de données de protéomes. En raison des nombreux parasites et de la nature incomplète des données, il est probable qu'un simple classement et qu'une vérification d'hypothèse soient insuffisants pour une identification sans failles de micro-organismes parmi un grand nombre de micro-organismes candidats. Afin d'améliorer l'identification de micro-organismes, les bases de données de protéomes sont restreintes afin de n'inclure que les données relatives à un ensemble de protéines donné. Cette restriction permet d'obtenir un modèle plus robuste, c'est-à-dire un modèle présentant un nombre inférieur de fausses correspondances.
Également publié en tant que
Dernières données bibliographiques dont dispose le Bureau international