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1. (WO2001018627) PROCEDE ET APPAREIL DE DETECTION INFORMATIQUE AUTOMATISEE DE PROTEINES ET ACIDES NUCLEIQUES CIBLES D'UN COMPOSE CHIMIQUE
Dernières données bibliographiques dont dispose le Bureau international   

N° de publication :    WO/2001/018627    N° de la demande internationale :    PCT/SG2000/000138
Date de publication : 15.03.2001 Date de dépôt international : 06.09.2000
Demande présentée en vertu du Chapitre 2 :    30.03.2001    
CIB :
C07K 1/00 (2006.01)
Déposants : NATIONAL UNIVERSITY OF SINGAPORE [SG/SG]; 10 Kent Ridge Crescent, Singapore, Singapore 119260 (SG) (Tous Sauf US).
CHEN, Yu, Zong [CN/SG]; (SG) (US Seulement)
Inventeurs : CHEN, Yu, Zong; (SG)
Mandataire : APPLIED RESEARCH CORPORATION; Kent Ridge, P.O.Box 1016, Singapore 911101 (SG)
Données relatives à la priorité :
9904404-2 06.09.1999 SG
09/655,238 05.09.2000 US
Titre (EN) METHOD AND APPARATUS FOR COMPUTER AUTOMATED DETECTION OF PROTEIN AND NUCLEIC ACID TARGETS OF A CHEMICAL COMPOUND
(FR) PROCEDE ET APPAREIL DE DETECTION INFORMATIQUE AUTOMATISEE DE PROTEINES ET ACIDES NUCLEIQUES CIBLES D'UN COMPOSE CHIMIQUE
Abrégé : front page image
(EN)A method and apparatus are disclosed for computer-automated detection of putative protein and nucleic acid targets of a chemical compound. The disclosed method and apparatus have potential applications in identification of unknown or secondary therapeutic targets and targets related to side-effect and toxicity of drugs, lead compounds or natural products. A ligand-biomolecule inverse-docking approach is disclosed as the method for finding putative targets, which searches a biomolecular cavity database to find protein and nucleic acid cavities that a chemical compound can be docked into. Docking is by shape-matching between a chemical compound (in single or multiple conformations) and a cavity model (a sphere cluster) using a disclosed vector-vector matching algorithm. Docked ligand-biomolecule structures are subject to conformation optimization. Putative targets are selected by evaluation of both ligand-biomolecule interaction energy and binding competitiveness against known binders. A method is also disclosed for computer-automated generation of a biomolecular cavity database from protein and nucleic acid 3D structure database.
(FR)L'invention concerne un procédé et un appareil de détection informatique automatisé de protéines et acides nucléiques cibles putatifs d'un composé chimique. Le procédé et l'appareil de l'invention présentent des applications potentielles dans l'identification de cibles thérapeutiques inconnues ou secondaires et de cibles liées aux effets secondaires et à la toxicité de médicaments, de têtes de série ou de produits naturels. Une approche d'accrochage inverse ligand-biomolécule est décrite en tant que procédé de découverte de cibles putatives, laquelle explore une base de données de cavités biomoléculaires pour trouver des cavités de protéines et d'acides nucléiques dans lesquelles on peut accrocher un composé chimique. L'accrochage s'effectue par correspondance de formes entre un composé chimique (dans des conformations individuelles ou multiples) et un modèle de cavité (une grappe de sphères) à l'aide d'un algorithme de correspondance vecteur-vecteur décrit. Les structures de ligand-biomolécule accrochées sont soumises à une optimisation de conformation. Les cibles putatives sont sélectionnées par évaluation à la fois de l'énergie d'interaction ligand-biomolécule et de la concurrence de liaison entre des lieurs connus. Un procédé est également décrit permettant la production informatique automatisée d'une base de données de cavités biomoléculaires à partir d'une base de données de structures 3D de protéines et d'acides nucléiques.
États désignés : CA, CN, JP, SG, US.
Office européen des brevets (OEB) (AT, BE, CH, CY, DE, DK, ES, FI, FR, GB, GR, IE, IT, LU, MC, NL, PT, SE).
Langue de publication : anglais (EN)
Langue de dépôt : anglais (EN)