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1. (WO2001016861) ANALYSE DE SEQUENCES D'ACIDES NUCLEIQUES ET APPAREIL A CET EFFET
Dernières données bibliographiques dont dispose le Bureau international   

N° de publication :    WO/2001/016861    N° de la demande internationale :    PCT/US2000/024293
Date de publication : 08.03.2001 Date de dépôt international : 05.09.2000
Demande présentée en vertu du Chapitre 2 :    21.03.2001    
CIB :
G06F 19/22 (2011.01), G06F 19/18 (2011.01)
Déposants : GENETICS INSTITUTE, INC. [US/US]; 87 Cambridge Park Drive, Cambridge, MA 02140 (US)
Inventeurs : GRAHAM, James, R.; (US).
GULUKOTA, Kamalakar; (US)
Mandataire : GARRETT, Arthur, S.; Finnegan, Henderson, Farabow, Garrett & Dunner, L.L.P., 1300 I Street, N.W., Washington, DC 20005-3315 (US)
Données relatives à la priorité :
09/389,092 02.09.1999 US
Titre (EN) METHOD AND APPARATUS FOR ANALYZING NUCLEIC ACID SEQUENCES
(FR) ANALYSE DE SEQUENCES D'ACIDES NUCLEIQUES ET APPAREIL A CET EFFET
Abrégé : front page image
(EN)A method and apparatus are disclosed for identifying protein-coding regions in a nucleic acid sequence. In order to predict the coding regions within a sequence, a single metric is used without reference or comparison to a predetermined noise level or signal-to-noise ratio. This single metric, periodicity at 1/3, is analyzed using a discrete cosine transformation (DiCTion) function. For each open reading frame or sequence region, a score is generated using the discrete cosine transformation function. Regions within a sequence that have a score above a predetermined threshold are identified as protein-coding regions. The aspects of the invention may also be applied to gather other information from sequences, such as the location of the borders of a putative coding region, within a genomic sequence.
(FR)La présente invention concerne l'identification de régions codant des protéines dans une séquence d'acide nucléique, et un appareil à cet effet. Pour la prédiction des régions codantes à l'intérieur d'une séquence, on utilise une unique base de mesures sans référence ou comparaison impliquant un niveau de bruit défini ou un rapport signal-bruit. Cette base de mesure unique, à la périodicité de 1/3, s'analyse au moyen d'une fonction de transformée de cosinus discrète. Chaque trame de lecture ouverte ou région de séquence donne lieu à la production d'une note d'évaluation au moyen de la fonction de transformée de cosinus discrète. Les régions de la séquence dont la note d'appréciation se situent au-dessus d'un seuil défini sont identifiées comme régions codant des protéines. Les aspects de l'invention conviennent également au recueil d'autres informations en provenance des séquences, et notamment l'emplacement des frontières d'une région codante putative, à l'intérieur d'une séquence génomique.
États désignés : AE, AG, AL, AM, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BR, BY, BZ, CA, CH, CN, CR, CU, CZ, DE, DK, DM, DZ, EE, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, HR, HU, ID, IL, IN, IS, JP, KE, KG, KP, KR, KZ, LC, LK, LR, LS, LT, LU, LV, MA, MD, MG, MK, MN, MW, MX, MZ, NO, NZ, PL, PT, RO, RU, SD, SE, SG, SI, SK, SL, TJ, TM, TR, TT, TZ, UA, UG, UZ, VN, YU, ZA, ZW.
Organisation régionale africaine de la propriété intellectuelle (ARIPO) (GH, GM, KE, LS, MW, MZ, SD, SL, SZ, TZ, UG, ZW)
Office eurasien des brevets (OEAB) (AM, AZ, BY, KG, KZ, MD, RU, TJ, TM)
Office européen des brevets (OEB) (AT, BE, CH, CY, DE, DK, ES, FI, FR, GB, GR, IE, IT, LU, MC, NL, PT, SE)
Organisation africaine de la propriété intellectuelle (OAPI) (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GW, ML, MR, NE, SN, TD, TG).
Langue de publication : anglais (EN)
Langue de dépôt : anglais (EN)