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1. (WO2000052625) PROCEDE ET DISPOSITIF D'ANALYSE DE SCHEMAS DE BIOPUCES HYBRIDEES A PARTIR D'INTERACTIONS DE RESONANCE
Dernières données bibliographiques dont dispose le Bureau international   

N° de publication :    WO/2000/052625    N° de la demande internationale :    PCT/US2000/004076
Date de publication : 08.09.2000 Date de dépôt international : 17.02.2000
Demande présentée en vertu du Chapitre 2 :    17.08.2000    
CIB :
G06F 19/20 (2011.01)
Déposants : VIALOGY CORPORATION [US/US]; 2400 Lincoln Avenue, Altadena, CA 91001 (US) (Tous Sauf US).
GULATI, Sandeep [IN/US]; (US) (US Seulement)
Inventeurs : GULATI, Sandeep; (US)
Mandataire : SCHROEDER, Robert, A.; Christie, Parker & Hale, LLP, Post Office Box 7068, Pasadena, CA 91109-7068 (US)
Données relatives à la priorité :
09/253,789 22.02.1999 US
Titre (EN) METHOD AND APPARATUS FOR ANALYZING HYBRIDIZED BIOCHIP PATTERNS USING RESONANCE INTERACTIONS
(FR) PROCEDE ET DISPOSITIF D'ANALYSE DE SCHEMAS DE BIOPUCES HYBRIDEES A PARTIR D'INTERACTIONS DE RESONANCE
Abrégé : front page image
(EN)A technique is described for identifying mutations, if any, present in a biological sample, from a pre-selected set of known mutations. The method can be applied to DNA, RNA and peptide nucleic acid (PNA) microarrays. The method analyzes a dot spectrogram representative of quantized hybridization activity of oligonucleotides in the sample to identify the mutations. In accordance with the method, a resonance pattern is generated which is representative of nonlinear resonances between a stimulus pattern associated with the set of known mutations and the dot spectrogram. The resonance pattern is interpreted to a yield a set of confirmed mutations by comparing resonances found therein with predetermined resonances expected for the selected set of mutations. In a particular example, the resonance pattern is generated by iteratively processing the dot spectrogram by performing a convergent reverberation to yield a resonance pattern representative of resonances between a predetermined set of selected Quantum Expressor Functions and the dot spectrogram until a predetermined degree of convergence is achieved between the resonances found in the resonance pattern and resonances expected for the set of mutations. The resonance pattern is analyzed to a yield a set of confirmed mutations by mapping the confirmed mutations to known diseases associated with the pre-selected set of known mutations to identify diseases, if any, indicated by the biological sample. By exploiting a resonant interaction, mutation signatures may be robustly identified even in circumstances involving low signal to noise ratios or, in some cases, negative signal to noise ratios.
(FR)La technique décrite dans cette invention permet de détecter d'éventuelles mutations survenues dans un échantillon biologique à partir d'un ensemble présélectionné de mutations connues. Cette technique peut être appliquée à des micro-échantillons d'ADN, d'ARN et de protéine PNA. Elle consiste à analyser un spectrogramme à points qui est représentatif d'une activité d'hybridation quantifiée d'oligonucléotides dans l'échantillon en vue de l'identification de mutations. A cette fin, on génère un schéma de résonances qui est représentatif de résonances non linéaires entre un type de stimulus associé à l'ensemble de mutations connues et le spectrogramme à points. L'interprétation de ce schéma de résonance permet de dégager un ensemble de mutations confirmées par comparaison entre les mutations constatées et un ensemble sélectionné de mutations. Dans un exemple précis, on génère un schéma de résonance en traitant de manière itérative le spectrogramme à points au moyen d'une réverbération convergente qui donne un type de résonance représentatif des résonances entre un jeu déterminé de fonctions d'expressions quantiques et le spectrogramme à points, jusqu'à ce qu'un dégréé déterminé de convergence soit obtenu entre les résonances contenues dans le schéma de résonances contenues dans le schéma de résonances et les résonances prévues pour l'ensemble de mutations. On analyse le schéma de résonance pour dégager un ensemble de mutations confirmées, lesquelles sont mises en regard avec l'ensemble pré-sélectionné de mutations connus en vue de l'éventuelle identification de maladies révélées par l'échantillons biologique. En exploitant les interactions de résonance, il est possible d'identifier clairement des signatures de mutation, même dans des situations caractérisées par des rapports signal/bruit faibles, voire négatifs.
États désignés : AE, AL, AM, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BR, BY, CA, CH, CN, CR, CU, CZ, DE, DK, DM, EE, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, HR, HU, ID, IL, IN, IS, JP, KE, KG, KP, KR, KZ, LC, LK, LR, LS, LT, LU, LV, MA, MD, MG, MK, MN, MW, MX, NO, NZ, PL, PT, RO, RU, SD, SE, SG, SI, SK, SL, TJ, TM, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VN, YU, ZA, ZW.
Organisation régionale africaine de la propriété intellectuelle (ARIPO) (GH, GM, KE, LS, MW, SD, SL, SZ, TZ, UG, ZW)
Office eurasien des brevets (OEAB) (AM, AZ, BY, KG, KZ, MD, RU, TJ, TM)
Office européen des brevets (OEB) (AT, BE, CH, CY, DE, DK, ES, FI, FR, GB, GR, IE, IT, LU, MC, NL, PT, SE)
Organisation africaine de la propriété intellectuelle (OAPI) (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GW, ML, MR, NE, SN, TD, TG).
Langue de publication : anglais (EN)
Langue de dépôt : anglais (EN)