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1. (WO2018227030) NEOANTIGEN IDENTIFICATION, MANUFACTURE, AND USE
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Nº de publicación: WO/2018/227030 Nº de la solicitud internacional: PCT/US2018/036571
Fecha de publicación: 13.12.2018 Fecha de presentación de la solicitud internacional: 08.06.2018
CIP:
G06F 19/22 (2011.01) ,A61K 39/00 (2006.01) ,A61K 38/10 (2006.01) ,A61K 35/15 (2015.01) ,C07K 7/08 (2006.01)
G FISICA
06
COMPUTO; CALCULO; CONTEO
F
TRATAMIENTO DE DATOS DIGITALES ELECTRICOS
19
Métodos o equipos para computación digital o procesamiento de datos, especialmente adaptados para aplicaciones específicas
10
Bioinformática, p.ej. métodos o sistemas para el procesamiento de datos relacionados con la genética o las proteínas en biología molecular computacional
22
para comparación de secuencias de nucleótidos o aminoácidos, p.ej. búsqueda de homología, descubrimiento de motivos o SNP [Polimorfismos de un único nucleótido, en inglés Single-Nucleotide Polymorphism] o alineamiento de secuencias.
A NECESIDADES CORRIENTES DE LA VIDA
61
CIENCIAS MEDICAS O VETERINARIAS; HIGIENE
K
PREPARACIONES DE USO MEDICO, DENTAL O PARA EL ASEO
39
Preparaciones medicinales que contienen antígenos o anticuerpos
A NECESIDADES CORRIENTES DE LA VIDA
61
CIENCIAS MEDICAS O VETERINARIAS; HIGIENE
K
PREPARACIONES DE USO MEDICO, DENTAL O PARA EL ASEO
38
Preparaciones medicinales que contienen péptidos
04
Péptidos que tienen hasta 20 aminoácidos en una secuencia totalmente determinada; Sus derivados
10
Péptidos que tienen de 12 a 20 aminoácidos
[IPC code unknown for A61K 35/15]
C QUIMICA; METALURGIA
07
QUIMICA ORGANICA
K
PEPTIDOS
7
Péptidos con 5 a 20 aminoácidos en una secuencia totalmente determinada; Sus derivados
04
Péptidos lineales que contienen solamente enlaces peptídicos normales
08
con 12 a 20 aminoácidos
Solicitantes:
GRITSTONE ONCOLOGY, INC. [US/US]; 5858 Horton Street, Suite 210 Emeryville, CA 94608, US
Personas inventoras:
BULIK-SULLIVAN, Brendan; US
YELENSKY, Roman; US
BUSBY, Jennifer; US
DERTI, Adnan; US
Mandataria/o:
WHITEHEAD, Andrew, P.; US
KINCH, Mark; US
KABLER, Kevin; US
HUBL, Susan, T.; US
HURT, Nicholas; US
Datos de prioridad:
62/517,78609.06.2017US
Título (EN) NEOANTIGEN IDENTIFICATION, MANUFACTURE, AND USE
(FR) IDENTIFICATION, PRODUCTION ET UTILISATION DE NÉO-ANTIGÈNES
Resumen:
(EN) Disclosed herein is a system and methods for determining the alleles, neoantigens, and vaccine composition as determined on the basis of an individual's tumor mutations. Also disclosed are systems and methods for obtaining high quality sequencing data from a tumor. Further, described herein are systems and methods for identifying somatic changes in polymorphic genome data. Further, described herein are systems and methods for selecting a subset of patients for treatment. A utility score indicating an estimated number of neoantigens presented on the surface of tumor cells is determined for each patient based on one or more neoantigen candidates identified for the patient. The subset of patients are selected based on the determined utility scores. The selected subset of patients can receive treatment, such as neoantigen vaccines or checkpoint inhibitor therapy. Finally, described herein are unique cancer vaccines.
(FR) L'invention concerne un système et des procédés pour déterminer des allèles, des néo-antigènes et une composition de vaccin tels que déterminés sur la base de mutations tumorales d'un individu. L'invention concerne également des systèmes et des procédés permettant d'obtenir des données de séquençage de haute qualité à partir d'une tumeur. En outre, la présente invention concerne des systèmes et des procédés pour identifier des changements somatiques dans les données génomiques polymorphiques. En outre, l'invention concerne des systèmes et des procédés pour sélectionner un sous-ensemble de patients pour un traitement. Un score d'utilité indiquant un nombre estimé de néo-antigènes présents sur la surface de cellules tumorales est déterminé pour chaque patient sur la base d'un ou de plusieurs néo-antigènes candidats identifiés pour le patient. Le sous-ensemble de patients est sélectionné sur la base des scores d'utilité déterminés. Le sous-ensemble sélectionné de patients peut recevoir un traitement, tel qu'un vaccin à néo-antigène ou une thérapie par inhibiteur de point de contrôle. L'invention concerne enfin des vaccins anticancéreux uniques.
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Estados designados: AE, AG, AL, AM, AO, AT, AU, AZ, BA, BB, BG, BH, BN, BR, BW, BY, BZ, CA, CH, CL, CN, CO, CR, CU, CZ, DE, DJ, DK, DM, DO, DZ, EC, EE, EG, ES, FI, GB, GD, GE, GH, GM, GT, HN, HR, HU, ID, IL, IN, IR, IS, JO, JP, KE, KG, KH, KN, KP, KR, KW, KZ, LA, LC, LK, LR, LS, LU, LY, MA, MD, ME, MG, MK, MN, MW, MX, MY, MZ, NA, NG, NI, NO, NZ, OM, PA, PE, PG, PH, PL, PT, QA, RO, RS, RU, RW, SA, SC, SD, SE, SG, SK, SL, SM, ST, SV, SY, TH, TJ, TM, TN, TR, TT, TZ, UA, UG, US, UZ, VC, VN, ZA, ZM, ZW
African Regional Intellectual Property Organization (ARIPO) (BW, GH, GM, KE, LR, LS, MW, MZ, NA, RW, SD, SL, ST, SZ, TZ, UG, ZM, ZW)
Oficina Eurasiática de Patentes (AM, AZ, BY, KG, KZ, RU, TJ, TM)
Oficina Europea de Patentes (OEP) (AL, AT, BE, BG, CH, CY, CZ, DE, DK, EE, ES, FI, FR, GB, GR, HR, HU, IE, IS, IT, LT, LU, LV, MC, MK, MT, NL, NO, PL, PT, RO, RS, SE, SI, SK, SM, TR)
Organización Africana de la Propiedad Intelectual (OAPI) (BF, BJ, CF, CG, CI, CM, GA, GN, GQ, GW, KM, ML, MR, NE, SN, TD, TG)
Idioma de publicación: Inglés (EN)
Idioma de la solicitud: Inglés (EN)