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1. (EP3386592) METHOD AND SYSTEM FOR CHARACTERIZATION OF CLOSTRIDIUM DIFFICILE-ASSOCIATED CONDITIONS

Office : European Patent Office
Application Number: 16873997 Application Date: 09.12.2016
Publication Number: 3386592 Publication Date: 17.10.2018
Publication Kind : A4
Prior PCT appl.: Application Number:US2016065993 ; Publication Number: Click to see the data
IPC:
A61P 31/04
A61K 38/08
A61P 43/00
C12Q 1/6883
C12Q 1/689
G16B 40/00
G16B 50/00
G16H 10/40
G16H 50/20
G16H 50/50
A HUMAN NECESSITIES
61
MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
P
SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
31
Antiinfectives, i.e. antibiotics, antiseptics, chemotherapeutics
04
Antibacterial agents
A HUMAN NECESSITIES
61
MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
K
PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL, OR TOILET PURPOSES
38
Medicinal preparations containing peptides
04
Peptides having up to 20 amino acids in a fully defined sequence; Derivatives thereof
08
Peptides having 5 to 11 amino acids
A HUMAN NECESSITIES
61
MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
P
SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
43
Drugs for specific purposes, not provided for in groups A61P1/-A61P41/108
[IPC code unknown for C12Q 1/6883][IPC code unknown for C12Q 1/689][IPC code unknown for G16B 40][IPC code unknown for G16B 50][IPC code unknown for G16H 10/40][IPC code unknown for G16H 50/20][IPC code unknown for G16H 50/50]
CPC:
C12Q 1/689
C12Q 1/6883
G01N 2333/33
G16B 40/00
G16B 50/00
G16H 10/40
G16H 20/10
G16H 20/60
G16H 50/20
G16H 50/50
Applicants: UBIOME INC
Inventors: ALMONACID DANIEL
APTE ZACHARY
RICHMAN JESSICA
Priority Data: 201562265077 09.12.2015 US
2016065993 09.12.2016 US
201615097862 13.04.2016 US
Title: (DE) VERFAHREN UND SYSTEM ZUR CHARAKTERISIERUNG MIT CLOSTRIDIUM DIFFICILE ASSOZIIERTEN ERKRANKUNGEN
(EN) METHOD AND SYSTEM FOR CHARACTERIZATION OF CLOSTRIDIUM DIFFICILE-ASSOCIATED CONDITIONS
(FR) PROCÉDÉ ET SYSTÈME DE CARACTÉRISATION D'AFFECTIONS ASSOCIÉES À CLOSTRIDIUM DIFFICILE
Abstract:
(EN) An embodiment of a system and method for characterizing a Clostridium-associated condition in relation to a user includes: a handling network operable to receive containers including material from a set of users, the handling network including a sequencing system operable to determine microbiome sequences from sequencing the material; a processing system operable to generate a microbiome composition dataset and a microbiome functional diversity dataset based on the microbiome sequences, receive a supplementary dataset associated with the Clostridium-associated condition for the set of users; transform the supplementary dataset and features extracted from the microbiome composition dataset and the microbiome functional diversity dataset into a characterization model for the Clostridium-associated condition; and a therapy system operable to promote a therapy to the user based on characterizing the user in relation to the Clostridium-associated condition using the characterization model.
(FR) Un mode de réalisation de l'invention concerne un système et un procédé permettant de caractériser une affection associée à Clostridium en relation avec un utilisateur qui comprend : un réseau de gestion utilisable pour recevoir des récipients comprenant un matériau provenant d'un ensemble d'utilisateurs, le réseau de gestion comprenant un système de séquençage utilisable pour déterminer des séquences du microbiome par séquençage du matériau ; un système de traitement utilisable pour créer un ensemble de données sur la composition du microbiome et un ensemble de données sur la diversité fonctionnelle du microbiome basés sur les séquences du microbiome, de recevoir un ensemble de données supplémentaires associé à l'affection associée à Clostridium pour l'ensemble d'utilisateurs ; la transformation de l'ensemble de données supplémentaires et des caractéristiques extraites de l'ensemble de données sur la composition du microbiome et l'ensemble de données sur la diversité fonctionnelle du microbiome en un modèle de caractérisation de l'affection associée à Clostridium ; et un système de traitement permettant de promouvoir une thérapie auprès de l'utilisateur basée sur la caractérisation de l'utilisateur en relation avec l'affection associée à Clostridium au moyen du modèle de caractérisation.